Klasifikace Baltimore

DNA virusesEdit

Hlavní článek: DNA virus,

DNA viry mají genom z deoxyribonukleové kyseliny (DNA) a jsou uspořádány do dvou skupin: dvouvláknové DNA (dsDNA) viry, a jednořetězcové DNA (ssDNA) viry. Jsou přiřazeny do tří samostatných říší: Duplodnaviria, Monodnaviria a Varidnaviria. Mnoho z nich je ještě třeba přiřadit k jednomu z těchto taxonů.

skupina I: dvouvláknové DNA virusyeditovat

Viz také: Duplodnaviria a Varidnaviria

první Baltimore skupina obsahuje viry, které mají dvouřetězcové DNA (dsDNA) genomu. Všechny viry dsDNA mají svou mRNA syntetizovanou ve třístupňovém procesu. Nejprve se transkripční preiniciační komplex váže na DNA před místem, kde začíná transkripce, což umožňuje nábor hostitelské RNA polymerázy. Za druhé, jakmile je RNA polymeráza rekrutována, používá negativní řetězec jako šablonu pro syntézu řetězců mRNA. Za třetí, RNA polymeráza ukončí transkripci po dosažení specifického signálu, jako je polyadenylační místo.

viry dsDNA využívají k replikaci svého genomu několik mechanismů. Obousměrná replikace, ve které jsou dvě replikační vidlice vytvořeny na místě původu replikace a pohybují se v opačných směrech, je široce používán. Mechanismus válcování kruhu, který produkuje lineární řetězce, zatímco postupuje ve smyčce kolem kruhového genomu, je také běžný. Některé dsDNA viry používat pramen posunutí metoda, kdy jeden řetězec je syntetizován ze šablony pramen, a komplementární pramen je pak syntetizován z předchozího syntetizované vlákno, které tvoří dsDNA genomu. A konečně, některé dsDNA viry jsou replikovány jako součást procesu zvaného replikativní transpozice, kdy je virový genom v DNA hostitelské buňky replikován do jiné části hostitelského genomu.

dsDNA viry mohou být rozděleny mezi ty, které se replikují v jádře, a jako takové jsou relativně závislé na hostitelské buňce stroje pro transkripci a replikaci, a ty, které se replikují v cytoplazmě, ve kterém případě oni vyvinuli či získali jejich vlastní způsob spuštění transkripce a replikace. dsDNA viry jsou často rozděleny mezi ocasem dsDNA viry, s odkazem na členy říše Duplodnaviria, obvykle sledoval bakteriofágy řádu Caudovirales, a bezocasé nebo non-sledoval dsDNA viry říše Varidnaviria.

dsDNA viry jsou rozděleny do tří ze čtyř říší a zahrnují mnoho taxonů, které jsou nepřiřazené do říše:

  • Všechny viry v Duplodnaviria jsou dsDNA viry. Viry v této oblasti patří do dvou skupin: sledoval bakteriofágy v Caudovirales a herpesviruses v Herpesvirales.
  • v Mononavirii jsou členy třídy Papovaviricetes viry dsDNA. Viry v Papovaviricetech tvoří dvě skupiny: papilomaviry a polyomaviry.
  • všechny viry ve Varidnavirii jsou viry dsDNA. Viry v této oblasti zahrnují adenoviry, obří viry a poxviry.
  • následující taxony, které jsou nepřiřazené do říše obsahují výhradně dsDNA viry:
    • Objednávky: Ligamenvirales
    • Rodiny: Ampullaviridae, Baculoviridae, Bicaudaviridae, Clavaviridae, Fuselloviridae, Globuloviridae, Guttaviridae, Halspiviridae, Hytrosaviridae, Nimaviridae, Nudiviridae, Ovaliviridae, Plasmaviridae, Polydnaviridae, Portogloboviridae, Thaspiviridae, Tristomaviridae
    • Typy: Dinodnavirus, Rhizidiovirus

Skupina II: jednovláknové viry DNAEDITOVAT

Psí parvovirus je virus ssDNA.

Viz také: Monodnaviria

druhý Baltimore skupina obsahuje viry, které mají jednořetězcovou DNA (ssDNA) genomu. ssDNA viry mají stejný způsob transkripce jako dsDNA viry. Nicméně, protože genom je jednovláknový, je nejprve vytvořen do dvouvláknové formy DNA polymerázou po vstupu do hostitelské buňky. mRNA se pak syntetizuje z dvouvláknové formy. Dvouvláknová forma virů ssDNA může být produkována buď přímo po vstupu do buňky, nebo jako důsledek replikace virového genomu. Eukaryotické ssDNA viry jsou replikovány v jádře.

většina virů ssDNA obsahuje kruhové genomy, které jsou replikovány pomocí replikace rolling circle (RCR). ssDNA RCR je iniciován endonukleázy, které dluhopisy a štěpí pozitivního vlákna, což umožňuje DNA polymeráza používat negativní vlákno jako templát pro replikaci. Replikace postupuje ve smyčce kolem genomu prostřednictvím rozšíření na 3′-konec pozitivní strand, přemísťovat před pozitivního vlákna, a endonukleázy štěpí na pozitivní vlákno znovu vytvořit samostatný genomu, který je ligován do kruhové smyčky. Nová ssDNA může být zabalena do virionů nebo replikována DNA polymerázou za vzniku dvouvláknové formy pro transkripci nebo pokračování replikačního cyklu.

parvoviry obsahují lineární genomy ssDNA, které jsou replikovány pomocí replikace válcových vlásenek (RHR), která je podobná RCR. Parvovirus genomů vlásenky smyčky na obou koncích genomu, které opakovaně rozkládat a skládat během replikace změnit směr syntézy DNA se pohybovat tam a zpět podél genomu, produkovat mnoho kopií genomu v kontinuálním procesu. Jednotlivé genomy jsou pak z této molekuly vyříznuty virovou endonukleázou. U parvovirů může být pozitivní nebo negativní smyslový řetězec zabalen do kapsidů, které se liší od viru k viru.

téměř všechny viry ssDNA mají pozitivní smyslové genomy, ale existuje několik výjimek a zvláštností. Rodina Anelloviridae je jediná rodina ssDNA, jejíž členové mají negativní smyslové genomy, které jsou kruhové. Parvoviry, jak již bylo zmíněno, mohou zabalit buď pozitivní nebo negativní smyslový řetězec do virionů. A konečně, bidnaviry balí kladné i záporné lineární prameny. V každém případě, pocit ssDNA viry, na rozdíl od ssRNA viry, není dostatečné pro oddělené ssDNA viry do dvou skupin, protože všechny ssDNA virové genomy jsou převedeny na dsDNA formy před transkripce a replikace.

ssDNA viry jsou klasifikovány do jedné ze čtyř říší a zahrnují několik rodin, které jsou nepřiřazené do říše:

  • V Monodnaviria, všichni členové s výjimkou virů v Papovaviricetes jsou ssDNA viry.
  • nepřiřazené čeledi Anelloviridae a Spiraviridae jsou rodiny virů ssDNA.
  • viry z čeledi Finnlakeviridae obsahují genomy ssDNA. Finnlakeviridae je nepřiřazený do říše, ale je navrhovaným členem Varidnaviria.

RNA viryeditovat

Hlavní články: Orthornavirae a RNA virus

RNA viry mají genom z ribonukleové kyseliny (RNA) a zahrnují tři skupiny: dvouvláknové RNA (dsRNA) viry, pozitivní smysl single-stranded RNA (+ssRNA) viry, a negativní smysl single-stranded RNA (-ssRNA) viry. Většina RNA virů je klasifikována v království Ortornavirae v říši Riboviria. Výjimkou jsou obecně viroidy a další subvirové látky, včetně viru hepatitidy D.

skupina III: dvouvláknové RNA viryeditovat

rotaviry jsou viry dsRNA.

třetí Baltimorská skupina obsahuje viry, které mají dvouvláknový genom RNA (dsRNA). Po vstupu do hostitelské buňky, dsRNA genomem je přepisována do mRNA z negativního vlákna o virové RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp). MRNA může být použita pro překlad nebo replikaci. Jednovláknová mRNA je replikována za vzniku genomu dsRNA. 5 ‚ – konec genomu může být nahý, omezený nebo kovalentně vázaný na virový protein.

dsRNA není molekula tvořená buňkami, takže buněčný život vyvinul antivirové systémy pro detekci a inaktivaci virové dsRNA. Aby se tomu zabránilo, mnoho genomů dsRNA je konstruováno uvnitř kapsidů, čímž se zabrání detekci uvnitř cytoplazmy hostitelské buňky. mRNA je vytlačena z kapsidy, aby mohla být přeložena nebo translokována ze zralé kapsidy na kapsidu potomstva. Zatímco dsRNA viry mají obvykle capsids, viry v rodinách Amalgaviridae a Endornaviridae nebyly pozorovány formě virionů a jako takový zřejmě nedostatek capsids. Endornaviruses jsou také neobvyklé v tom, že na rozdíl od ostatních RNA virů, které mají jeden dlouhý otevřený čtecí rámec (ORF), nebo přeložitelná část, a site-specific nick v 5′ oblasti pozitivního vlákna.

dsRNA viry jsou rozděleny do dvou kmenů v království Orthornavirae říše Riboviria:

  • Všechny viry v Duplornaviricota jsou dsRNA viry.
  • v Pisuviricotě jsou všichni členové třídy Duplopiviricetes viry dsRNA.

skupina IV: pozitivní smysl jednovláknové viry RNAEDITOVAT

koronaviry jsou viry + ssRNA .

čtvrtá Baltimorská skupina obsahuje viry, které mají pozitivní smysl jednovláknový RNA (+ssRNA) genom. U virů + ssRNA genom funguje jako mRNA, takže pro překlad není nutná žádná transkripce. Nicméně, +ssRNA viry bude také produkovat pozitivní smysl kopií genomu z negativním smyslu prameny meziprodukt dsRNA genomem. To funguje jako transkripce a replikační proces, protože replikovaná RNA je také mRNA. 5 ‚- konec může být nahý, uzavřený nebo kovalentně vázaný na virový protein a 3‘-konec může být nahý nebo polyadenylovaný.

mnoho + ssRNA virů je schopno přepsat pouze část svého genomu. Typicky, subgenomic RNA (sgRNA) prameny jsou používány pro překlad ze strukturálních fondů a pohyb proteinů potřebných během střední a pozdní fáze infekce. sgRNA transkripce může dojít navázáním RNA syntézy v rámci genomu, spíše než od 5′-konce, tím, že zastaví syntézu RNA na specifické sekvence v genomu, nebo jako součást obě předchozí metody, syntetizovat leader sekvence z virové RNA, které jsou pak připojeny k sgRNA prameny. Protože pro syntézu sgRNA je nutná replikace, RdRp je vždy přeložen jako první.

protože proces replikace virového genomu produkuje mezilehlé molekuly dsRNA, mohou být viry ssRNA cíleny imunitním systémem hostitelské buňky. Aby se zabránilo detekci, viry + ssRNA se replikují v membránových vezikulech, které se používají jako replikační továrny. Odtud vstupuje do hlavní cytoplazmatické oblasti buňky pouze virová + ssRNA ,která může být mRNA.

+ssRNA viry mohou být rozděleny mezi ty, které mají polycistronic mRNA, která kóduje polyproteinu, který je štěpen za vzniku více zralých proteinů, a ty, které produkují subgenomic mRNAs, a proto se podrobil dvěma nebo více kolech překlad. + ssRNA viry jsou zahrnuty do tří kmenů v království Orthornavirae v říši Riboviria:

  • všechny viry v Lenarviricota jsou + ssRNA viry .
  • všechny viry v Pisuviricotě jsou viry + ssRNA, s výjimkou třídy Duplopiviricetes, jejichž členové mají genomy dsRNA.
  • všechny viry v Kitrinoviricota jsou + ssRNA viry .

Skupina V: negativní smysl single-stranded RNA virusesEdit

Hlavní článek: Negarnaviricota

pátý Baltimore skupina obsahuje viry, které mají negativní smysl, single-stranded RNA (-ssRNA) genomu. mRNA, což je pozitivní smysl, se přepisuje přímo z genomu negativního smyslu. První proces -ssRNA transkripce zahrnuje RdRp vazby na vedoucí sekvence na 3′ konci genomu, přepis 5′ trifosfát-leader RNA, který je limitován, pak zastavení a restartování na přepis signálu, který je limitován, pokračuje až do zastavení signálu je dosaženo. Druhý způsob je podobný, ale místo syntetizovat čepici, RdRp mohou využít cap chytnout, přičemž krátká sekvence z hostitelské buňky mRNA je převzat a použit jako 5′ cap virové mRNA. Genomická-ssRNA je replikována z antigenomu pozitivního smyslu podobným způsobem jako transkripce, s výjimkou zpětného použití antigenomu jako šablony pro genom. RdRp se pohybuje od 3 ‚- konce k 5 ‚ – konci antigenomu a ignoruje všechny transkripční signály při syntéze genomové-ssRNA.

různé viry ssRNA používají speciální mechanismy pro transkripci. Způsob výroby polyA ocas může být pomocí polymerázové koktání, při kterém RdRp přepíše adenin od uracilu a pak se přesune zpět do RNA sekvence s mRNA přepsat to znovu, pokračuje tento proces několikrát, dokud stovky adenines byly přidány k 3′-konci mRNA. Navíc, některé z nich-ssRNA viry jsou ambisense, jako oba pozitivní a negativní pramenů samostatně kódovat virové proteiny, a tyto viry produkují dva samostatné mRNA prameny: jeden přímo z genomu a jeden z doplňkové strand.

– ssRNA viry lze neformálně rozdělit mezi ty, které mají nesegmentované a segmentované genomy. Viry nesegmentované-ssRNA se replikují v cytoplazmě a viry segmentované-ssRNA se replikují v jádře. Během transkripce rdrp produkuje jeden monocistronický řetězec mRNA z každého segmentu genomu. Viry All-ssRNA jsou zařazeny do kmene Negarnaviricota v království Ortornavirae v říši Riboviria. Negarnaviricota obsahuje pouze viry-ssRNA, takže „- ssRNA virus “ je synonymem pro Negarnaviricota. Negarnaviricota se dělí na dvě subfyly: Haploviricotina, jejíž členové syntetizují strukturu cap na virové mRNA potřebné pro syntézu proteinů, a Polyploviricotina, jejíž členové místo toho získají caps na mRNA pomocí Cap chňapnutí.

Reverzní přepis virusesEdit

Hlavní článek: Revtraviricetes

Reverzní transkripci (RT) viry mají genomy tvořeny buď DNA nebo RNA a replikaci prostřednictvím reverzní transkripce. Existují dvě skupiny virů reverzní transkripce: jednovláknové RNA-RT (ssRNA-RT) viry a dvouvláknové DNA-RT (dsDNA-RT) viry. Viry zpětného přepisu jsou klasifikovány v království Pararnavirae v říši Riboviria.

Skupina VI: single-stranded RNA viry s DNA intermediateEdit

šestý Baltimore skupina obsahuje viry, které mají (pozitivní smysl) single-stranded RNA genom, který má DNA intermediate ((+)ssRNA-RT) v jeho replikačního cyklu. viry ssRNA-RT jsou transkribovány stejným způsobem jako viry DNA, ale jejich lineární genomy jsou nejprve převedeny na formu dsDNA procesem zvaným reverzní transkripce. Virové reverzní transkriptázy enzymu syntetizuje vlákno DNA z ssRNA vlákno, a RNA je degradován a nahrazen vlákna DNA k vytvoření dsDNA genomu. Genom je pak integrován do DNA hostitelské buňky, kde se nyní nazývá provirus. RNA polymeráza II hostitelské buňky pak transkribuje RNA v jádru z provirové DNA. Některé z této RNA se mohou stát mRNA, zatímco jiné řetězce se stanou kopiemi virového genomu pro replikaci.

ssRNA-RT viry jsou zahrnuty ve třídě Revtraviricetes, kmen Arterviricota, království Pararnavirae říše Riboviria. Kromě Caulimoviridae, který patří do skupiny VII, jsou všichni členové Řádu Revtraviricetes ortervirales viry ssRNA-RT.

Skupina VII: dvouvláknové DNA viry s RNA intermediateEdit

sedmý Baltimore skupina obsahuje viry, které mají double-stranded DNA, genomu, který má RNA intermediate (dsDNA-RT) v jeho replikačního cyklu. dsDNA-RT viry mají mezeru v jeden pramen, který je opraven vytvořit kompletní dsDNA genomu před transkripce. viry dsDNA-RT jsou transkribovány stejným způsobem jako viry dsDNA, ale využívají reverzní transkripci k replikaci jejich kruhového genomu, zatímco je stále v kapsidě. RNA polymeráza II hostitelské buňky přepisuje řetězce RNA z genomu v cytoplazmě a genom je replikován z těchto řetězců RNA. Genom dsDNA je produkován z pregenomických řetězců RNA stejným obecným mechanismem jako viry ssRNA-RT, ale s replikací vyskytující se ve smyčce kolem kruhového genomu. Po replikaci může být genom dsDNA zabalen nebo odeslán do jádra pro další kola transkripce.

viry dsDNA-RT jsou, stejně jako ssRNA-RT, všechny zahrnuty do třídy Revtraviricetes. Jsou rozpoznány dvě rodiny virů dsDNA-RT: Caulimoviridae, který patří do řádu Ortervirales, a Hepadnaviridae, což je jediná rodina v řádu Blubervirales.

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna.