Počátku Evropské průniky a rozvíjející se sultanates
sláva Malacca jako rozcestí Asijského obchodu dosáhl Evropě do počátku 16.století. Portugalci, kteří po století bylo hledání námořní cesty do východní Asie, konečně dorazil na Malacca v roce 1509, zahájení nové éry Evropské aktivity v Jihovýchodní Asii. Ačkoli hodně z jihovýchodní Asie, včetně Severního Bornea, zažil malý západní dopad před 19. stoletím, Malaya byla jednou z prvních oblastí, které byly narušeny. V roce 1511 portugalská flotila vedená Afonso de Albuquerque dobyla Malaccu.
Protože několik obchodníků z Malacca se rozhodl vydržet dobyvatelů vysoké daně a nesnášenlivosti Islámu, město nakonec strádal pod portugalskou kontrolou. Sultanát Aceh (Acheh) v severní Sumatra následně skočil do politické vakuum vytvořené Malacca pokles, a v průběhu 16. a počátku 17. století Acehnese byly hluboce zapojeny v poloostrovní věci, válčících proti různým sultanates a v době, ovládající některé, nebo většina z nich. Nedostatečně obsazená portugalská autorita v Malacce byla sotva schopna odrazit opakované útoky sultanátu Aceh. Mezitím Nizozemci, kteří založili nizozemskou Východoindickou společnost v roce 1602, vznikla jako dominantní Evropská mocnost v jihovýchodní Asii. V roce 1641 Holanďané obsadili Malaccu, a přestože se pokusili oživit její obchod, město nikdy nezískalo svou dřívější slávu.
během vzestupu a pádu Malaccy se nové sultanáty objevovaly jinde v malajském světě. Oni obvykle se nachází v ústí velké řeky a snažili kontrolovat obchod do a z interiéru, který často byl obsazen seminomadic národy, jako jsou domorodých Orang Asli („Původní Lidé“) Malajska a různých původních obyvatel Bornea. Mladší sultanáty-jako Riau-Johor a Kedah, oba na poloostrově, a Brunej, na severním pobřeží Bornea-převzal některé z obchodních funkcí Malacca a vzkvétal po několik století. Islám dosáhl dalších oblastí severního Bornea v 15. a 16. století; mnoho přímořských národů převedeny, ale většina obyvatel interiéru i nadále trénovat místní náboženství i do 20.století. Malajské politické kontroly šíření, s Brunej sultánů, kterým se tvrdí, že hodně z toho, co se dnes Sarawak a Sabah—i když jejich aktuální výkon jen zřídka dosáhl daleko za pobřežní zóny. Pokusy Brunej ovládat interiéru často neúspěšné, zejména po agresivní Iban (Moře Dayak) lidé započala jejich migrace do dnešní Sarawak ze západní Borneo (16 přes 18. století). Siamská přišel ovládat některé severní Malajský sultanates, a nejjižnější část dnešní Thajsko má stále převážně Malajské Muslimské populace. Malajské sultanáty zahrnovaly mnoho, často bojující chiefdoms. V důsledku toho čas od času vypukly války uvnitř a mezi sultanáty. Z Evropanů pohledu sultanát systém s hierarchickým ale kolísá sfér vlivu přes mobilní populace—byl politicky nestabilní.
Během 17. století mnoho Minangkabau lidé stěhovali ze západní Sumatra do jihozápadní Malajsko, s sebou přináší matrilineal sociokulturní systém, který majetek a autoritu sestoupil skrze ženské strany. Zvolili své náčelníky z řad způsobilých aristokratických kandidátů, model, který byl začleněn do současného malajsijského výběru krále. Později Minangkabau vytvořil konfederaci devíti malých států (Negeri Sembilan). Politický pluralismus Malajska v 18. století také usnadnil rozsáhlé pronikání poloostrova tím, že Buginese lidé z jihozápadní Celebes (Sulawesi), velký ostrov v jihovýchodní části Bornea, která je nyní součástí Indonésie. S dobře-získal pověst jako námořní obchodníci, Buginese přistěhovalci založili sultanát Selangor na západním pobřeží Malajska v polovině 1700s. Na jihovýchodní, že získal důležitost v sultanátu Johor, která se na špičce poloostrova, byl prosperující obchodní entrepôt, že přitahuje Asijských a Evropských obchodníků. Přes nepřetržitý pohyb národů ze souostroví do oblasti, Malaya a severní Borneo zůstaly řídce osídlené až do počátku 19. století. Mnoho dnešních Malajců je potomky přistěhovalců odjinud v souostroví jihovýchodní Asie, kteří přišli po roce 1800. Opravdu, přistěhovalci z Jáva, Celebes, a Sumatra prokázaly tendenci asimilovat do stávající Malajský společenství v průběhu doby, proces, který neustále zrychlil se vzestupem Malajský nacionalismus a lidové vzdělávání v roce 1930. Některé z tradic, které přinesla Minangkabau, Javanese, a další přistěhovalci jsou stále praktikuje v okresech, kde se usadili, což přispívá k mnoha regionálních variantách Malajské kultury a jazyka.