Frühe europäische Eingriffe und aufstrebende Sultanate
Der Ruhm Malakkas als Knotenpunkt des asiatischen Handels hatte Europa zu Beginn des 16. Die Portugiesen, die seit einem Jahrhundert einen Seeweg nach Ostasien suchten, kamen schließlich 1509 in Malakka an und leiteten eine neue Ära europäischer Aktivitäten in Südostasien ein. Obwohl ein Großteil Südostasiens, einschließlich Nordborneos, vor dem 19.Jahrhundert kaum Auswirkungen auf den Westen hatte, war Malaya eine der ersten Regionen, die gestört wurden. 1511 eroberte eine portugiesische Flotte unter der Führung von Afonso de Albuquerque Malakka.
Weil nur wenige Kaufleute von Malakka die hohen Steuern und die Intoleranz der Eroberer gegenüber dem Islam ertragen wollten, schmachtete die Stadt schließlich unter portugiesischer Kontrolle. Das Sultanat von Aceh (Aceh) (Acheh) im nördlichen Sumatra sprang nachher in das politische Vakuum, das durch den Niedergang von Malacca geschaffen ist, und während des 16. und frühen 17.Jahrhunderts waren die Acehese tief in Halbinselangelegenheiten verwickelt, gegen verschiedene Sultanate kriegführend und manchmal einige oder die meisten von ihnen kontrollierend. Tatsächlich war die unterbesetzte portugiesische Behörde in Malakka kaum in der Lage, wiederholte Angriffe des Sultanats Aceh abzuwehren. In der Zwischenzeit entstanden die Niederländer, nachdem sie 1602 die niederländische Ostindien-Kompanie gegründet hatten, als dominierende europäische Macht in Südostasien. 1641 eroberten die Holländer Malakka, und obwohl sie versuchten, seinen Handel wiederzubeleben, erlangte die Stadt nie ihren früheren Glanz zurück.
Während des Aufstiegs und Falls von Malakka entstanden anderswo in der malaiischen Welt neue Sultanate. Sie befanden sich normalerweise an der Mündung eines großen Flusses und versuchten, den Handel von und nach innen zu kontrollieren, das oft von seminomadischen Völkern wie den Aborigines bevölkert wurde Orang Asli („Ureinwohner“) von Malaya und die verschiedenen indigenen Völker von Borneo. Jüngere Sultanate – wie Riau—Johor und Kedah, beide auf der Halbinsel, und Brunei, an der Nordküste Borneos – übernahmen einige der Handelsfunktionen Malakkas und blühten mehrere Jahrhunderte lang auf. Der Islam erreichte im 15. und 16.Jahrhundert andere Gebiete Nordborneos; viele Küstenvölker konvertierten, aber die meisten Bewohner des Landesinneren praktizierten bis weit ins 20. Malaiische politische Kontrolle breitete sich aus, und die Sultane von Brunei beanspruchten viel von dem, was heute Sarawak und Sabah sind — obwohl ihre tatsächliche Macht selten weit über die Küstenzone hinausreichte. Versuche Bruneis, das Landesinnere zu kontrollieren, scheiterten häufig, insbesondere nachdem die aggressiven Iban (Sea Dayak) ihre Migration von Westborneo (16. bis 18. Jahrhundert) in das heutige Sarawak begonnen hatten. Die Siamesen kontrollierten einige der nördlichen malaiischen Sultanate, und der südlichste Teil des heutigen Thailand hat immer noch eine überwiegend malaiisch-muslimische Bevölkerung. Zu den malaiischen Sultanaten gehörten viele, oft verfeindete Häuptlinge. Infolgedessen kam es von Zeit zu Zeit zu Kriegen innerhalb und zwischen den Sultanaten. Aus Sicht der Europäer war das Sultanatssystem mit seinen hierarchischen, aber schwankenden Einflusssphären auf die mobile Bevölkerung politisch instabil.
Während des 17.Jahrhunderts wanderten viele Minangkabau von West-Sumatra in den Südwesten Malayas aus und brachten ein matrilineares soziokulturelles System mit, durch das Eigentum und Autorität durch die weibliche Seite abstammen. Sie wählten ihre Häuptlinge aus berechtigten aristokratischen Kandidaten, Ein Modell, das in die Auswahl eines Königs durch das zeitgenössische Malaysia aufgenommen wurde. Später bildeten die Minangkabau eine Konföderation von neun kleinen Staaten (Negeri Sembilan). Der politische Pluralismus von Malaya im 18.Jahrhundert erleichterte auch die großflächige Durchdringung der Halbinsel durch Buginesen aus dem Südwesten von Celebes (Sulawesi), einer großen Insel südöstlich von Borneo, die heute zu Indonesien gehört. Mit einem wohlverdienten Ruf als Seehändler gründeten buginesische Einwanderer Mitte der 1700er Jahre das Sultanat Selangor an der Westküste Malayas. Im Südosten gewannen sie im Sultanat Johor an Bedeutung, das an der Spitze der Halbinsel ein wohlhabendes Handelsunternehmen war, das asiatische und europäische Kaufleute anzog. Trotz der kontinuierlichen Bewegung von Völkern aus dem Archipel in das Gebiet blieben Malaya und Nordborneo bis ins frühe 19. Viele heutige Malaien sind Nachkommen von Einwanderern aus anderen archipelagischen Südostasiens, die nach 1800 ankamen. In der Tat zeigten Einwanderer aus Java, Celebes und Sumatra eine Tendenz, sich im Laufe der Zeit an die bestehende malaiische Gemeinschaft zu assimilieren, ein Prozess, der sich mit dem Aufstieg des malaiischen Nationalismus und der einheimischen Bildung in den 1930er Jahren stetig beschleunigte. Einige der Traditionen, die von Minangkabau, Javanern und anderen Einwanderern mitgebracht wurden, werden immer noch in Distrikten praktiziert, in denen sie sich niederließen, was zu den vielen regionalen Variationen der malaiischen Kultur und Sprache beiträgt.