Heinz est né l’un des huit enfants D’immigrés allemands. Son père Johann Heinrich Heinz (*5 août 1811 à Kallstadt; † 23 décembre 1891 à Pittsburgh) était originaire du Palatinat et sa mère Anna Margaretha Schmidt de Kruspis en Hesse. L’entrepreneur Friedrich Trump, qui a également immigré en Amérique depuis Kallstadt, grand-père du 45e président américain Donald Trump, était un cousin au 2e degré de Henry John Heinz.
en 1869, Heinz fonde avec son ami L. Clarence Noble à Sharpsburg (Pennsylvanie) la société Heinz Noble & dont le produit principal était le raifort dans des verres transparents pour prouver la pureté du produit. En 1875, cette société a dû déclarer faillite. Un an plus tard, avec son frère et un Cousin, il fonda la F. & J. Heinz Company, dont la gamme de produits fit son apparition quelques années plus tard. En 1888, Heinz reprend les parts de ses partenaires commerciaux, réorganise l’entreprise et la nomme H. J. Heinz Company. Des normes de qualité élevées et de la publicité figuraient parmi les recettes de succès de Heinz.
Heinz a séjourné plusieurs fois à Kallstadt à L’âge de 69 ans et a passé des séjours à Bad Kissingen, la dernière fois à 69 ans en 1914, quand il a été surpris par la Première Guerre mondiale et n’a pas été autorisé à quitter l’hôtel. Néanmoins, il réussit à s’enfuir et à retourner aux États-Unis via la Hollande. Ce fut sa dernière visite en Allemagne.
le 14 Mai 1919, Heinz meurt d’une pneumonie. Par la suite, son fils Howard Heinz dirigea et développa L’entreprise jusqu’en 1941, puis son petit-fils Henry John Heinz II jusqu’en 1987. Son arrière-petit-fils, L’homme politique Henry John Heinz III, était marié à la philanthrope Teresa Heinz et mourut en 1991 dans le crash de son avion privé.