Quando Itachi aveva quattro anni, Fugaku decise di portare Itachi a vedere montagne di cadaveri derivanti dalla Terza Guerra Shinobi Warld, sperando che avrebbe aiutato suo figlio a maturare rapidamente. Mentre riuscì nel suo obiettivo, la maturità di Itachi prese una strada diversa da quella sperata da Fugaku, trasformando il giovane ragazzo in un pacifista. Durante la terza guerra mondiale Shinobi, un caro amico di Fugaku morì in battaglia, permettendogli di risvegliare il Mangeky Sharingan, un fatto che decise di tenere nascosto a tutti. Dopo la guerra, quando interrogato dal suo clan su Kakashi Hatake ottenere lo Sharingan da Obito Uchiha, Fugaku ha scelto di rispettare le azioni morenti di Obito e permettere a Kakashi di mantenere il suo dono. Quando Hiruzen Sharutobi si stava preparando a dimettersi come Hokage, Fugaku era tra gli shinobi considerati scelti come Quarto Hokage. Quando la moglie di Fugaku ha dato alla luce il loro secondo figlio, con la benedizione di Hiruzen, Fugaku orgogliosamente chiamato il bambino Sasuke dopo il padre del Terzo Hokage.
Con l’attacco del Demone a nove code Foxe, il villaggio accusò il clan Uchiha di aver orchestrato l’attacco in quanto non agivano contro la bestia dalla coda (nell’anime, questo era dovuto agli ordini di Danzo Shimura di concentrare tutti gli sforzi dell’Uchiha esclusivamente sulla protezione degli abitanti del villaggio). Questo, combinato con il trasferimento degli Uchiha più lontano dal villaggio, causò una spaccatura tra il villaggio e il clan Uchiha. Nonostante questo, gli abitanti del villaggio ammiravano ancora Fugaku e gli sforzi del clan Uchiha di mantenere la pace. Ciò non impedì a Fugaku di cospirare per un colpo di stato che avrebbe permesso al clan Uchiha di prendere il controllo del villaggio per dispetto. Alla fine, Fugaku mise Itachi come spia nell’Anbu per trasmettere informazioni al clan. Tuttavia, Itachi tradì segretamente l’Uchiha e divenne un doppio agente, facendo trapelare informazioni al villaggio.
Riconoscendo la mente prodigiosa e il talento di Itachi, Fugaku iniziò ad addestrarlo regolarmente, stupito quando padroneggiò il Fuoco: Grande tecnica palla di fuoco al suo primo tentativo dopo aver assistito solo una volta. Vedendo tale potenziale in Itachi ed essendo il suo figlio maggiore, quindi il successore del clan, Fugaku focalizzò la maggior parte della sua attenzione su di lui anche difendendo Itachi quando fu sospettato di aver ucciso Shisui Uchiha. Tuttavia, i due ebbero un litigio quando Itachi perse la speranza nel clan, portando Fugaku a spostare la sua attenzione su Sasuke, insegnandogli anche come usare le tradizionali tecniche di rilascio del Fuoco del loro clan, e rimase impressionato da come Sasuke fosse in grado di padroneggiare la tecnica dopo solo una settimana. Sasuke fu finalmente in grado di godersi la compagnia di suo padre, ma Fugaku gli consigliò di non seguire le orme di Itachi.
Dopo un altro incontro del clan sul colpo di stato, Fugaku chiamò Itachi per parlare con lui privatamente. Ha rivelato che la tavoletta di pietra all’interno del Santuario di Naka conteneva segreti per un mondo migliore per tutti, ma richiedeva uno Sharingan evoluto per leggerlo, rivelando la verità sulla sua acquisizione di Mangekyō Sharingan. Conoscendo l’esitazione di suo figlio per lo spargimento di sangue e la riluttanza ad attaccare il villaggio, espresse il suo desiderio che questa rivoluzione finisse senza morti, insistendo sul fatto che con l’aiuto di Itachi avrebbero potuto raggiungere questo obiettivo. Dimostrando ulteriormente il suo punto, ha rivelato che non ha mai detto a nessuno nel clan del suo Mangekyō Sharingan nel timore che gli avrebbero chiesto di usare il suo potere per prendere il controllo delle Nove Code da usare per attaccare Konoha. Durante la caduta del Clan Uchiha , Fugaku si rese subito conto che Itachi era dietro questo attacco e lo affrontò tramite un clone, esprimendo le loro rispettive opinioni.Itachi poi affrontò i suoi genitori, ma Fugaku e Mikoto non resisterono e dissero a Itachi che erano ancora orgogliosi di lui e di promettere di prendersi cura di Sasuke prima che lasciassero che Itachi li uccidesse. Fugaku fu poi trovato morto in cima al cadavere di sua moglie.
Fugaku con la sua famiglia
Come leader degli Uchiha, Fugaku era concentrato sull’interesse e sul benessere del clan e aveva un forte senso di responsabilità. Suo figlio, Sasuke, lo vedeva come un uomo severo e indifferente mentre era visto come una figura paterna per il resto del clan. Come Itachi era il suo successore come capo del clan, Fugaku trascorso gran parte del suo tempo concentrandosi sullo sviluppo del suo primogenito e poco tempo con il suo più giovane. Sasuke addestrato costantemente al fine di ottenere l’attenzione e l’approvazione di suo padre. Verso la fine della sua vita, Fugaku aveva spostato la sua attenzione su Sasuke, avendo perso la speranza nel ribelle Itachi. Era solo impressionato da grandi imprese e raramente lodava chiunque, avendo grandi aspettative. Fugaku era molto serio, quasi sorridendo la maggior parte del tempo. A cui, ha mostrato notevole disgusto per Itachi quando si sottraeva ai suoi doveri come partecipare alle riunioni e alle missioni.
Mentre esteriormente Fugaku sembrava severo e negligente verso i suoi figli maggiori e più giovani, rispettivamente, accoppiato con la sua devozione e l’attenzione per il benessere del suo clan lo ha portato a sembrare odioso e non negoziabile, era ancora un individuo molto premuroso per i suoi figli. Secondo Mikoto, quando lei e Fugaku erano soli, Fugaku avrebbe per lo più, se non solo, parlare di Sasuke. Mentre cercava sempre di motivare Sasuke a migliorare, non riuscì a vedere il desiderio di Sasuke di essere riconosciuto come suo figlio piuttosto che paragonato a Itachi. Amava entrambi i suoi figli così teneramente che quando vide Itachi massacrare il loro clan, diede a Itachi la possibilità di una spiegazione. Dopo aver capito che stava facendo questo per salvaguardare la vita di Sasuke, piuttosto che resistere alla morte poiché non voleva ferire il suo figlio maggiore, lui e sua moglie permisero volontariamente a Itachi di giustiziarli in cambio di assicurare il futuro di Sasuke e semplicemente chiedendo a Itachi di prendersi cura del suo figlio più piccolo. Fugaku dimostrò anche grande rimorso per la svolta che la vita di Itachi aveva preso, incolpandosi del dolore che Itachi dovette sopportare dopo aver riflettuto che Itachi avrebbe potuto essere il primo Hokage Uchiha, ammettendo tristemente che il suo gravare Itachi con la missione del Clan Uchiha gli aveva rubato il futuro di suo figlio.
Nell’anime, Fugaku ha ereditato gran parte della Volontà di Fuoco. Voleva sinceramente preservare la pace a Konoha, seguendo il trasferimento nonostante le proteste del clan Uchiha per non lasciare che la situazione a Konoha peggiorasse. Arrivò persino a istruire i suoi compagni di clan a lasciare in pace Kakashi, che era stato recentemente impiantato con uno Sharingan di Obito. Chiese anche a Hiruzen di nominare il suo secondo figlio dopo il padre di Hiruzen. Era anche molto più saggio del suo clan, disposto a collaborare con il trasferimento se il villaggio avrebbe sedato i loro sospetti nel tempo, ma alla fine perse la pazienza. Anche dopo aver concordato con il desiderio di rivoluzione del suo clan, ha espresso il suo sgomento per andare su di esso in un modo che ha coinvolto lo spargimento di sangue di civili, sperando di porre fine rapidamente e con il minor danno possibile. Ha anche scelto di mantenere il suo Mangekyō Sharingan un segreto dal suo clan nel timore che li avrebbe spinti a cercare un maggiore potere attraverso mezzi amorali.
Fugaku nel suo abbigliamento jōnin
Fugaku aveva i capelli corti e castani che raggiungevano le spalle e gli occhi color onice, con pieghe visibili sotto di loro rese più pronunciate ogni volta che adottava un aspetto severo (quest’ultimo ereditato da Itachi). Indossava un semplice kimono con pantaloni grigi che aveva il simbolo del clan sul retro quando non era in servizio.
Mentre era in servizio, indossava la giacca flak standard , insieme a una camicia nera con il simbolo della forza di polizia militare Konoha sulle spalle, parastinchi e un grembiule nero, aperto davanti con diamanti bianchi sul fondo.
Fugaku insegna a Sasuke la firma del clan
Come leader sia del clan Uchiha che della Forza di Polizia militare Konoha, Fugaku era probabilmente un formidabile shinobi e esperto in tutte le tecniche del suo clan. Le abilità di Fugaku furono tenute in grande considerazione dai suoi compagni di clan poiché ritenevano che Fugaku avrebbe dovuto essere un contendente per il Quarto Hokagalongside Minato Namikaze e Orochimaru. Le sue abilità erano così avanzate che anche suo figlio maggiore Itachi, un membro di spicco del loro clan all’epoca, sperava di evitare di combattere un simile avversario.Era tra gli shinobi presenti in cima all’Accademia per l’inaugurazione di Minato come Hokage, suggerendo che era un individuo molto rispettato tra il villaggio. La sua intelligenza è stata notata da Danzo Shimura come una delle più grandi delle generazioni. È stato anche dimostrato di essere molto attento, in grado di determinare rapidamente quando veniva spiato da lontano.
Mangekyō Sharingan di Fugaku
Fugaku aveva anche una certa conoscenza del Mangegyo Sharingan, dopo aver detto a Sasuke che ha bisogno di un grande sacrificio per risvegliarsi. Nell’anime, Fugaku risvegliò il Mangekyō Sharingan durante la Terza Grande Guerra Shinobi dopo che il suo amico si sacrificò per salvarlo. Il suo Mangekyō Sharingan ha tre punti seguiti da tre curve a spirale in senso antiorario attorno alla pupilla.
Sebbene non si sappia molto del suo Mangekyō Sharingan, Fugaku era sicuro che fosse abbastanza forte da controllare completamente le Nove Code.