初期のヨーロッパの侵入と新興スルタン
アジアの商業の岐路としてのマラッカの名声は、16世紀の初めまでにヨーロッパに達していた。 一世紀にわたって東アジアへの海路を模索していたポルトガル人は、1509年に最終的にマラッカに到着し、東南アジアにおけるヨーロッパの活動の新 ボルネオ北部を含む東南アジアの多くは、19世紀以前にはほとんど西洋の影響を受けていなかったが、マラヤは最初に混乱した地域の一つであった。 1511年、アフォンソ-デ-アルバカーキ率いるポルトガル艦隊がマラッカを占領した。
マラッカの商人は征服者の高い税金とイスラム教の不寛容に耐えることを選んだため、最終的にはポルトガルの支配下に低迷した。 北スマトラのアチェ王国（アチェ）は、その後、マラッカの衰退によって作成された政治的な真空に跳躍し、16世紀から17世紀初頭の間にアチェ人は、様々なスルタンと戦って、時にはそれらのいくつかまたはほとんどを制御し、半島情勢に深く関与していた。 実際、マラッカのポルトガル当局は、アチェのスルタンによる繰り返しの攻撃をかろうじて撃退することができました。 一方、1602年にオランダ東インド会社を設立したオランダは、東南アジアにおける支配的なヨーロッパの力として生まれました。 1641年、オランダはマラッカを占領し、貿易を復活させようとしたが、都市は以前の栄光を回復することはなかった。
マラッカの盛衰を通じて、マレー世界の他の場所で新しいスルタンが出現していた。 彼らは通常、主要な川の河口に位置し、マラヤのアボリジニのオランアスリ（”元の人々”）やボルネオの様々な先住民族のようなセミノマド族の人々が住んでいた内陸部との貿易を制御しようとした。 半島のリアウ＝ジョホールやケダ、ボルネオ北部のブルネイなどの若いスルタンたちは、マラッカの貿易機能の一部を引き継ぎ、数世紀にわたって繁栄した。 イスラム教は15世紀と16世紀にボルネオ北部の他の地域に到達しました; 多くの沿岸の人々が改宗したが、内陸部の住民のほとんどは20世紀まで地元の宗教を実践し続けた。 マレーの政治的支配は広がり、ブルネイのスルタンは今日のサラワク州とサバ州の大部分を主張したが、実際の権力は沿岸域をはるかに超えてはほとんど達しなかった。 ブルネイが内陸部を支配しようとした試みは、特に攻撃的なイバン（海のダヤク）の人々がボルネオ西部（16世紀から18世紀）から現在のサラワクへの移住を開始した後、しばしば失敗した。 シャム人はマレー北部のスルタンの一部を支配するようになり、現在のタイの最南端には依然としてマレー人のイスラム教徒が主に住んでいます。 マレー人のスルタン人には多くの族長が含まれており、しばしば族長との確執があった。 その結果、スルタン内およびスルタン間の戦争は時々勃発した。 ヨーロッパ人の視点から見ると、スルタンのシステムは、階層的ではあるが変動するモバイル人口に対する影響力の領域を持つが、政治的に不安定であった。
17世紀の間、多くのミナンカバウ人がスマトラ西部からマラヤ南西部に移住し、財産と権威が女性側を通って降りた母系社会文化システムをもたらした。 彼らは適格な貴族の候補者の中から首長を選出し、現代マレーシアの王の選択に組み込まれているモデル。 その後、ミナンカバウは九つの小さな州（ネゲリ-センビラン）の連合を形成した。 18世紀のマラヤの政治的多元主義はまた、現在インドネシアの一部であるボルネオ島の南東にある大きな島であるセレベス島（スラウェシ島）南西部からのブギーニ族の人々による半島の大規模な浸透を促進した。 1700年代半ばにマラヤの西岸にセランゴール州が成立し、南東には半島の先端にあるジョホール州があり、アジアやヨーロッパの商人を惹きつける繁栄した貿易の中心地であった。 群島からこの地域への人々の継続的な移動にもかかわらず、マラヤとボルネオ北部は19世紀初頭までまばらに人口が残っていた。 現在のマレー人の多くは、1800年以降に到着した群島東南アジアの他の場所からの移民の子孫です。 実際、ジャワ、セレベス、スマトラからの移民は、時間の経過とともに既存のマレー人コミュニティに同化する傾向を示し、1930年代のマレー人ナショナリズムと方言教育の台頭とともに着実に加速した。 ミナンカバウ、ジャワ人、その他の移民によってもたらされた伝統のいくつかは、まだ彼らが定住した地区で実践されており、マレーの文化や言語の多くの地域的な変化に貢献している。