Baltimore classification

DNA virusedit

Main article: DNA virus

DNA virussen hebben genomen gemaakt van deoxyribonucleïnezuur (DNA) en zijn onderverdeeld in twee groepen: dubbelstrengs DNA (dsDNA) virussen en single-stranded DNA (ssDNA) virussen. Ze zijn ingedeeld in drie afzonderlijke rijken: Duplodnaviria, Monodnaviria en Varidnaviria. Velen moeten nog worden toegewezen aan een van deze taxa.

Groep I: dubbelstrengs DNA-virusedit

zie ook: Duplodnaviria en Varidnaviria

de eerste Baltimore-groep bevat virussen met een dubbelstrengs DNA (dsDNA)-genoom. Alle dsDNA virussen hebben hun mRNA samengesteld in een proces in drie stappen. Eerst, bindt een complex van de transcriptievoorinitiatie aan DNA stroomopwaarts van de plaats waar de transcriptie begint, toestaand voor de rekrutering van een polymerase van gastheerrna. Ten tweede, zodra de polymerase van RNA wordt aangeworven, gebruikt het de negatieve bundel als malplaatje voor het samenstellen van mRNA bundels. Ten derde, beëindigt de polymerase van RNA transcriptie op het bereiken van een specifiek signaal, zoals een polyadenylation plaats.

dsDNA-virussen maken gebruik van verschillende mechanismen om hun genoom te repliceren. Bidirectionele replicatie, waarbij twee replicatievorken op een plaats van oorsprong van de replicatie worden gevestigd en in tegengestelde richtingen van elkaar bewegen, wordt veel gebruikt. Een rolling cirkelmechanisme dat lineaire bundels produceert terwijl het vorderen in een lijn rond het cirkelgenoom is ook gemeenschappelijk. Sommige dsDNA-virussen gebruiken een methode van de bundelverplaatsing waarbij één bundel van een malplaatje bundel wordt samengesteld, en een bijkomende bundel dan van de voorafgaande gesynthetiseerde bundel wordt samengesteld, die een dsDNA-genoom vormen. Ten slotte, worden sommige dsDNA-virussen herhaald als deel van een proces genoemd replicatieve omzetting waarbij een viraal genoom in DNA van een gastheercel aan een ander deel van een gastheergenoom wordt herhaald.

dsDNA-virussen kunnen worden onderverdeeld in virussen die zich vermenigvuldigen in de kern en als zodanig relatief afhankelijk zijn van gastcelmachines voor transcriptie en replicatie, en virussen die zich vermenigvuldigen in het cytoplasma, in welk geval zij zijn geëvolueerd of hun eigen middelen hebben verworven om transcriptie en replicatie uit te voeren. de dsDNA virussen worden ook algemeen verdeeld tussen de staart dsDNA virussen, verwijzend naar leden van het gebied Duplodnaviria, gewoonlijk de staart bacteriofagen van de orde Caudovirales, en staartloze of niet-staart dsDNA virussen van het gebied Varidnaviria.

dsDNA-virussen zijn ingedeeld in drie van de vier gebieden en bevatten veel taxa die niet aan een gebied zijn toegewezen:

  • alle virussen in Duplodnaviria zijn dsDNA-virussen. Virussen in dit gebied behoren tot twee groepen: de staart bacteriofagen in Caudovirales en herpesviruses in Herpesvirales.
  • in Monodnaviria zijn leden van de klasse Papovaviriceten dsDNA-virussen. Virussen in Papovaviriceten vormen twee groepen: papillomavirussen en polyomavirussen.
  • alle virussen in Varidnaviria zijn dsDNA-virussen. De virussen in dit rijk omvatten adenoviruses, reuzenvirussen, en poxviruses.
  • De volgende taxa die zijn toegewezen aan een rijk uitsluitend bevatten dsDNA virussen:
    • Bestellingen: Ligamenvirales
    • Families: Ampullaviridae, Baculoviridae, Bicaudaviridae, Clavaviridae, Fuselloviridae, Globuloviridae, Guttaviridae, Halspiviridae, Hytrosaviridae, Nimaviridae, Nudiviridae, Ovaliviridae, Plasmaviridae, Polydnaviridae, Portogloboviridae, Thaspiviridae, Tristomaviridae
    • Soorten: Dinodnavirus, Rhizidiovirus

Groep II: single-stranded DNA virusedit

de canine parvovirus is een ssdna virus.

zie ook: Monodnaviria

De tweede Baltimore-groep bevat virussen die een single-stranded DNA (ssDNA) – genoom hebben. ssdna virussen hebben dezelfde manier van transcriptie als dsDNA virussen. Nochtans, omdat het genoom single-stranded is, wordt het eerst gemaakt in een double-stranded vorm door een polymerase van DNA bij het ingaan van een gastheercel. mRNA wordt dan samengesteld uit de double-stranded vorm. De double-stranded vorm van ssdna virussen kan direct na ingang in een cel of als gevolg van replicatie van het virale genoom worden geproduceerd. Eukaryotic ssdna virussen worden gerepliceerd in de kern.

De meeste ssDNA-virussen bevatten cirkelvormige genomen die worden gerepliceerd via rolling circle replicatie (RCR). ssDNA RCR wordt geïnitieerd door een endonuclease die aan de positieve bundel bindt en splijt, die een polymerase van DNA toestaan om de negatieve bundel als malplaatje voor replicatie te gebruiken. De replicatie vordert in een lijn rond het genoom door middel van uitbreiding 3′-eind van de positieve bundel, het verplaatsen van de voorafgaande positieve bundel, en endonuclease splijt de positieve bundel opnieuw om een standalone genoom tot stand te brengen dat in een cirkellijn wordt ligated. De nieuwe ssDNA kan in virions worden verpakt of door een polymerase van DNA worden herhaald om een double-stranded vorm voor transcriptie of voortzetting van de replicatiecyclus te vormen.

parvovirussen bevatten lineaire ssdna-genomen die worden gerepliceerd via rolling hairpin replicatie (RHR), wat vergelijkbaar is met RCR. De genomen van het Parvovirus hebben haarspeldlijnen bij elk eind van het genoom dat zich herhaaldelijk en opnieuw tijdens replicatie ontvouwt om de richting van de synthese van DNA te veranderen om zich heen en weer langs het genoom te bewegen, die talrijke exemplaren van het genoom in een ononderbroken proces veroorzaken. De individuele genomen worden dan uit deze molecule door de virale endonuclease verwijderd. Voor parvovirussen kan de positieve of negatieve zintuigstreng worden verpakt in kapsels, variërend van virus tot virus.

bijna alle ssDNA-virussen hebben positieve zintuiglijke genomen, maar er bestaan enkele uitzonderingen en eigenaardigheden. De familie Anelloviridae is de enige ssdna familie waarvan de leden negatieve zintuiglijke genomen hebben, die cirkelvormig zijn. Parvovirussen, zoals eerder vermeld, kunnen de positieve of negatieve zintuigstreng verpakken in virionen. Ten slotte bevatten bidnavirussen zowel de positieve als de negatieve lineaire strengen. In ieder geval, is de Betekenis van ssdna virussen, in tegenstelling tot voor ssRNA virussen, niet voldoende om ssdna virussen in twee groepen te scheiden aangezien alle ssdna virale genomen worden omgezet in dsDNA vormen voorafgaand aan transcriptie en replicatie.

ssDNA-virussen zijn ingedeeld in een van de vier rijken en omvatten verschillende families die niet aan een rijk zijn toegewezen:

  • in Monodnaviria zijn alle leden behalve virussen in Papovaviricetes ssdna virussen.
  • de niet-toegewezen families Anelloviridae en Spiraviridae zijn families van het ssDNA-virus.
  • virussen uit de familie Finnlakeviridae bevatten ssdna-genomen. Finnlakeviridae is niet toegewezen aan een gebied, maar is een voorgesteld lid van Varidnaviria.

RNA-virusedit

belangrijkste artikelen: RNA-virussen van Orthornavirae en RNA-virus

hebben genomen die zijn gemaakt van ribonucleïnezuur (RNA) en bestaan uit drie groepen: dubbelstrengs RNA (dsRNA)-virussen, positief-zintuig enkelstrengs RNA (+ssRNA)-virussen en negatief-zintuig enkelstrengs RNA (- ssRNA) – virussen. De meerderheid van de virussen van RNA is geclassificeerd in het Koninkrijk Orthornavirae in het rijk Riboviria. De uitzonderingen zijn over het algemeen viroïden en andere subvirale middelen, waaronder het Hepatitis D-virus.

Groep III: dubbelstrengs RNA-virusedit

rotavirussen zijn dsRNA virussen.

De derde Baltimore-groep bevat virussen die een dubbelstrengs genoom van RNA (dsRNA) hebben. Na het ingaan van een gastheercel, wordt het dsRNA genoom getranscribeerd aan mRNA van de negatieve bundel door de virale RNA-afhankelijke polymerase van RNA (RdRp). Het mRNA kan worden gebruikt voor vertaling of replicatie. Single-stranded mRNA wordt herhaald om het dsRNA-genoom te vormen. Het 5 ‘ – eind van het genoom kan naakt, afgedekt, of covalent aan een virale proteã ne worden gebonden.

dsRNA is geen molecuul dat door cellen wordt gemaakt, dus het cellulaire leven heeft antivirale systemen ontwikkeld om virale dsRNA te detecteren en te inactiveren. Om dit tegen te gaan, worden vele dsRNA genomen geconstrueerd binnenkant van kapsels, waardoor opsporing binnen van het cytoplasma van de gastheercel wordt vermeden. mRNA wordt uit de capside gedwongen om te worden vertaald of te worden getransloceerd van een volwassen capside naar een nageslacht capside. Terwijl de dsRNA virussen typisch capsiden hebben, zijn de virussen in de families Amalgaviridae en Endornaviridae niet waargenomen om virions te vormen en als zodanig blijkbaar capsiden ontbreken. Endornaviruses zijn ook ongebruikelijk in die zin dat in tegenstelling tot andere virussen van RNA, zij één enkel, lang open lezingskader (ORF), of vertaalbaar gedeelte, en een plaats-specifieke nick in het gebied 5′ van de positieve bundel bezitten.

dsRNA-virussen worden ingedeeld in twee phyla binnen het Koninkrijk Orthornavirae van het rijk Riboviria:

  • alle virussen in Duplornaviricota zijn dsRNA-virussen.
  • bij Pisuviricota zijn alle leden van de klasse Duplopiviricetes dsRNA-virussen.

groep IV: positieve betekenis single-stranded RNA virusedit

Coronavirussen zijn + ssRNA virussen.

de vierde Baltimore-groep bevat virussen die een positief genoom van betekenis single-stranded RNA (+ssRNA) hebben. Voor virussen + ssRNA, functioneert het genoom als mRNA, zodat wordt geen transcriptie vereist voor vertaling. Nochtans, zullen de + ssRNA virussen positieve betekeniskopieën van het genoom van negatieve betekenisbundels van een intermediair dsRNA-genoom ook veroorzaken. Dit doet dienst als zowel een transcriptie als een replicatieproces aangezien het gerepliceerde RNA ook mRNA is. Het 5 ‘- uiteinde kan naakt, afgedekt of covalent gebonden zijn aan een viraal eiwit, en het 3’-uiteinde kan naakt of gepolyadenyleerd zijn.

veel + ssRNA-virussen kunnen slechts een gedeelte van hun genoom transcriberen. Typisch, worden de subgenomic bundels van RNA (sgRNA) gebruikt voor vertaling van structurele en bewegingsproteã nen nodig tijdens Midden en late stadia van besmetting. de transcriptie van sgRNA kan door de synthese van RNA binnen het genoom eerder dan van het 5′-eind te beginnen voorkomen, door de synthese van RNA bij specifieke opeenvolgingen in het genoom te stoppen, of door, als een deel van beide vroegere methodes, leidingsequenties van het virale RNA samen te stellen die dan aan de bundels van sgRNA in bijlage zijn. Omdat replicatie vereist is voor sgrna synthese, wordt RdRp altijd eerst vertaald.

omdat het replicatieproces van het virale genoom intermediaire dsRNA-moleculen produceert, kunnen + ssRNA-virussen door het immuunsysteem van de gastheercel worden bestreden. Om opsporing te vermijden, herhalen de + ssRNA virussen in membraan-geassocieerde blaasjes die als replicatiefabrieken worden gebruikt. Van daar, gaat slechts virale +ssRNA, die mRNA kan zijn, het belangrijkste cytoplasmic gebied van de cel in.

+ssRNA-virussen kunnen worden onderverdeeld in virussen met polycistronisch mRNA, dat codeert voor een polyproteïne dat wordt gesplitst om meerdere Rijpe eiwitten te vormen, en virussen die subgenomische mRNA ‘ s produceren en daarom twee of meer vertaalronden ondergaan. + ssRNA virussen zijn opgenomen in drie phyla in het Koninkrijk Orthornavirae in het rijk Riboviria:

  • alle virussen in Lenarviricota zijn +ssRNA-virussen.
  • alle virussen in Pisuviricota zijn +ssRNA-virussen, met uitzondering van de klasse Duplopiviricetes, waarvan de leden dsRNA-genomen hebben.
  • alle virussen in Kitrinoviricota zijn + ssRNA-virussen.

Groep V: negatieve zintuig single-stranded RNA virusedit

Main article: Negarnaviricota

De vijfde Baltimore groep bevat virussen die een negatieve zintuig single-stranded RNA (-ssRNA) genoom hebben. mRNA, die positieve betekenis is, wordt direct getranscribeerd van het negatieve betekenisgenoom. Het eerste proces voor-ssRNA-transcriptie impliceert rdrp die aan een leidingsopeenvolging op het 3 ‘ eind van het genoom binden, het transcriberen van trifosfaat-leidend RNA van 5 dat wordt afgedekt, dan het stoppen en het herstarten op een transcriptiesignaal dat wordt afgedekt, die tot een eindsignaal wordt bereikt wordt voortgezet. De tweede manier is gelijkaardig maar in plaats van een GLB samen te stellen, kan RdRp gebruik maken van GLB het grijpen, waarbij een korte opeenvolging van mRNA van de gastheercel wordt genomen en als 5’ GLB van virale mRNA wordt gebruikt. Genomic-ssRNA wordt herhaald van het positieve betekenisantigenome op een gelijkaardige manier als transcriptie, behalve omgekeerd gebruikend antigenome als malplaatje voor het genoom. RdRp beweegt van 3 ‘- eind aan 5 ‘ – eind van het antigenoom en negeert alle transcriptiesignalen wanneer het synthetiseren van genomic-ssRNA.

verschillende ssRNA-virussen maken gebruik van speciale transcriptiemechanismen. De manier om de Polya staart te produceren kan via polymerase stotteren zijn, waarbij RdRp een adenine van uracil transcribeert en dan terug in de opeenvolging van RNA met mRNA beweegt om het opnieuw te transcriberen, die dit proces vele malen voortzet tot honderden adenines aan het 3′-eind van mRNA zijn toegevoegd. Bovendien, zijn sommige-ssRNA virussen ambisense, aangezien zowel de positieve als negatieve bundels afzonderlijk virale proteã nen coderen, en deze virussen twee afzonderlijke mRNA bundels veroorzaken: één direct van het genoom en één van een bijkomende bundel.

– ssRNA-virussen kunnen informeel worden onderverdeeld in niet-gesegmenteerde en gesegmenteerde genomen. De nonsegmented-ssRNA virussen herhalen in het cytoplasma, en gesegmenteerde-ssRNA virussen herhalen in de kern. Tijdens transcriptie, produceert RdRp één monocistronic mRNA bundel van elk segment van het genoom. All-ssRNA virussen worden ingedeeld in de phylum Negarnaviricota in het Koninkrijk Orthornavirae in het rijk Riboviria. Negarnaviricota bevat alleen-ssRNA virussen, dus “- ssRNA virus ” is synoniem met Negarnaviricota. Negarnaviricota is verdeeld in twee subphyla: Haploviricotina, waarvan de leden een cap-structuur synthetiseren op viraal mRNA dat nodig is voor eiwitsynthese, en Polyploviricotina, waarvan de leden in plaats daarvan caps op mRNA verkrijgen via cap snatching.

reverse transcribing virusedit

Main article: Revtraviricetes

Reverse transcribing (RT) virussen hebben genomen gemaakt van DNA of RNA en repliceren zich via reverse transcriptie. Twee groepen van omgekeerde transcriberen virussen bestaan: single-stranded RNA-RT (ssRNA-RT) virussen, en double-stranded DNA-RT (dsDNA-RT) virussen. Reverse transcribing virussen worden geclassificeerd in het Koninkrijk Pararnavirae in het rijk Riboviria.

Groep VI: enkelstrengs RNA-virussen met een DNA-intermediairdit

de zesde Baltimore-groep bevat virussen die een (positieve zin) enkelstrengs RNA-genoom hebben met een DNA-intermediair ((+) ssRNA-RT) in de replicatiecyclus. ssRNA-RT virussen worden getranscribeerd op dezelfde manier als de virussen van DNA, maar hun lineaire genomen worden eerst omgezet in een dsDNA vorm door een proces genoemd omgekeerde transcriptie. Het virale omgekeerde transcriptase enzym synthetiseert een bundel van DNA van de ssrna bundel, en de bundel van RNA wordt gedegradeerd en vervangen met een bundel van DNA om een dsDNA-genoom te creëren. Het genoom wordt dan geïntegreerd in het DNA van de gastheercel, waar het nu een provirus genoemd wordt. RNA-polymerase II van de gastheercel transcribeert dan RNA in de kern van proviral DNA. Wat van dit RNA kan mRNA worden terwijl andere bundels exemplaren van het virale genoom voor replicatie zullen worden.

ssRNA-RT-virussen behoren allemaal tot de klasse Revtraviricetes, phylum Arterviricota, Koninkrijk Pararnavirae van het rijk Riboviria. Met uitzondering van Caulimoviridae, die tot groep VII behoort, zijn alle leden van de Revtraviricetes orde Ortervirales ssRNA-RT virussen.

Groep VII: dubbelstrengs DNA-virussen met een RNA-intermediairdit

de zevende Baltimore-groep bevat virussen met een dubbelstrengs DNA-genoom met een RNA-intermediair (dsDNA-RT) in zijn replicatiecyclus. de virussen van dsDNA-RT hebben een hiaat in één bundel, die wordt hersteld om een volledig dsDNA-genoom voorafgaand aan transcriptie tot stand te brengen. de virussen van dsDNA-RT worden getranscribeerd op dezelfde manier als de virussen van dsDNA, maar maken gebruik van omgekeerde transcriptie om hun cirkelgenoom te herhalen terwijl het nog in capsid is. RNA-polymerase II van de gastheercel transcribeert de bundels van RNA van het genoom in het cytoplasma, en het genoom wordt herhaald van deze bundels van RNA. Het dsDNA-genoom wordt geproduceerd uit pregenomic bundels van RNA via het zelfde algemene mechanisme zoals ssrna-RT virussen, maar met replicatie die in een lijn rond het cirkelgenoom voorkomen. Na replicatie, kan het dsDNA-genoom worden ingepakt of naar de kern voor verdere rondes van transcriptie worden verzonden.

dsDNA-RT-virussen zijn, net als ssRNA-RT, allemaal opgenomen in de klasse Revtraviricetes. Twee families van dsDNA-RT virussen worden herkend: Caulimoviridae, die behoort tot de orde Ortervirales, en Hepadnaviridae, die is de enige familie in de orde Blubervirales.

Geef een antwoord

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd.