vroege Europese invasies en opkomende sultanaten
de roem van Malakka als het kruispunt van de Aziatische handel had Europa bereikt aan het begin van de 16e eeuw. De Portugezen, die al een eeuw lang op zoek waren naar een zeeroute naar oost-Azië, kwamen uiteindelijk in 1509 aan in Malakka, waarmee een nieuw tijdperk van Europese activiteit in Zuidoost-Azië werd ingeluid. Hoewel een groot deel van Zuidoost-Azië, inclusief Noord-Borneo, voor de 19e eeuw weinig Westerse impact had, was Malaya een van de eerste regio ‘ s die werd verstoord. In 1511 veroverde een Portugese vloot onder leiding van Afonso de Albuquerque Malakka.Omdat weinig kooplieden van Malakka ervoor kozen om de hoge belastingen van de veroveraars en de intolerantie van de Islam te verdragen, kwijnde de stad uiteindelijk onder Portugese controle. Het sultanaat Atjeh (Acheh) in Noord-Sumatra sprong vervolgens in het politieke vacuüm dat was ontstaan door Malakka ‘ s verval, en tijdens de 16e en vroege 17e eeuw waren de Atjehnezen diep betrokken bij de schiereilanden. De onderbezette Portugese autoriteit in Malakka was nauwelijks in staat om herhaalde aanvallen van het sultanaat Atjeh af te weren. Ondertussen ontstonden de Nederlanders, die in 1602 de VOC hadden opgericht, als de dominante Europese macht in Zuidoost-Azië. In 1641 veroverden de Nederlanders Malakka, en hoewel ze probeerden de handel te doen herleven, herstelde de stad nooit zijn vroegere glorie.Tijdens de opkomst en ondergang van Malakka ontstonden elders in de Maleise Wereld Nieuwe sultanaten. Ze waren meestal gelegen aan de monding van een grote rivier en probeerden de handel van en naar het binnenland te controleren, dat vaak werd bevolkt door seminomadische volkeren zoals de Aboriginals Orang Asli (“oorspronkelijke mensen”) van Malaya en de verschillende inheemse volkeren van Borneo. Jongere sultanaten-zoals Riau—Johor en Kedah, beide op het schiereiland, en Brunei, aan de noordkust van Borneo-Namen enkele van de handelsfuncties van Malakka over en floreerden enkele eeuwen. De Islam bereikte andere gebieden van Noord-Borneo in de 15e en 16e eeuw; veel kustvolkeren bekeerden zich, maar de meeste inwoners van het binnenland bleven tot ver in de 20e eeuw lokale religies beoefenen. Maleis politieke controle verspreidde zich, met de Brunei sultans die aanspraak maken op veel van wat nu Sarawak en Sabah-hoewel hun werkelijke macht zelden bereikte veel buiten de kustzone. Pogingen van Brunei om het binnenland te controleren mislukten vaak, vooral nadat de agressieve Iban (Sea Dayak) mensen hun migraties naar het huidige Sarawak begonnen vanuit West-Borneo (16e tot en met 18e eeuw). De Siamezen kwamen om een aantal van de noordelijke Maleise sultanaten te controleren, en het zuidelijkste deel van het huidige Thailand heeft nog steeds een overwegend Maleise Moslim bevolking. De Maleise sultanaten bevatten vele, vaak vete stamhoofden. Als gevolg daarvan ontstonden er van tijd tot tijd oorlogen binnen en tussen de sultanaten. Vanuit het perspectief van de Europeanen was het Sultanaat—met zijn hiërarchische maar wisselende invloedssferen op mobiele bevolkingen—politiek instabiel.In de 17e eeuw migreerden veel Minangkabau ‘ s van West-Sumatra naar het zuidwesten van Maleisië, met een matrilineaal sociocultureel systeem waarmee eigendom en gezag via de vrouwelijke kant afdaalden. Ze kozen hun leiders uit geschikte aristocratische kandidaten, een model dat is opgenomen in de hedendaagse Maleisië selectie van een koning. Later vormden de Minangkabau een confederatie van negen kleine staten (Negeri Sembilan). Het politieke pluralisme van Malaya in de 18e eeuw zorgde ook voor een grootschalige penetratie van het schiereiland door Buginezen uit het zuidwesten van Celebes (Sulawesi), een groot eiland ten zuidoosten van Borneo dat nu deel uitmaakt van Indonesië. Met een welverdiende reputatie als maritieme handelaren, boeginese immigranten vestigden het Sultanaat van Selangor aan de westkust van Malaya in het midden van de jaren 1700. naar het zuidoosten, ze kregen bekendheid in het Sultanaat van Johor, die, op het puntje van het schiereiland, was een welvarende handelsondernemer die Aziatische en Europese handelaren aangetrokken. Ondanks de voortdurende beweging van mensen uit de archipel in het gebied, Malaya en Noord-Borneo bleven dunbevolkt tot in het begin van de 19e eeuw. Veel van de huidige Maleiers zijn afstammelingen van immigranten van elders in archipelachtig Zuidoost-Azië die na 1800 arriveerden. Inderdaad, immigranten uit Java, Celebes en Sumatra toonden een neiging om zich te assimileren met de bestaande Maleise gemeenschap in de loop van de tijd, een proces dat gestaag versneld met de opkomst van Maleis nationalisme en volkskunde in de jaren 1930. Sommige van de tradities gebracht door Minangkabau, Javaanse, en andere immigranten worden nog steeds beoefend in de districten waar ze gevestigd, bij te dragen aan de vele regionale variaties van de Maleise cultuur en taal.