wczesne europejskie najazdy i powstające sułtanaty
sława Malakki jako skrzyżowania handlu azjatyckiego dotarła do Europy na początku XVI wieku. Portugalczycy, którzy przez sto lat poszukiwali morskiej drogi do Azji Wschodniej, w końcu dotarli do Malakki w 1509 roku, rozpoczynając nową erę Europejskiej aktywności w Azji Południowo-Wschodniej. Chociaż znaczna część Azji Południowo-Wschodniej, w tym Północne Borneo, doświadczyła niewielkiego wpływu na zachód przed XIX wiekiem, Malaja była jednym z pierwszych regionów, które zostały zakłócone. W 1511 roku portugalska flota dowodzona przez Afonso de Albuquerque zdobyła Malakkę.
ponieważ niewielu kupców z Malakki zdecydowało się znieść wysokie podatki zdobywców i nietolerancję islamu, miasto ostatecznie pogrążyło się pod portugalską kontrolą. Sułtanat Acehu (Acheh) na północnej Sumatrze wskoczył następnie w polityczną próżnię stworzoną przez upadek Malakki, a w XVI i na początku XVII wieku Acehowie byli głęboko zaangażowani w sprawy Półwyspu, walcząc przeciwko różnym sułtanatom i czasami kontrolując niektóre lub większość z nich. W rzeczywistości niedostatecznie obsadzone władze portugalskie w Malakce były ledwo w stanie odeprzeć powtarzające się ataki Sułtanatu Acehu. Tymczasem Holendrzy, po utworzeniu Holenderskiej Kompanii Wschodnioindyjskiej w 1602 roku, stali się dominującą potęgą europejską w Azji Południowo-Wschodniej. W 1641 roku Holendrzy zajęli Malakkę i chociaż próbowali ożywić jej handel, miasto nigdy nie odzyskało dawnej świetności.
w czasie powstania i upadku Malakki, nowe sułtanaty pojawiały się gdzie indziej w malajskim świecie. Zazwyczaj znajdowały się one przy ujściu dużej rzeki i starały się kontrolować Handel do iz wnętrza, które często było zaludnione przez ludy seminomadyczne, takie jak aborygenowie Orang Asli („pierwotni ludzie”) z Malajów i różnych rdzennych mieszkańców Borneo. Młodsze sułtanaty-takie jak Riau—Johor i Kedah, zarówno na półwyspie, jak i Brunei, na północnym wybrzeżu Borneo-przejęły niektóre funkcje handlowe Malakki i rozwijały się przez kilka stuleci. Islam dotarł do innych obszarów północnego Borneo w XV i XVI wieku; wiele ludów wybrzeża nawróciło się, ale większość mieszkańców interioru nadal praktykowała lokalne religie aż do XX wieku. Malajska Kontrola polityczna rozprzestrzeniła się, a sułtani Brunei rościli sobie prawo do większości dzisiejszych Sarawak i Sabah—chociaż ich faktyczna władza rzadko sięgała daleko poza strefę przybrzeżną. Próby kontrolowania wnętrza przez Brunei często nie powiodły się, zwłaszcza po tym, jak agresywni ludzie Iban (Sea Dayak) rozpoczęli migrację do dzisiejszego Sarawak z Zachodniego Borneo (od XVI do XVIII wieku). Syjamczycy opanowali niektóre z północnych sułtanatów malajskich, a najbardziej wysunięta na południe część dzisiejszej Tajlandii nadal ma głównie malajską ludność muzułmańską. Sułtanaty malajskie obejmowały wielu, często zwaśnionych wodzów. W rezultacie od czasu do czasu wybuchały wojny w sułtanatach i między nimi. Z punktu widzenia Europejczyków system Sułtański – z jego hierarchicznymi, ale zmiennymi sferami wpływów nad mobilnymi populacjami-był niestabilny politycznie.
w XVII wieku wielu ludzi z Minangkabau wyemigrowało z Zachodniej Sumatry do południowo-zachodniej Malaji, niosąc ze sobą matrylinearny system społeczno-kulturowy, dzięki któremu własność i autorytet przeszły przez stronę żeńską. Wybierali swoich wodzów spośród uprawnionych arystokratycznych kandydatów, co zostało włączone do współczesnego malezyjskiego wyboru króla. Później Minangkabau utworzyło konfederację dziewięciu małych państw (Negeri Sembilan). Pluralizm polityczny Malajów w XVIII wieku ułatwił również wielkoskalową penetrację półwyspu przez ludność Bugińską z południowo-zachodniego Celebesu (Sulawesi), dużej wyspy na południowy wschód od Borneo, która jest obecnie częścią Indonezji. Dzięki dobrze zdobytej reputacji jako handlarzy morskich, Bugińscy imigranci założyli Sułtanat Selangor na zachodnim wybrzeżu Malaji w połowie XVII wieku. na południowym wschodzie zyskali na znaczeniu Sułtanat Johor, który na krańcu Półwyspu był zamożnym przedsiębiorstwem handlowym, które przyciągało azjatyckich i europejskich kupców. Pomimo ciągłego przemieszczania się ludów z archipelagu na ten obszar, Malaje i północne Borneo pozostawały słabo zaludnione do początku XIX wieku. Wielu współczesnych Malajów jest potomkami imigrantów z innych rejonów Azji Południowo-Wschodniej, którzy przybyli po 1800 roku. W rzeczywistości imigranci z Jawy, Celebesu i Sumatry wykazali tendencję do asymilacji z istniejącą społecznością malajską w czasie, proces, który stopniowo przyspieszał wraz z wzrostem Malajskiego nacjonalizmu i edukacji ludowej w latach 30. Niektóre z tradycji przywiezionych przez Minangkabau, Jawajczyków i innych imigrantów są nadal praktykowane w dzielnicach, w których osiedlili się, przyczyniając się do wielu regionalnych odmian kultury i języka malajskiego.