tidiga europeiska intrång och framväxande sultanater
berömmelsen av Malacca som korsningen av asiatisk handel hade nått Europa i början av 16-talet. Portugiserna, som i ett sekel hade sökt en sjöväg till östra Asien, anlände äntligen till Malacca 1509 och invigde en ny era av europeisk aktivitet i Sydostasien. Även om mycket av Sydostasien, inklusive norra Borneo, upplevde lite västerländsk påverkan före 19-talet, Malaya var en av de första regionerna som stördes. År 1511 en portugisisk flotta ledd av Afonso de Albuquerque fångade Malacca.
eftersom få köpmän i Malacca valde att uthärda erövrarnas höga skatter och intolerans mot Islam, försvann staden slutligen under portugisisk kontroll. Sultanatet Aceh (Acheh) i norra Sumatra hoppade därefter in i det politiska vakuum som skapades av Malaccas nedgång, och under 16 och tidiga 17-talen var Acehnese djupt involverade i halvön, stridande mot olika sultanater och ibland kontrollerade några eller de flesta av dem. Faktum är att den underbemannade portugisiska myndigheten i Malacca knappt kunde avvisa upprepade övergrepp från Sultanatet Aceh. Under tiden uppstod holländarna, efter att ha etablerat det Nederländska Ostindiska företaget 1602, som den dominerande europeiska makten i Sydostasien. År 1641 grep holländarna Malacca, och även om de försökte återuppliva sin handel, återhämtade staden aldrig sin tidigare ära.
under Malackas uppgång och fall uppstod nya sultanater någon annanstans i den malaysiska världen. De var vanligtvis belägna vid mynningen av en stor flod och försökte kontrollera handeln till och från det inre, som ofta befolkades av seminomadiska folk som aboriginal Orang Asli (”Originalfolk”) i Malaya och de olika ursprungsbefolkningarna i Borneo. Yngre sultanater-som Riau—Johor och Kedah, båda på halvön och Brunei, på Borneos norra kust-tog över några av Malaccas handelsfunktioner och blomstrade i flera århundraden. Islam nådde andra områden i norra Borneo i den 15: e och 16-talen; många kustfolk konverterade, men de flesta invånarna i inredningen fortsatte att utöva lokala religioner långt in på 20-talet. Malay politisk kontroll spridning, med Brunei sultaner anspråk på mycket av vad som idag Sarawak och Sabah—även om deras faktiska makt sällan nått mycket utanför kustzonen. Försök från Brunei att kontrollera interiören misslyckades ofta, särskilt efter det aggressiva Iban (Sea Dayak) människor började sina migreringar till dagens Sarawak från västra Borneo (16 till 18 århundraden). Siameserna kom för att kontrollera några av de norra Malaysiska sultanaten, och den sydligaste delen av dagens Thailand har fortfarande en övervägande Malaysisk muslimsk befolkning. De malaysiska sultanaten inkluderade många, ofta feudande hövdingar. Följaktligen utbröt krig inom och mellan sultanaten då och då. Ur Europas perspektiv var sultanatsystemet—med sina hierarkiska men fluktuerande inflytandesfärer över mobila populationer—politiskt instabilt.
under 17-talet migrerade många Minangkabau-människor från västra Sumatra till sydvästra Malaya och förde med sig ett matrilinealt sociokulturellt system genom vilket egendom och auktoritet härstammar genom den kvinnliga sidan. De valde sina chefer bland kvalificerade aristokratiska kandidater, en modell som har införlivats i samtida Malaysias urval av en kung. Senare bildade Minangkabau en konfederation av nio små stater (Negeri Sembilan). Den politiska pluralismen i Malaya på 18th century underlättade också storskalig penetration av halvön av Buginesiska människor från sydvästra Celebes (Sulawesi), en stor ö sydost om Borneo som nu är en del av Indonesien. Med ett välförtjänt rykte som maritima handlare etablerade Buginesiska invandrare Sultanatet Selangor på Malayas västkust i mitten av 1700-talet. i sydost fick de framträdande plats i Sultanatet Johor, som vid spetsen av halvön var en välmående handel entrepenuit som lockade asiatiska och europeiska köpmän. Trots kontinuerlig förflyttning av folk från skärgården i området, Malaya och norra Borneo förblev glest befolkade i början av 19-talet. Många dagens malajer är ättlingar till invandrare från andra håll i archipelagic Sydostasien som anlände efter 1800. Faktum är att invandrare från Java, Celebes och Sumatra visade en tendens att assimilera sig till det befintliga Malaysiska samhället över tid, en process som stadigt accelererade med uppkomsten av Malay nationalism och folklig utbildning på 1930-talet. Några av traditionerna från Minangkabau, Javanesiska och andra invandrare praktiseras fortfarande i distrikt där de bosatte sig, vilket bidrar till de många regionala variationerna av malaysisk kultur och språk.