Bipartitní Begomoviruses
DNA-z bipartitní geminiviruses kóduje dva proteiny (AV1 a AV2) v virion smysl a čtyři proteiny (AC1–AC4) v doplňkové smysl; DNA-B kóduje jeden protein každého (BV1 a BC1) v virion a doplňující smysl, respektive (Obrázek 6.40 A). V MYMV DNA – A existují dva transkripty ve virionovém smyslu (Shivaprasad et al., 2005). Výrobek z ORF AV1 je přeložen z přepisu začíná na pozici 141 a to pro AV2 z přepisu začíná na pozici 137 (Obrázek 6.40B). Jako iniciační kodon pro AV2 je na pozici 141, překlad by neměl být schopen začít od kratší přepis jako by žádný vedoucí sekvence. Podobná situace vyzařovací skenování platným v MYMV DNA-B virion-smysl přepis a překlad s děravou skenování krátké ORF BV2 obejít za překlad BV1.
komplementární transkripce je mnohem složitější a vede k více překrývajícím se RNA se společnými 3 ‚- konci, ale lišícími se jejich 5 ‚ – konci. Tři komplementární RNA z TGMV-B DNA se překládají a poskytují protein BC1, zatímco ty z DNA-A mají různé kódovací kapacity. Největší přepis, AC61 (přepisy jsou označeny podle jejich 5‘-konce, takže AC61 je z doplňkové straně DNA-začíná na 61 nukleotidů), pokrývající celou levou stranu DNA-a je jen RNA dává full-délka Rep proteinu (viz Kapitola 7, Oddíl VIII, D, 4 pro Rep proteiny). AC2540 a AC2515 může vyjádřit ORF AC4 a nejmenší RNAs (AC1935 a AC1629) určete, respektive AC2 od jejich prvního ORF a AC3 z jejich druhé ORF (Hanley-Bowdoin et al., 2000; Šung a kol., 2006). Na AC1629 promotor obsahuje konzervované vazebné místo pro jaderné proteiny z tabáku a Arabidopsis, které je nezbytné pro výraz AC2 a AC3 (Tu a Sunter, 2007). AC2 je však vyjádřen pouze z přepisu AC1629, zatímco AC3 je vyjádřen z obou přepisů. Předpokládá se, že kodony iniciace překladu AUG v rámci 5 ‚ UTR transkriptu AC1935 mohou regulovat expresi těchto genových produktů (Shung a Sunter, 2009). MYMV DNA-má dvě hlavní doplňková-sense transkripty, jeden začíná na pozici 2649, který je považován za bicistronic přepis pro AC1 a AC4 a jeden na obou pozicích, 1649 nebo 1646, což je bicistronic přepis pro AC2 a AC3 (Obrázek 6.40 B) (Shivaprasad et al., 2005). TGMV DNA-B má tři komplementární transkripty pro BC1 (obrázek 6.40 A) (Hanley-Bowdoin et al., 2000). MYMV BC1 je přeložen ze sestříhaného komplementárního transkriptu (obrázek 6.40 B) (Shivaprasad et al., 2005). Pátý domnělé ORF (AC5) byl identifikován v doplňkové smysl pro DNA-z WmCSV a ToCMoV ale žádné aktivity nebo přepis byl nalezen za to (Kheyr-Pour et al., 2000; Fontelle et al., 2007).
jsou charakteristické eukaryotické RNA polymerázy II promotor sekvence ve společném regionu před bipartitní begomovirus mRNAs v každém ze dvou složek DNA (Hanley-Bowdoin et al., 2000; Shivaprasad et al., 2005). Tento promotérský region je obousměrný. Transkripce každé z RNA iniciuje 20-30 bp za motivy Tata boxu, zatímco ostatní mají sekvence připomínající iniciační prvky překrývající jejich 5 ‚ – konce. Promotory pro tgmv komplementární sense AC61 a AC1629 mRNA a pro virion-sense AV1 a BV1 RNA byly podrobně studovány. Promotor AC 61 mapuje TGMV-společnou oblast a podporuje vysokou úroveň transkripce. Deleční mutageneze ukázal, že většina jeho činnosti pobýval v 60 bp bezprostředně předcházející AC61 transkripce začátek stránky, oblasti, která se překrývá původu (+)-vlákno DNA syntéza (viz Kapitola 7, Oddíl VIII, D, 2). Tyto mutace jak ve vazebných sekvencích hostitelského faktoru, tak ve snížené promotorové funkci G-boxu ukázaly úzké interakce mezi transkripcí a replikací.
existují různé mechanismy, které regulují činnost těchto promotorů. Na AC61 promotor je autoregulated prostřednictvím Rep-vazebné místo, represe je specifická pro homologní Rep protein a je myšlenka zahrnovat aktivní rušení transkripční aparát a ne jen stérické překážky. Na AC4 bílkovin také negativně reguluje tento promotor, sns prvek zapojený před G-box a být odlišný od Rep-vazebné místo. Tato represe upstream transkripce zvyšuje expresi AC2 a ASC3 v TGMV (Shung a Sunter, 2007). Analogické promotory většiny ostatních begomovirů jsou pravděpodobně regulovány podobnými mechanismy, ale některé se liší podrobně (Hanley-Bowdoin et al., 2000; Shivaprasad et al., 2005; Usharani a kol., 2006). Sekvence BC1 promotoru jsou podobné sekvencím promotoru AC61, ale liší se v počátečním místě transkripce a v tom, že protein Rep jej nereguluje.
Begomovirus AC2 je virové transkripce protein (zvaný Past), že transactivates v trans pozdních virových genů AV1 (kódování CP) a BV1 (kódování jaderné kyvadlová doprava bílkovin (NSP)) na DNA-DNA a-B, resp. (Haley et al., 1992; Sunter a Bisaro, 1992). Gen TGMV a CaLCV AC2 aktivuje promotor CP v tkáních mezofylu a derepresuje promotor ve vaskulární tkáni (Lacatus a Sunter, 2008). Dvě nezávislé sekvence v rámci AC2 vážou jaderné proteiny z různých hostitelů. Předpokládá se, že dimerizace AL2 spolu s fosforylací tohoto proteinu moduluje jeho schopnost interagovat s buněčným proteinem a tím fungovat při regulaci produkce CP (Yang et al., 2007; Lacatus and Sunter, 2008). Studie TGMV AV1 promotér v transgenních rostlin ukázala, že jeho regulace je složitá a je řízen odlišně v různých tkáních (Sunter a Bisaro, 1997). Promotory vlevo a vpravo na MYMV DNA-B sdílejí oblast reagující na AC2, která nepřekrývá společnou oblast (Shivaprasad et al ., 2005).