Kdy, kde, a jak moc je gen exprimován, je kontrolována především interakce cis-regulační sekvence DNA s trans-regulačních transkripčních faktorů (TFs). Změny vazebných míst TF přispívají k chorobným stavům, fenotypové rozmanitosti zdravých jedinců a rozdílným fenotypům mezi druhy. Navzdory jejich významu zůstává mnoho otázek ohledně způsobu, jakým CIS-regulační DNA sekvence převádějí vazbu TF na transkripční aktivitu (Wittkopp and Kalay 2012). Rychlý vývoj žlutých zesilovačů nám poskytuje vynikající příležitost studovat vývoj CIS-regulačních sekvencí (Wittkopp et al. 2002; Gompel et al. 2005).
použití reportérových genů v D. melanogaster, zjistili jsme, že umístění tkáně, specifické stimulátory z pigmentace gen žluté změnily pozice v genomu mezi druhy (viz Obrázek) (Kalay a Wittkopp 2010). Sekvenční analýza naznačila, že to bylo pravděpodobnější kvůli postupnému získávání a ztrátě vazebných míst transkripčního faktoru než duplikace nebo přeskupení. To nám umožňuje použít tyto oblasti k porovnání sekvence DNA, vazby TF a regulační aktivity cis mezi sekvencemi, které nezávisle získaly stejnou funkci, stejně jako mezi ortologními sekvencemi DNA, jejichž funkce se lišily.
v Současné době jsou (1) analýza droždí-1-hybridní údaje identifikující TFs, které se vážou k druhově specifické stimulátory žluté, (2) lokalizaci sekvence odpovědné za tkáňově specifické činnosti v rámci každého enhancer regionu, a (3) s použitím informací získaných z této práce objasnit vývojové mechanismy ovládající břišní vzorování během pupal rozvoj.