původní patent, který je základem pro nCounter Analýzy Systém byl vynalezen a licenci z Ústavu pro Biologii Systémů. Podnikatelský plán napsali Amber Ratcliffe a Aaron Coe a získali financování semen v několika soutěžích podnikatelského plánu. NanoString byla upředena z Ústavu pro Biologii Systémů a byla založena jako samostatná společnost v roce 2003 Krassen Dimitrov, Amber Ratcliffe a Dwayne Dunaway.
V roce 2004, NanoString zvýšila své první významné finanční prostředky ve výši 4,3 M series financování. Od té doby získali několik dalších kol financování, aby se rozšířili do vývoje molekulární diagnostiky. Jak 2011, NanoString Technologies zvýšil téměř $ 70M s jejich série D.
V 2009, Perry Fell, který byl CEO od 2004, opustil společnost náhle a bez oficiálního vysvětlení. V letech 2009 až 2010 společnost působila s úřadujícím generálním ředitelem Waynem Burnsem. Brad Gray, bývalý výkonný ředitel Genzyme, byl najat jako prezident a generální ředitel v roce 2010.
od června 2010 nebyla společnost dosud zisková. V rozhovoru Gray navrhl, že NanoString začne rozvíjet klinickou diagnostiku. Od července 2012, NanoString začal označující pohyb směrem stává veřejná obchodní společnost tím, že najme několik vedoucích pracovníků s veřejnou společností zkušenosti. NanoString získal CE označení pro prodej Prosigna rakoviny prsu, prognostické gen podpis test (PAM50 založené na rakovinu prsu test) v Izraeli a EU v září 2012 a v září 2013, NanoString obdržela FDA 510(k) povolení pro Prosigna.
V roce 2013 společnost IPO získala 54 milionů dolarů, které byly použity k rozšíření prodeje a marketingového úsilí společnosti NanoString. V důsledku toho se příjmy NanoString ve finančním roce 2014-2015 zvýšily o 52%.