Stonek-smyčky, které se vyskytují v pre-mikrorna struktur a nejvíce skvěle v transferových RNA, které obsahují tři pravé kmenových smyček a jeden stonek, které splňují v cloverleaf vzor. Antikodon, který rozpoznává kodon během procesu překladu, je umístěn na jedné z nepárových smyček v tRNA. Dvě vnořené struktury kmenové smyčky se vyskytují v pseudoknotech RNA, kde smyčka jedné struktury tvoří část druhého stonku.
mnoho ribozymů má také struktury kmenových smyček. Self-štěpí hammerhead ribozyme obsahuje tři kmenových smyček, které splňují v centru nepárové regionu, kde restrikčním místě leží. Základní sekundární struktura ribozymu kladiva je nutná pro aktivitu samoštěpení.
vlásenky jsou často prvky nalezené v 5 ‚ UTR prokaryot. Tyto struktury jsou často vázány proteiny nebo způsobují útlum transkriptu za účelem regulace translace.
struktura kmenové smyčky mRNA tvořící se v místě vazby ribozomu může řídit zahájení translace.
struktury kmenových smyček jsou také důležité při prokaryotickém Rho-nezávislém ukončení transkripce. Vlásenková smyčka se během transkripce tvoří v řetězci mRNA a způsobuje disociaci RNA polymerázy z řetězce šablony DNA. Tento proces je známý jako rho-nezávislý nebo vnitřní ukončení a zapojené sekvence se nazývají terminátorové sekvence.