výhody
když TopHat poprvé vyšel, byl rychlejší než předchozí systémy. Mapoval více než 2,2 milionu čtení za hodinu procesoru. Tato rychlost umožnila uživateli zpracovat a celý experiment RNA-Seq za méně než jeden den, dokonce i na standardním stolním počítači. Tophat používá Bowtie na začátku k analýze čtení,ale pak dělá více pro analýzu čtení, která pokrývají křižovatky exon-exon. Pokud používáte TopHat pro data RNA-Seq, získáte více čtení zarovnané s referenčním genomem.
další výhodou pro TopHat je to, že se při zarovnání čtení s referenčním genomem nemusí spoléhat na známá místa spojení.
Nevýhodyedit
TopHat je ve fázi nízké údržby, nízké podpory a obsahuje softwarové chyby, které vytvořily software pro následné zpracování 3rd. Byl nahrazen HISAT2, který je efektivnější a přesnější a poskytuje stejnou základní funkčnost (sestříhané zarovnání čtení RNA-Seq).
novější protokoly jsou nyní efektivnější ve srovnání s TopHat, jako jsou manžetové knoflíčky, hvězda a limma.
