Eugene Science Center perustettiin vuonna 1961 nimellä Southwest Oregon Museum of Science and Industry (SWOMSI). SWOMSI sai aluksi tukea emojärjestöltään Oregon Museum of Science and Industry (OMSI) Portlandista, mutta pian sen jälkeen siitä tuli itsenäinen museo, jonka johtokunta koostui pääasiassa paikallisista opettajista.
SWOMSI miehitti ensin Oregon Electric Railway-rautatieaseman, nykyisen Oregon Electric Station-ravintolan, joka sijaitsi 5th Avenuen ja Willamette Streetin kulmassa. Oregonin Sähkörautatieasemalla ollessaan swomsi tarjosi näyttelyitä ja tunteja sekä piti planetaarionäytöksiä Omsin ylläpitämässä Spitzin planetaariossa.
vuonna 1973, todettuaan rautatieaseman riittämättömäksi ja Spitzin planetaarion lähestyvän käyttöikänsä loppua, SWOMSIN johtokunta lähestyi Lane County Commissionersia pyytääkseen tilaa vastaperustetusta Alton Baker Parkista. OMSISTA erottuaan SWOMSISTA tuli Willamette Science and Technology Center (WISTEC). Suuri rahoitus uudelle museolle saatiin Talouskehityshallinnolta ja jokainen konsortion jäsen (Lane Community College, Lane Education Service District, University of Oregon ja WISTEC) osallistui merkittävästi hankkeeseen, taloudellisesti ja luontoissuoritusten kautta. Tuolloin Oregon Electric Railway Station myytiin ja 50 000 dollaria Wistec-varoja pantiin nykyisen rakennuksen rakentamiseen Alton Baker Parkiin.
vuosina 1978-79 rakennettiin WISTEC-rakennus ja uusi planetaario. Kun Eugenen kaupunki otti haltuunsa suurimman osan Alton Baker Parkista 1980-luvun puolivälissä, se otti omistukseensa myös wistecin rakennuksen. Wistec avattiin nykyisellä paikallaan vuonna 1980. Planetaario oli tuolloin toiminnallisesti ja taloudellisesti erillään museosta. Planetaariosta tuli lopulta Lane Education Service Districtin ainoa vastuualue ja se suljettiin rahoituskriisin vuoksi joulukuussa 2002. Tammikuussa 2002 WISTEC muutti nimensä Tiedetehtaaksi ja planetaarion siirryttyä Tiedetehtaan omistukseen vuonna 2003 siitä tuli Tiedetehtaan Lastenmuseo & planetaario. Nimi palautettiin Science Factoryksi vuonna 2016 ja muutettiin virallisesti Eugene Science Centeriksi tammikuussa 2018.