kun Itachi oli neljävuotias, Fugaku päätti viedä Itachin katsomaan kolmannen Shinobi-Sotasodan aiheuttamia ruumiiden vuoria toivoen, että se auttaisi hänen poikaansa kypsymään nopeasti. Vaikka hän onnistui tavoitteessaan, Itachin kypsyys kulki eri reittiä kuin Fugaku toivoi, muuttaen nuoren pojan pasifistiksi. Kolmannen Shinobien maailmansodan aikana fugakun hyvä ystävä kuoli taistelussa, jolloin hän sai herätettyä Mangeky Sharinganin, jonka hän päätti pitää salassa kaikilta. Sodan jälkeen, kun hänen klaaninsa tiedusteli Kakashi Hataken saavan Sharinganin Obito Uchihalta, Fugaku päätti kunnioittaa Obiton kuolevaa toimintaa ja antaa Kakashin pitää lahjansa. Kun Hiruzen Sharutobi valmistautui luopumaan Hokagen asemasta, Fugaku kuului shinobeihin, joita pidettiin neljäntenä hokagena. Kun fugakun vaimo synnytti heidän toisen poikansa Hiruzenin siunauksella, Fugaku nimesi vauvan ylpeänä Sasukeksi Kolmannen Hokagen isän mukaan.
Yhdeksänhäntäisen demonin Foxen hyökätessä kylä syytti Uchiha-klaania hyökkäyksen järjestämisestä, koska he eivät ryhtyneet toimiin pyrstöeläintä vastaan (animessa tämä johtui Danzo Shimuran käskystä keskittää kaikki Uchihan ponnistelut yksinomaan kyläläisten suojelemiseen). Tämä yhdistettynä Uchihan siirtymiseen kauemmaksi kylästä aiheutti kuilun kylän ja Uchiha-klaanin välille. Tästä huolimatta kyläläiset ihailivat edelleen Fugakun ja Uchiha-klaanin pyrkimyksiä ylläpitää rauhaa. Tämä ei estänyt Fugakua juonittelemasta vallankaappausta, jonka avulla Uchiha-klaani saisi kylän hallintaansa ilkeyttään. Lopulta Fugaku asetti Itachin vakoojaksi Anbuun välittämään tietoja takaisin klaanille. Itachi kuitenkin petti Uchihan salaa ja ryhtyi kaksoisagentiksi vuotaen tietoja suoraan kylään.
tunnustaen Itachin suunnattoman mielen ja lahjakkuuden, Fugaku alkoi kouluttaa häntä säännöllisesti, hämmästyneenä kun hän hallitsi tulen oivalluksen: Loistava tulipallotekniikka ensimmäisellä yrityksellään todistettuaan sen vain kerran. Nähdessään tällaisen potentiaalin Itachissa ja ollen hänen vanhin poikansa, siis klaanin seuraaja, Fugaku kiinnitti suurimman osan huomiostaan häneen jopa puolustaessaan Itachia, kun häntä epäiltiin Shisui Uchihan surmaamisesta. Kaksikon välit kuitenkin riitaantuivat, kun Itachi menetti toivonsa klaanissa, mikä sai Fugakun siirtämään huomionsa Sasukeen, opettaen häntä jopa käyttämään klaaninsa perinteisiä Tulenluovutustekniikoita, ja oli vaikuttunut siitä, miten Sasuke pystyi hallitsemaan tekniikan jo viikon kuluttua. Sasuke pääsi lopulta nauttimaan isänsä seurasta, mutta Fugaku neuvoi häntä olemaan seuraamatta Itachin jalanjälkiä.
toisen klaanikokouksen jälkeen vallankaappauksesta Fugaku kutsui Itachin keskustelemaan kahden kesken. Hän paljasti, että Naka-pyhäkön sisällä oleva kivitaulu sisälsi salaisuuksia paremmasta maailmasta kaikille, mutta vaati kehittynyttä Sharingania lukemaan sitä lainkaan, mikä paljasti totuuden hänen hankkimastaan Mangekyō Sharinganista. Tietäen poikansa epäröivän verenvuodatusta ja haluttomuutta hyökätä kylään, hän ilmaisi haluavansa tämän vallankumouksen päättyvän ilman kuolemia, väittäen, että Itachin avulla he voisivat saavuttaa sen. Hän todisti väitteensä ja paljasti, ettei hän koskaan kertonut kenellekään Mangekyō Sharinganinsa klaanissa peläten, että he pyytäisivät häntä käyttämään sen voimaa ottaakseen haltuunsa Ysihännät, joilla hän voisi hyökätä Konohaan. Uchiha-klaanin kukistumisen aikana Fugaku tajusi nopeasti Itachin olevan tämän hyökkäyksen takana ja kohtasi hänet kloonin kautta, esittäen omat näkemyksensä.Itachi kohtasi tämän jälkeen vanhempansa, mutta Fugaku ja Mikoto eivät tehneet vastarintaa ja kertoivat Itachille olevansa yhä ylpeitä hänestä ja lupaavansa huolehtia sasukesta ennen kuin antavat Itachin tappaa heidät. Fugaku löydettiin myöhemmin makaamasta kuolleena vaimonsa ruumiin päällä.
Fugaku perheineen
Uchihan johtajana Fugaku keskittyi klaanin etuun ja hyvinvointiin ja hänellä oli vahva vastuuntunto. Hänen poikansa Sasuke näki hänet ankarana ja piittaamattomana miehenä, kun taas hänet nähtiin isähahmona muulle klaanille. Koska Itachi oli hänen seuraajansa klaanin johtajana, Fugaku käytti suuren osan ajastaan keskittyen vanhimman ja vähän aikaa nuorimman kanssa. Sasuke harjoitteli jatkuvasti saadakseen isänsä huomion ja hyväksynnän. Elämänsä loppupuolella Fugaku oli vaihtanut huomionsa Sasukeen menetettyään toivonsa tottelemattomaan Itachiin. Hän oli vaikuttunut vain suurista uroteoista ja kehui harvoin ketään, sillä hänellä oli suuret odotukset. Fugaku oli hyvin vakava, tuskin hymyillen suurimman osan ajasta. Siihen hän osoitti huomattavaa vastenmielisyyttä Itachia kohtaan, kun hän vältteli velvollisuuksiaan, kuten kokouksissa ja lähetystöissä käymistä.
vaikka ulospäin Fugaku vaikutti ankaralta ja välinpitämättömältä vanhimpia ja nuorimpia poikiaan kohtaan, yhdistettynä hänen omistautumiseensa ja keskittymiseensä klaaninsa hyvinvointiin sai hänet näyttämään vihamieliseltä ja neuvottelukelvottomalta, hän oli silti hyvin huolehtivainen yksilö poikiaan kohtaan. Mikoton mukaan hänen ja Fugakun ollessa kahdestaan Fugaku puhui enimmäkseen, jos ei pelkästään, sasukesta. Vaikka hän yritti aina motivoida Sasukea kehittymään, hän ei nähnyt Sasuken halua tulla tunnustetuksi pojakseen sen sijaan, että häntä olisi verrattu Itachiin. Hän rakasti molempia poikiaan niin paljon, että nähdessään Itachin teurastavan heidän klaaninsa hän antoi Itachille mahdollisuuden selitykseen. Tajuttuaan tekevänsä näin suojellakseen Sasuken elämää, sen sijaan että hän olisi vastustanut kuolemaa, koska hän ei halunnut satuttaa vanhinta poikaansa, hän ja hänen vaimonsa antoivat halukkaasti Itakian teloittaa heidät vastineeksi Sasuken tulevaisuuden turvaamisesta ja vain pyytäen Itachia huolehtimaan nuorimmasta lapsestaan. Fugaku osoitti myös suurta katumusta Itachin elämän käänteestä, syyttäen itseään tuskasta, jota Itachi joutui kestämään mietittyään, että Itachi olisi voinut olla ensimmäinen Uchiha Hokage, myöntäen surullisesti, että hänen taakkansa Uchiha-klaanin tehtävän kanssa oli varastanut hänen poikansa tulevaisuuden häneltä.
animessa Fugaku peri suuren osan tulen tahdosta. Hän halusi aidosti säilyttää rauhan Konohassa ja suostui siirtoon huolimatta Uchiha-klaanin vastalauseista, jotta Konohan tilanne ei pahenisi. Hän meni jopa niin pitkälle, että neuvoi klaanitovereitaan jättämään Kakashin rauhaan, johon oli hiljattain istutettu Obitosta peräisin oleva Sharingan. Hän myös pyysi Hiruzenia nimeämään toisen poikansa Hiruzenin isän mukaan. Hän oli myös paljon klaaniaan viisaampi ja halukas yhteistyöhön siirtojen kanssa, jos kylä saisi ajan myötä heidän epäluulonsa sammumaan, mutta menetti lopulta kärsivällisyytensä. Vaikka hän oli yhtynyt klaaninsa vallankumoushaluun, hän ilmaisi tyrmistyksensä siitä, että hän ryhtyi toteuttamaan sitä tavalla, johon liittyi siviilien verenvuodatus, toivoen lopettavansa sen nopeasti ja mahdollisimman vähäisin vahingoin. Hän jopa päätti pitää Mangekyō Sharinganinsa salaisuutena klaaniltaan peläten, että se ajaisi heidät etsimään suurempaa valtaa amoraalisin keinoin.
Fugaku jōnin-asussaan
Fugakulla oli lyhyet, ruskeat hiukset, jotka ulottuivat hänen hartioilleen ja Onyxin väriset silmät, joiden alla näkyvät rypyt korostuivat aina, kun hän omaksui Ankaran ilmeen (joista jälkimmäisen Itachi peri häneltä). Hänellä oli yllään simppeli kimono ja harmaat housut, joiden selässä oli klaanin tunnus, kun hän ei ollut työvuorossa.
työvuorossa ollessaan hänellä oli yllään tavallinen luotiliivi sekä musta paita, jossa oli Konohan sotilaspoliisin tunnus olkapäissä, säärisuojat ja musta, Avonainen esiliina, jonka alaosassa oli valkoisia timantteja.
Fugaku opettaa Sasukelle klaanin nimikirjoituksen
sekä Uchiha-klaanin että Konohan sotilaspoliisin johtajana Fugaku oli todennäköisesti pelottava shinobi ja hyvin perehtynyt kaikkiin klaaninsa tekniikoihin. Fugakun taidot olivat klaanitovereiden suuressa arvossa, sillä heidän mielestään Fugakun olisi pitänyt olla haastaja neljännelle Hokagalongside Minato Namikazelle ja Orochimarulle. Hänen kykynsä olivat niin kehittyneet, että jopa hänen vanhin poikansa Itachi, joka oli tuohon aikaan heidän klaaninsa huomattava jäsen, toivoi voivansa välttää taistelemasta sellaista vastustajaa vastaan.Hän oli yksi shinobi läsnä huipulla Academy for Minato n virkaanastujaisiin kuin Hokage, mikä viittaa siihen, että hän oli erittäin arvostettu henkilö keskuudessa kylä. Danzo Shimura piti hänen älykkyyttään yhtenä suurimmista sukupolviin. Hän oli myös osoittanut olevan erittäin tarkkaavainen, pystyy nopeasti määrittää, kun hän oli vakoillaan kaukaa.
Fugakun Mangekyō Sharingan
Fugaku sai myös jonkin verran tietoa Mangegyo Sharinganista kerrottuaan Sasukelle, että se tarvitsee suuren uhrauksen herättääkseen. Animessa Fugaku herätti Mangekyō Sharinganin kolmannen suuren Shinobi-sodan aikana hänen ystävänsä uhrattua itsensä pelastaakseen hänet. Hänen Mangekyō Sharinganissaan on kolme pistettä, joita seuraa kolme käyrää, jotka kiertyvät vastapäivään pupillin ympäri.
vaikka hänen Mangekyō Sharinganistaan ei tiedetä paljoakaan, Fugaku oli varma, että se oli tarpeeksi vahva hallitsemaan Ysärihäntää täysin.