Venustiano Carranza ei juurikaan ryhtynyt toimeen kirkonvastaisten pykälien Toimeenpanemiseksi, mutta Álvaro Obregónin hallinnon aikana vihamielisyys hallituksen ja kirkon hierarkian välillä kasvoi selvästi. Obregón karkotti maasta joitakin espanjalaisia pappeja sekä paavin nuntiuksen, Monsignore Ernesto Filippin. Mutta juuri Plutarco Elías Calles, Obregónin seuraaja vuonna 1924, otti kirkon pääroolin tuodessaan presidentiksi kiivaan pappisvastaisen ideologian. Hän reagoi voimakkaasti kirkon hierarkian uhmaamiseen, erityisesti arkkipiispa José Mora y del Rion julkisiin lausuntoihin, joissa hän tuomitsi perustuslain kirkonvastaiset pykälät. Calles sulki kirkkoja ja luostareita ja karkotti kaksisataa ulkomaalaista pappia. Hän jopa pidätytti piispan, joutui oikeuden eteen ja tuomitsi hänet maan lakien julkisesta vastustamisesta. Lisäksi hän otti käyttöön uuden rikoslain, jossa määrättiin yhdestä viiteen vuoden rangaistukset papeille ja papeille, jotka arvostelivat lakeja, viranomaisia tai hallitusta. (Camín & Meyer, s.87) ruohonjuuritason ryhmät muodostuivat nopeasti vastustamaan näitä toimia. Näitä olivat Asociación Católica de la Juventud Mexicana (ACJM), Unión Popular (UP) ja Liga Nacional Defensora de La Libertad Religiosa (la Liga). Tyrmistyneet piispat ilmestyivät kongressin eteen vetoomuksella lakien kumoamiseksi, mutta turhaan.
25. heinäkuuta 1926 Meksikon Episkopaatti päätti keskeyttää kaiken julkisen jumalanpalveluksen. Siitä päivästä lähtien papit eivät hallinnoineet mitään sakramentteja, toivoen herättävänsä yleisön tuen kirkolle ja kutsuja vastaan. (González, s. 211) ” uskonnollisten palvelusten kieltäminen aiheutti syvän kriisin hartaiden katolilaisten keskuudessa.”(González, s. 211) kapinan jälkeen korkea papisto ei kuitenkaan antanut poliittista ohjausta liikkeelle, ja Vatikaani oli vielä varovaisempi peläten uskonnollista sortoa, jollaista he olivat nähneet Ranskan ja bolševikkien vallankumousten aikana. Monet papit etsivät turvaa kaupunkien keskustoissa asuvien varakkaiden katolilaisten kodeista tai he vain lähtivät maasta. Johtajuus jäi kansanliikkeille, erityisesti la Ligalle. Kristuksen sotilaiden tai Cristerojen johtamat kapinat tapahtuivat pääasiassa maan keski-ja länsiosissa: Michoacánissa, Jaliscossa, Guanajuato y Colimassa, jonne kirkko oli juurtunut vahvasti siirtomaa-ajoista lähtien.
cristerojen puutteellisen sotilaskoulutuksen ja tarvikkeiden vuoksi he turvautuivat lähinnä sissitaktiikkaan, joka vaikeutti kansallisen armeijan kukistamista. Heinäkuussa 1927 la Liga värväsi entisen huertistan kenraalin Enrique Gorostietan koordinoimaan toimintaansa. Hän ei välttämättä ollut uskonnollinen mies, vaan hän edusti vallankumouksen riistämiä konservatiivisia voimia. Hän julkaisi manifestin, jossa hän vaati ”oikeudenmukaista maareformia korvauksella hacendadosille sekä kumoamista reformilaeista, jotka olivat riisuneet kirkolta sen erityistuomioistuimet ja haciendat.”(González, s. 215) koska Calles ei kyennyt kukistamaan tätä kapinaa, hän kääntyi myöhemmin vallankumouksen” maareformista ” hyötyneiden miesten puoleen ja pyysi heiltä tukea. Vaikka maan uudelleenjako oli aina ollut vallankumouksen ensisijainen tavoite, päätyi maa silti muutaman voimakkaan ”agraarisotapäällikön käsiin.”Näitä sotapäälliköitä pyydettiin kokoamaan pataljoonia ”agraristoja” auttamaan liittovaltion joukkoja taistelussa Cristeroja vastaan.
vuonna 1928 Yhdysvaltain suurlähettiläs Dwight Morrow toimi välittäjänä Vatikaanin, Meksikon katolisen hierarkian ja Callesin hallituksen välillä neuvotteluissa Cristero-ongelman rauhanomaisesta ratkaisemisesta. Kuitenkin nämä suunnitelmat pantiin jäihin, kun myöhemmin samana vuonna presidentiksi valittu Alvaro Obregón murhattiin innokkaan nuoren Katolilaisen, jonka nimi on José de León Toral. Calles nimesi väliaikaiseksi presidentiksi don Emilio Portes Gilin, joka ottaisi tehtäväkseen järjestää uudet vaalit. Portes Gilin presidenttikaudella suurlähettiläs Morrow herätti rauhanneuvottelut uudelleen henkiin, ja kesäkuussa 1929 Portes Gilin ja arkkipiispa Leopoldo Ruiz y Floresin välillä saatiin aikaan sopimus, joka lopulta lopetti Cristeron sodan. Historioitsija Michael Gonzalesin mukaan tämä oli katkeransuloinen kompromissi, jossa hyvin vähän todella ratkaistiin. Sodan aikana menetetyistä kymmenistätuhansista ihmishengistä huolimatta mikään oleellinen ei ollut muuttunut poliittisesti. Papinvastaiset lait pysyivät perustuslaissa, mutta hallitus ei valvonut niitä ”kirkolle vihamielisellä tavalla.”Tulevina vuosina liittohallitus vahvistaisi yhä enemmän johtoasemaansa katoliseen kirkkoon nähden, mutta papisto vastustaisi edelleen, niin paljon kuin mahdollista, hallituksen pyrkimyksiä koulutus-ja uskonnollisiin uudistuksiin. Gonzales toteaa, että” verinen pattitilanne”, johon sota päättyi, jätti yhä ratkaisematta ristiriidat katolisuuteen vahvasti juurtuneen perinteisen meksikolaisen kulttuurin ja vallankumoushallituksen yhteiskunnallisten uudistustavoitteiden välillä. (Gonzales, s. 218-219)
— kirjoittanut Elizabeth Garcia ja Mike McKinley, toukokuu 2004