Cleaver vastasi opiskelijakonferenssin järjestämisestä Fiskin yliopistossa Nashvillessä, Tennesseessä. Konferenssissa Cleaver tapasi Black Panther-puolueen tiedotusministerin Eldridge Cleaverin, joka puhui konferenssissa. Hän oli juuri päässyt vankilasta ja julkaissut Soul on Ice-julkaisun. Hän muutti San Franciscoon marraskuussa 1967 liittyäkseen Black Panther Partyyn, ja vain puolitoista kuukautta myöhemmin, heti joulun jälkeen, Eldridge ja Kathleen olivat menneet naimisiin. Hän liittyi noin kolme-neljä viikkoa sen jälkeen, kun Huey Newtonia syytettiin Oaklandin poliisin tappamisesta ennalta piirretyssä ammuskelussa. Juuri San Franciscossa Kathleenista tuli puolueen viestintäsihteeri ja hän työskenteli mielenosoitusten järjestämisessä, lehtisten luomisessa, lehdistötilaisuuksien pitämisessä, julisteiden suunnittelussa ja puhumisessa puoluekokouksissa ja televisiossa. Cleaver sovelsi kaikkea SNCC: ltä oppimaansa Black Panther Partyyn. Hän loi paikan itse Julian Bondin motivoimana SNCC: ssä. Huolimatta siitä, että yli kaksi kolmasosaa Black Panthersin jäsenistä oli naisia, Cleaver oli yksi vain harvoista puolueen johtotehtävissä. Cleaverista tuli puolueen viestintäsihteeri ja puolueen päätöksentekoelimen ensimmäinen naisjäsen. Hän toimi myös tiedottajana ja lehdistösihteerinä. Erityisesti hän järjesti kansallisen kampanjan puolueen vangitun puolustusministerin Huey Newtonin vapauttamiseksi. Kathleen Neal Cleaver kuului Black Panther-puolueessa näkyvään pieneen naisryhmään, johon kuuluivat muun muassa Elaine Brown ja Ericka Huggins.
ensimmäinen suuri isku Black Panther-puoluetta vastaan oli 1960-luvulla Los Angelesin kaikkien aikojen ensimmäinen SWAT-ryhmä. Muutaman vuoden kuluttua vuonna 1971 lähes 30 black panther-puolueen jäsentä oli saanut surmansa. Cleaver oli vaikea aika paranemista poismenosta niin monet hänen kollegansa ja on emotionaalisesti arpinen. Eniten häntä auttoi se, että hän meni kaiken ytimeen eli sen löytämiseen, mistä ahdistus ja trauma kumpusivat. Kuten aika meni, siellä oli ryhmä naisia Black Panther Party, mukaan lukien Cleaver, jotka tapasivat ja keskustella mitä tapahtui heille, palauttaa heidän terveytensä, ja toipua vammoja ja traumaattisia kokemuksia he kohtasivat vuonna 1968 (samana vuonna hänen miehensä juoksi presidentiksi rauhan ja vapauden lippu) hän juoksi Kalifornian 18.State assembly district, myös ehdokkaana rauhan ja vapauden puolue. Cleaver sai 2 778 ääntä 4,7% äänistä sijoittuen kolmanneksi neljän ehdokkaan kisassa.
Black Panther-puolueeseen sekaantumisensa vuoksi Cleaverit joutuivat usein poliisitutkinnan kohteeksi. San Franciscon taktinen ryhmä ratsasi Cleaversin asunnon vuonna 1968 ennen pantterien kokoontumista epäiltynä aseiden ja ammusten kätkemisestä. Myöhemmin samana vuonna Eldridge Cleaver järjesti Oaklandin poliisien tahallisen väijytyksen, jossa kaksi poliisia loukkaantui. Cleaver haavoittui ja toinen Black Pantherin jäsen Bobby Hutton kuoli ammuskelussa ensimmäisen laukaustenvaihdon jälkeen. Häntä syytettiin murhayrityksestä, ja hän pakeni takuita vastaan Kuubaan ja myöhemmin Algeriaan.
kun Cleaver palasi Yhdysvaltoihin, hän totesi ammuskelun olleen tahallinen väijytys poliiseja vastaan. Sama kirjoittaja, joka julkaisi uutisen tästä väitteestä, epäili sen todenperäisyyttä, koska se oli yhteydessä epätyypilliseen puheeseen, jossa Cleaver sanoi ”tarvitsemme poliisia sankareina”, ja sanoi tuomitsevansa siviilien tarkastuslautakunnat poliisiampumisista siitä syystä, että ”se on kumileimasin murhasta.”Kirjoittaja spekuloi, että se olisi voinut olla lahjoitus Alamedan piirikunnan oikeusjärjestelmälle, jonka tuomari vain muutamaa päivää aiemmin oli antanut Eldridge Cleaverille ehdonalaisen vankeusajan sijaan; Cleaver tuomittiin yhdyskuntapalveluun sen jälkeen, kun häntä syytettiin kolmesta pahoinpitelystä kolmea Oaklandin poliisia vastaan. PBS: n dokumentissa a Huey Newton Story todetaan, että ”Bobby Huttonia ammuttiin yli kaksitoista kertaa sen jälkeen, kun hän oli jo antautunut ja riisuutunut alusvaatteisilleen todistaakseen, ettei hän ollut aseistettu.”Kathleen Cleaverin aikana Black Panther-seurueessa hän auttoi ruokkimaan ihmisiä, tarjosi lääkärinhoitoa perheille ja vei perheitä tapaamaan läheisiään vankilaan. Hän myös ”auttoi kokoamaan parantavia retriittejä naisille, jotka olivat olleet Musta Pantteri-puolueessa, naiset, jotka olivat eläneet maan alla, joita oli kidutettu, jotka oli karkotettu”