Aguinaldon paluu ja Manilan valtaus
4.toukokuuta Dewey lähetti sähkeen, joka vastaanotettiin Washingtonissa 7. toukokuuta: ”hallitsen Lahtea täydellisesti ja voin vallata kaupungin milloin tahansa, mutta minulla ei ole riittävästi miehiä pidettäväksi.”Risteilijä USS Charleston ja höyrylaiva USS Peking ammuksineen, tarvikkeineen ja joukkoineen oli määrä lähettää heti Manilaan. Kenraalimajuri Maaoperaation komentajaksi annettu Wesley Merritt pyysi aluksi noin 14 000 miehen vahvuista joukkoa, mutta lisäsi myöhemmin määrän 20 000: een. Toukokuuta prikaatikenraali T. M. Anderson ja hänen komentamansa 2 491 Yhdysvaltain sotilasta lähtivät kolmella kuljetusaluksella San Franciscosta ja liittyivät saattueeseen USS Charlestonin kanssa Honolulussa.
amerikkalaisten kasatessa joukkojaan Filippiiniläinen vastarintajohtaja Emilio Aguinaldo ilmoitti aloittavansa uudelleen taistelunsa Espanjaa vastaan. Aguinaldo oli elänyt omaehtoisessa maanpaossa osana sopimusta espanjalaisten viranomaisten kanssa, mutta hän otti yhteyttä amerikkalaisiin ja tarjosi apuaan heidän sotaretkellään. Amerikkalainen alus kuljetti Aguinaldon Hongkongista caviteen 19.toukokuuta, kokosi kannattajansa ja ryhtyi nopeasti valtaamaan useita kaupunkeja Manilan eteläpuolella. Hän julisti Filippiinit itsenäiseksi 12.kesäkuuta ja hänet julistettiin Filippiinien presidentiksi. Amerikkalaiset eivät hyväksyneet Aguinaldon toimia, mutta he eivät voineet tehdä juuri mitään hidastaakseen hänen etenemistään. Aguinaldo aloitti suuren kapinallisarmeijan johdossa Manilan piirityksen.
20.kesäkuuta saattue USS Charleston pysähtyi Shellille ja otti haltuunsa Guamin saaren ennen kuin jatkoi matkaansa ja saapui Manilanlahteen 30. kesäkuuta. Toinen osasto, 3 586 sotilasta prikaatikenraali F. V. Greenen johdolla, saapui 17. heinäkuuta ja kenraalikuvernööriksi nimitetty Merritt saapui Manilanlahteen 25.heinäkuuta. Viisi muuta kuljetusalusta, joissa oli 4 847 miestä, saapui 31.heinäkuuta, mikä nosti amerikkalaisten joukkojen kokonaisvahvuuden Manilassa lähes 11 000: een, ja 5 000 lisää oli tulossa. Merritt siirsi joukkonsa välittömästi cavitesta ja linnoittautui 1 000 metrin (914 metrin) päähän espanjalaisten asemasta Manilassa. Heinäkuun 31.päivän vastaisena yönä espanjalaiset alistivat amerikkalaisten linjat voimakkaaseen kivääri-ja tykistötuleen, jolloin 10 sai surmansa ja 43 haavoittui.
seuraavina öinä tulitettiin usein espanjalaislinjoilta. Elokuuta Deweyn ja Merrittin yhteinen viesti lähetettiin Espanjan Gov. Fermín Jáudenesille, joka antoi hänelle 48 tuntia aikaa evakuoida siviilejä Manilasta. Jáudenes vastasi, että Aguinaldon armeija piiritti hänet ja että sairaille sekä naisille ja lapsille ei ollut turvapaikkaa. Espanjalaiskomentaja kieltäytyi antautumista vaatineesta toisesta yhteisestä nootista, joka tarjoutui siirtämään sen Madridiin. Tästä kieltäydyttiin ja ryhdyttiin valmistelemaan hyökkäystä.
kaupungin linnoituksissa oli 13 000 espanjalaista sotilasta, mutta Deweyn laivaston hallitessa lahtea ja amerikkalaisten ja kapinallisten saarrettua vastarinta oli toivotonta. Kun yhdistetty maa-ja merivoimien hyökkäys tehtiin 13. elokuuta, suurta vastarintaa ei ollut, ja valkoinen lippu nostettiin ylös kello 11.00, noin puolitoista tuntia sen jälkeen, kun laivasto avasi tulen. Virallinen antautuminen allekirjoitettiin seuraavana päivänä.