microRNA.org verkkosivusto
Luokka Ristikkäiset tiedot>Tietopohjat / tietokannat / Työkalut
Abstrakti microRNA.org verkkosivusto on kattava resurssi (tietokanta) microRNA tavoite ennusteita ja lauseke profiilit.
Tavoiteennusteet perustuvat miRanda-algoritmin kehitykseen, joka sisältää nykyisen biologisen tietämyksen kohdesäännöistä ja ajan tasalla olevan nisäkäsmikrornas-kokoelman käytöstä (KS…).
Mirandan ennustamat kohdepaikat pisteytetään mRNA: n alasäätelyn todennäköisyyden mukaan käyttäen mirsvr:ää, regressiomallia, joka on koulutettu ennustetun mirnan sekvenssiin ja kontekstuaalisiin ominaisuuksiin:: mRNA duplex (KS…)
Ekspressioprofiilit on johdettu laajasta sekvensointiprojektista, joka käsittää suuren joukon normaaleja ja tautiperäisiä nisäkkäiden kudoksia ja solulinjoja.
tällä sivustolla käyttäjät voivat tutkia:
1) tietyn mikrornan mahdollisesti säätelemiä geenejä.
2) ennustettujen kohdealueiden samanaikainen esiintyminen usean mikrornan osalta mRNA: ssa.
3) mikroRNA-ekspressioprofiilit nisäkkäiden eri kudoksissa.
uusi versio miRanda target prediction algorithm —
Target prediction suoritetaan käyttäen miRanda-algoritmia, joka laskee optimaalisen sekvenssin täydentävyyden joukon kypsiä mikrornoja ja tietyn mRNA: n välillä käyttäen painotettua dynaamista ohjelmointialgoritmia.
lisätietoja Tavoiteennusteista on julkaisussa: microRNA.org voimavara: tavoitteet ja ilmaisu. Betel D, Wilson M, Gabow A, Marks DS, Sander C., Nucleic Acids Res. 2008 Jan; 36 (Database Issue): D149-53.
Mirandan lähdekoodiin on tehty useita pieniä korjauksia ja yksinkertaistuksia. Muutoksia ovat:
1) komentorivin oletusargumentit muutettu muotoon – SC 140-go -9-ge -4-en 1 (ei energiasuodatusta);
2) UTR-pituusraja poistettu;
3) ennustettujen kohdepaikkojen Päällekkäisuussuodatus kiristynyt; edellyttää siemenalueen päällekkäisyyttä suodattamiseksi; ja
4) poistumat korjattu ”score for this scan”- lähtöviivalla ja-avainlähdöllä.
Mirandan ennustus kohdepaikoista —
koska verkkosivustorajapinta suodattaa ennustetut kohteet joustavammin, valmistajat ovat käyttäneet kohdistuksen pistekynnystä 120 aiemman 140: n sijaan.
oletuksena sivuston käyttöliittymä suodattaa pois monet näistä alemman pisteytyksen sivustoista, mutta sinulla on useita kriteereitä, joita voidaan säätää, jotta voit tarkastella niitä.
ennustettujen maalipaikkojen pisteytys mirSVR: llä —
Mirsvr: n pisteytysmenetelmän yksityiskohdat löytyvät paperista: MicroRNA-kohteiden kattava mallinnus ennustaa toiminnallisia ei-säilyviä ja ei-kanonisia sivustoja. Betel D, Koppal A, Agius P, Sander C, Leslie C., Genomibiologia 2010 11:R90.
lyhyesti, mirSVR on ”regressiomalli”, joka laskee painotetun summan useista ennustetun miRNA::mRNA duplex-järjestelmän sekvenssi-ja kontekstiominaisuuksista. Ominaisuudet jakautuvat karkeasti kolmeen (3) tyyppiin:
1) Duplex-ominaisuuksiin, jotka sisältävät emäsparin siemenalueella ja 3′: n päässä mirnan;
2) Sekvenssiominaisuudet, jotka sisältävät A/U-koostumuksen lähellä kohdepaikkaa ja toissijaisen rakenteen esteettömyyden; ja
3) globaalit ominaisuudet, kuten UTR: n pituus, kohdepaikan suhteellinen sijainti UTR: ssä ja konservointipisteet.
mirSVR down-regulation-pisteet on kalibroitu korreloimaan lineaarisesti alasäätelyn laajuuden kanssa ja mahdollistamaan siten useiden kohdealueiden geenien tarkka pisteytys yksinkertaisesti lisäämällä yksittäiset kohdearvot.
pisteet voidaan lisäksi tulkita empiiriseksi todennäköisyydeksi alasäätelylle, joka antaa mielekkään oppaan pistejaon valitsemiseksi.
lisäksi Mirandan tuottamien täsmäytysten ja mirSVR-pisteiden yhdistelmä mahdollistaa ei-kanonisten paikkojen (ne, joissa siemenalueella on epäsuhta tai gu heiluu) järkevän ennustamisen ilman, että väärien ennusteiden määrä paisuu.
elokuussa 2010 julkaistu microRNA.org sisältää kaikki kohdepaikan ennusteet, joilla on joko 6-mer tai parempi siemenpaikka, tai mirSVR-pisteet = -0,1.
MirSVR huomioi konservoinnin pistemäärää laskettaessa, joten maalipaikkojen suodattamiseen ei ole enää ennalta määriteltyä raja-arvoa.
käyttäjät voivat kuitenkin rajoittaa käyttöliittymänäyttöä käyttämällä perusteena konservointia. Ennustettujen kohdealueiden suojelupisteiden määritys on nyt herkkä alueille, jotka ulottuvat intronien risteyksiin.
elokuussa 2010 julkaistu microRNA.org sisältää:
1) 16,228,619 ennustettu microRNA kohde 34,911 eri 3 ’ UTR isoforms 19,898 ihmisen geenien.
2) 7 459 149 ennustettua mikroRNA-kohdepaikkaa 28 287: ssä eri 3 ’ UTR: ssä kuin 19 231 hiiren geenin isoformit.
3) 586 068 ennustettua mikroRNA-kohdepaikkaa 6 865: ssä eri 3 ’ UTR: ssä kuin 6 256 rotan geenien isoformit.
4) 345 671 ennustettua mikroRNA-kohdealuetta 12 285: ssä eri 3 ’ UTR: ssä kuin 10 532 hedelmäkärpäsgeenin isoformit.
5) 230 901 ennustettua mikroRNA-kohdepaikkaa 12 228: ssa eri 3 ’ UTR: ssä kuin 10 124 sukkulamadon geenin isoformit.
6) Kohdepaikat 1 100 ihmisen mikrornalle.
7) Kohdepaikat 717 hiiren mikrornalle.
8) 387 rotan mikrornan kohdepaikat.
9) 186 hedelmäkärpässienen kohdepaikat.
10) 233 sukkulamadon micrornan Kohdepaikat.
Huom: microRNA-tavoiteennusteet ja-lausekkeet ovat saatavilla sarkaerotettuina tiedostoina. Katso lataukset-välilehti microRNA.org verkkosivusto.
Laitteistovaatimukset
ota yhteys valmistajaan.
Manufacturer
- Computational Biology Center (cBio)
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center
- York Avenue, Box #460
- New York, NY 10065 USA
- Tel: +1 646 888 2602 tai +1 646 888 2606
- Faksi: +1 646 422 0717 1275
valmistajan kotisivut microRNA.org verkkosivusto
Hintayhteys valmistajaan.
G6G Abstract Number 20748
G6G Manufacturer Number 104331