Mississippi River Commission perustettiin vuonna 1879 helpottamaan Mississippijoen kohentamista sen suun lähellä sijaitsevista Solista sen alkulähteille. Komission ilmoitettuna tehtävänä oli kehittää ja toteuttaa suunnitelmia Mississippijoen kanavan korjaamiseksi, paikantamiseksi pysyvästi ja syventämiseksi, merenkulun turvallisuuden ja helppouden parantamiseksi sekä tuhoisien tulvien ehkäisemiseksi. ja edistää ja helpottaa kauppaa, kauppaa ja postipalvelua.
lähes puolen vuosisadan ajan MRC toimi toimeenpanevana elimenä, joka raportoi suoraan Yhdysvaltain Sotaministerille. Mississippin suuri tulva 1927 muutti MRC: n tehtävän. Vuoden 1928 Flood Control Act loi Mississippi River and Tributaries Projectin (Mr&T). Laissa Mississippi River and Tributaries Projectin (Mr&T) kehittämisestä ja toteuttamisesta annettiin vastuu Mississippi River Commissionille. MR&t-hankkeessa säädetään Mississippijoen tulvien valvonnasta Head of Passersista Cape Girardeaun läheisyyteen Missouriin, Mississippijoen sivujokien ja tulvien valvonnasta sen takavesien vaikutuspiirissä sekä Mississippijoen navigoinnin parantamisesta Baton Rougesta Louisianasta Kairoon Illinoisiin. Tähän sisältyy parannuksia tiettyihin satamiin ja parannusta vanhojen ja Atchafalaya-jokien navigointiin Mississippijoelta Louisianan Morgan Cityyn.
siihen sisältyy myös Mississippijoen rantapenkereen vakauttaminen solasta Kairoon Illinoisiin, ympäristövarojen säilyttäminen, ennallistaminen ja parantaminen, mukaan lukien muun muassa kaloille ja villieläimille suunnatut toimenpiteet, lisääntyneet vesivarat, virkistys, kulttuurivarat ja muut niihin liittyvät vesivarojen kehittämisohjelmat sekä puolivuosittaiset tarkastusmatkat, joilla seurataan jokiolosuhteita ja helpotetaan koordinointia paikallisten intressien kanssa hankkeiden toteuttamisessa. M/V Mississippillä ja sen edeltäjillä on jo yli sadan vuoden ajan järjestetty tarkastuksia ja kuulemisia.
komissiossa on seitsemän jäsentä. Mississippi River Commissionin nykyinen puheenjohtaja on Yhdysvaltain armeijan Insinöörijoukkojen kenraalimajuri Kaiser. Tehtävä toteutetaan United States Army Corps of Engineers Mississippi Valley Divisionin piirien kautta St. Paulissa, Rock Islandilla, St. Louisissa, Memphisissä, Vicksburgissa ja New Orleansissa.
operaation päämaja on historiallisessa Vicksburgin keskustassa Mississippijoen Komissiorakennuksessa.