ennen valtiota Natchezin lähellä olevat Baptistiseurakunnat järjestäytyivät syyskuussa 1807 yhdistykseksi Betel-kirkossa Bayou saralla, vaikka edellisenä vuonna Saalemin kirkossa kuusi kirkkoa oli kokoontunut samaa tarkoitusta varten. Mississippin Baptistiyhdistys hyväksyi teoksen ”articles of faith & gospel order”, ja julkaisi teoksensa seuraavina vuosina monilla viittauksilla Thomas Merceriin ja David Cooperiin.
toinen järjestö, jota seurasi konventin nimi. Ensimmäinen Mississippin Baptistikonventti kesti vain viisi vuotta, helmikuusta 1824, jolloin se kokoontui Bogue Chitton kirkossa Piken piirikunnassa, vuoteen 1829, kohdattuaan niin paljon vastarintaa, että se sovittiin lakkautettavaksi vuonna 1828.
toinen konventti muodostettiin 23. -4. joulukuuta 1836. Sen ensimmäinen presidentti oli Ashley Vaughan ja ensimmäinen vastaava SS Lattimore. Lattimore toimi sen presidenttinä vielä vuonna 1852. Vastaavana sihteerinä tuona vuonna toimi W. J. Denson ja äänittäjänä J. T. Freman.
vuonna 1857 konventio perusti sanomalehden ”Mississippin baptistit”, jonka päätoimittajana toimi J. T. Freeman.
samana vuonna konventio otti kantaa orjuuden lakkauttamiseen sanoen sen olevan yritys ”vähentää orjaväestön sosiaalisia, siviilioikeuksia ja uskonnollisia etuoikeuksia”. Osavaltion baptistikirkot olivat harjoittaneet rotuerottelua jo joitakin vuosia. Konventti oli ilmoittanut vuonna 1938 ”että muutamat harvat kirkkomme ja jotkut Metodistiystävämme ovat hyväksyneet suunnitelman pitää erillisiä kokouksia mustille; ja että tällainen kurssi on yleensä osallistui lisääntynyt kiinnostus keskuudessa”.
Naisseurat olivat 1800-luvun alussa konventin suurimpia taloudellisia tukijoita. Vuonna 1875 konventio tunnusti virallisesti naisjärjestöt.