Raamatun kertomuksessa Joosua jakoi maan kahdentoista heimon kesken sen jälkeen, kun israelilaiset olivat valloittaneet Kanaanin. Tunnettu raamatullinen arkeologi Kenneth Kitchen ajoittaa tämän tapahtuman hieman vuoden 1200 eaa jälkeen, kun taas toiset tutkijat kiistävät Joosuan kirjan historiallisuuden.
Naftali asutti Galilean itäpuolen (galileanmeren välittömässä länsipuolella) alueilla, jotka nykyään tunnetaan ala-Galileana ja Ylä-Galileana ja joita rajasivat lännessä Asser, pohjoisessa Daan, etelässä Sebulon ja idässä Jordan. Merkittävin kaupunki oli Haasor.
Galileanmeren rannalla sijaitsi Gennesaretin erittäin hedelmällinen tasanko, jota Josephus luonnehti luonnon tavoitteluksi, maalliseksi paratiisiksi, ja alueen eteläosan toimiessa luonnollisena Solana Kanaanin ylänköjen välissä sen läpi kulki useita pääteitä (kuten Damaskoksesta Tyrokseen ja Akkoon johtavat tiet). Tämän tilanteen tuoma vauraus on näennäisesti profetoitu Mooseksen siunauksessa, vaikka tekstitutkijat pitävät tätä postdiktiona, joka on ajoitettu runoon hyvin sen jälkeen, kun heimo oli perustettu maahan.
siitä lähtien, kun Joosua valloitti maan, kunnes Israelin ensimmäinen valtakunta perustettiin N. 1050 eaa., Naftalin heimo kuului israelilaisten heimojen löyhään liittoon. Keskushallintoa ei ollut, ja kriisiaikoina kansaa johtivat tilapäiset johtajat, jotka tunnettiin tuomareina (Katso Tuomarien kirja). Filistealaisten hyökkäysten aiheuttaman uhan kasvaessa Israelilaisheimot päättivät muodostaa vahvan keskitetyn monarkian vastatakseen haasteeseen, ja Naftalin heimo liittyi uuteen valtakuntaan Saulin ollessa ensimmäinen kuningas. Saulin kuoleman jälkeen kaikki muut sukukunnat Juudaa lukuun ottamatta pysyivät uskollisina Saulin suvulle, mutta Iisbosetin, Saulin pojan ja Israelin valtaistuimen seuraajan, kuoltua Naftalin sukukunta liittyi muihin Pohjois-Israelin sukukuntiin ja teki Daavidista, joka oli Silloin Juudan kuningas, Israelin uudelleen Yhdistyneen kuningaskunnan kuninkaan. Kuitenkin Rehabeamin, Daavidin pojanpojan, liittyessä n. 930 EKR. pohjoiset heimot erosivat Daavidin huoneesta uudistaakseen Israelin valtakunnan pohjoiseksi valtakunnaksi.
K. 732 eaa. Pekah liittoutui Aramin kuninkaan Resinin kanssa ja uhkasi Jerusalemia, ja Juudan kuningas Aahas pyysi apua Assyrian kuninkaalta Tiglat-Pileser III: lta. Kun Aahas oli maksanut veroa Tiglat-Pileserille, (2.Kun. 16:7-9) Tiglat-Pileser valloitti Damaskoksen ja Israelin, liittäen Aramin ja suuren osan Israelia, ”mukaan lukien koko Naftalin maan.”2.kuningasten kirjan 16:9:n ja 15: 29: n mukaan Aramin ja siihen liitetyn Israelin osan väestö karkotettiin Assyriaan. Israelin kuningaskunta jatkoi olemassaoloaan vuoteen 723 eaa, jolloin Assyria valloitti sen jälleen ja muu väestö karkotettiin.
tuolta ajalta Naftalin heimo on laskettu yhdeksi Israelin kymmenestä kadonneesta heimosta. Psalmit 1: 24