kolmea teini-ikäistä poikaa syytettiin murhasta ja salaliitosta murhaan. Tuomari päätti, että heidät pitäisi tuomita aikuisina. Heidät vangittiin kuudeksi kuukaudeksi syyttäjien valmistellessa oikeudenkäyntiä. Treadwayn oikeudenkäynnin ollessa alkamassa tammikuussa 1999 myöhästyneessä DNA-testissä Tuitelle kuuluneesta paidasta löytyi kuitenkin kolme tippaa Stephanien verta. Uusien todisteiden perusteella poikia vastaan nostetut syytteet hylättiin ennakkoluulottomasti (mikä mahdollistaisi syytteiden palauttamisen poikia vastaan myöhemmin).
hämmentyneenä käänteestä Escondidon poliisi ja San Diegon piirikunnan syyttäjä antoivat asian raueta ilman syytteitä kahden vuoden ajan. Vuonna 2001 piirikunnan syyttäjä ja San Diegon piirikunnan sheriffinvirasto pyysivät, että juttu otettaisiin Kalifornian oikeusministeriön haltuun. Toukokuussa 2002 oikeusministeri syytti Tuitea Stephanien murhasta. Oikeudenkäynti alkoi helmikuussa 2004. Valamiehistön ensimmäisenä valintapäivänä Tuite käveli pois oikeussalin holding-tankista kesken ruokatunnin vapauduttuaan käsiraudoista; hän lähti oikeustalolta ja nousi bussiin. Hänet saatiin kiinni tunteja myöhemmin. Oikeudessa syyttäjä yhdisti Tuiten Stephanien murhaan esittämällä sekä aihetodisteita että fyysisiä todisteita, kuten todisteita siitä, että Stephanien vaatteissa oli Stephanien verta. Tuiten puolustusryhmä väitti, että pojat olivat tappaneet Stephanien ja että Stephanien verta löytyi Tuiten vaatteista huolimattoman poliisityön aiheuttaman saastumisen seurauksena. 26. toukokuuta 2004 valamiehistö vapautti Tuiten murhasta, mutta tuomitsi hänet lievemmästä taposta. Oikeuden mukaan mies käytti myös tappavaa asetta eli veistä. Oikeus tuomitsi Tuiten kolmeksitoista vuodeksi vankeuteen. Hän sai myöhemmin neljä vuotta lisää vankeutta pakoyrityksensä vuoksi.
kaikkien kolmen pojan perheet haastoivat oikeuteen Escondidon ja Oceansiden kaupungit. The Crowes pääsi 7,25 miljoonan dollarin sopimukseen vuonna 2011. Vuonna 2012 Korkeimman oikeuden tuomari Kenneth teki harvinaisen päätöksen, että Michael Crowe, Treadway ja Houser olivat syyttömiä syytteisiin ja hylkäsivät pysyvästi heitä vastaan nostetun rikosjutun.
Tuite valitti tuomiostaan California Court of Appealiin ja esitti useita vaatimuksia, mukaan lukien väitteen, jonka mukaan hänen kuudennen lisäyksen oikeuksiaan oli loukattu, koska häntä estettiin ristikuulustelemasta täysin syyttäjän todistajaa. Joulukuuta 2006, hovioikeus vahvisti pitkässä julkaisemattomassa lausunnossaan. Oikeus katsoi oikeudenkäynnin tuomarin syyllistyneen perustuslailliseen virheeseen ristikuulustelun rajoittamisessa, mutta piti virhettä harmittomana ja vahvisti tuomion. Kalifornian korkein oikeus kielsi uudelleenkäsittelyn. Liittovaltion käräjäoikeus hylkäsi Tuiten anomuksen habeas corpuksesta. 8. syyskuuta 2011 Yhdysvaltain yhdeksännen piirin vetoomustuomioistuimen paneeli äänesti äänin 2-1 Tuiten tappotuomion kumoamiseksi, tuomiten oikeudenkäynnin epäoikeudenmukaiseksi, koska oikeudenkäynnin tuomari rajoitti syyttäjän todistajan ristikuulustelua. Paneeli totesi lausunnossaan, ” koska Tuiten rikokseen sitovien todisteiden puute, DNA-todisteiden ongelmat, valamiehistön umpikuja ja kompromissi-tuomio sekä mccraryn todistuksen paino ja strateginen asema, tämä tapaus on yksi niistä ’epätavallisista’ olosuhteista, joissa olemme ’virtuaalisessa tasapainossa virheen vaarattomuuden suhteen.”O’ Neil v. McAninch, 513 U. S. 432, 435 (1995). Meidän on pidettävä virhettä tuomioon vaikuttavana, ja meidän on pakko myöntää tuomio. Tuite v. Martel, nro 09-56267. Todettiin, että oikeudenkäynnin aikana syyttäjä ei voinut esittää mitään todisteita talosta vastaajan vaatteista tai henkilöstä, eikä talosta löytynyt mitään jälkiä vastaajan henkilöstä tai vaatteista, jotka hovioikeus mainitsi ja jotka johtivat siihen, että oikeus totesi näytön puuttumisen.
Tuitelle myönnettiin uusintakäsittely, joka alkoi 24. lokakuuta 2013. Loppupuheenvuoroissa hänen asianajajansa Brad Patton kertoi valamiehille, ettei Tuite ollut koskaan käynyt Crowen talossa, eikä olisi löytänyt Stephanien makuuhuonetta pimeästä kodista. Tutkijat eivät myöskään löytäneet asunnosta hänen sormenjälkiään tai DNA: taan. Pattonin mukaan Stephanieta on täytynyt pitää aloillaan lohduttajan alla, kun joku muu puukotti häntä. Hän sanoi myös, että asiantuntijat todistivat, että Tuiten paidoissa olleet veritahrat eivät olleet siellä, kun paitoja alun perin arvioitiin, ja että ne päätyivät sinne rikospaikkatarkastuksessa tapahtuneen saastumisen kautta. Syyttäjä, apulaisoikeusministeri Alana Butler sanoi loppupuheenvuorossaan, että Tuite oli Crowen kodin alueella Stephanien surmayönä. Hän koputteli oville ja etsi Tracy-nimistä naista, jolle hän oli vihainen, koska tämä oli käännyttänyt hänet pois pari vuotta aiemmin. Hän oli ”pakkomielteinen ja harhainen”. Butlerin mukaan Tuite vaelsi Crowen kotiin noin kello 22 avoimesta ovesta. Taloon päästyään nainen ei osannut sanoa tarkkaan, mitä tapahtui, mutta mies meni Stephanien makuuhuoneeseen ja puukotti häntä ainakin yhdeksän kertaa, ja hänen vertaan löytyi kahdesta paidasta, jotka hänellä oli yllään, kun poliisi otti yhteyttä seuraavana päivänä.
5. joulukuuta 2013 valamiehistö palautti tuomionsa syyttömäksi. Jälkeenpäin valamies sanoi, ettei ollut mitään todisteita siitä, että Tuite olisi ollut Crowen asunnolla sinä iltana, ja että valamiehet olivat huolissaan siitä, että uhrin veri olisi päässyt hänen paitoihinsa saastumisen kautta, joten he tutkivat tarkoin sitä mahdollisuutta.