kun TopHat tuli ensimmäisen kerran markkinoille, se oli nopeampi kuin aiemmat järjestelmät. Se kartoitti yli 2,2 miljoonaa lukua SUORITINTUNTIA kohden. Tuo nopeus mahdollisti käyttäjän prosessoinnin ja kokonaisen RNA-Seq-kokeen alle päivässä, jopa tavallisella pöytätietokoneella. Tophat käyttää Bowtie alussa analysoida lukee, mutta sitten tekee enemmän analysoida lukee, että span ekson-eksoni yhtymäkohtia. Jos käytät Tophatia RNA-Seq-aineistoon, saat enemmän luettavaa vertailuperimää vasten.
toinen etu Tophatille on se, että sen ei tarvitse tukeutua tunnettuihin liitoskohtiin, kun se kohdistaa lukunsa referenssigenomiin.
Disappeagesedit
TopHat on vähän huollossa, vähäisessä tukivaiheessa ja sisältää ohjelmistovirheitä, jotka ovat synnyttäneet kolmannen osapuolen jälkikäsittelyohjelmat korjattaviksi. Sen on syrjäyttänyt HISAT2, joka on tehokkaampi ja tarkempi ja tarjoaa samat ydintoiminnot (RNA-Seq-lukujen liitokset).
uudemmat protokollat ovat nykyään Tophatiin verrattuna tehokkaampia, kuten kalvosinnapit, tähti ja limma.
tämä on esimerkki RNA-seq-työnkulun putkesta, jossa käytetään tähteä ja Limmaa. Tämä putki on tehokkaampi kuin Tophatia käyttävä.