varren silmukat esiintyvät esi-mikroRNA-rakenteissa ja kuuluisimmin siirtäjä-RNA: ssa, joissa on kolme varsinaista varren silmukkaa ja yksi varsi, jotka kohtaavat apilakuviossa. Antikodoni, joka tunnistaa kodonin käännösprosessin aikana, sijaitsee yhdellä tRNA: n parittamattomista silmukoista. RNA-pseudoknoteissa esiintyy kaksi sisäkkäistä varren silmukkarakennetta, joissa yhden rakenteen silmukka muodostaa osan toisesta varresta.
monissa ribotsyymeissä esiintyy myös runkosilmukkarakenteita. Itseliikkuvassa vasaraperän ribotsyymissä on kolme varsilenkkiä, jotka kohtaavat keskihaarattomalla alueella, jossa katkaisukohta sijaitsee. Hammerhead ribozymen perus sekundaarirakenne tarvitaan itse-pilkkoutumiseen.
Hiusneulasilmukat ovat usein prokaryoottien 5 ’ UTR: n sisällä olevia alkuaineita. Nämä rakenteet sitoutuvat usein proteiineihin tai aiheuttavat transkription vaimenemisen translaation säätelemiseksi.
ribosomien sidontapaikalle muodostuva mRNA: n varren silmukkarakenne voi kontrolloida translaation aloittamista.
Runkosilmukkarakenteet ovat tärkeitä myös prokaryoottisessa rho-riippumattomassa transkription päättymisessä. Hiusneulasilmukka muodostuu mRNA-juosteeseen transkription aikana ja aiheuttaa RNA-polymeraasin irtautumisen DNA-templaattijuosteesta. Tätä prosessia kutsutaan rho-riippumattomaksi tai luontaiseksi päättymiseksi, ja siihen liittyviä sekvenssejä kutsutaan terminaattorisekvensseiksi.