Clue-mobiilisovellus laskee ja ennustaa käyttäjän ajanjakson, hedelmällisen ikkunan ja premenstruaalisen oireyhtymän. Se myös ilmoittaa käyttäjille suurimman tai vähiten todennäköisen ajan raskaaksi tulemiselle ja antaa heille mahdollisuuden seurata yli 30: tä terveysluokkaa, mukaan lukien sukupuoli, Uni, kipu, liikunta, hiukset, iho, ruoansulatus, tunteet ja energia. Sovellus voi myös selittää, miten pilleriannokset vaikuttavat hedelmällisyyteen ja sisältää hälytysjärjestelmän, joka mahdollistaa muistutukset pillereiden ottamisesta.
vuonna 2015 yhtiö päätti A-sarjan rahoituskierroksen ja ilmoitti aikovansa käyttää tuotot mobiilisovelluksen ominaisuuksien laajentamiseen ja henkilökunnan palkkaamiseen. Clue teki yhteistyötä myös Stanfordin, Columbian yliopiston, Washingtonin yliopiston ja Oxfordin yliopiston kanssa edistääkseen naisten terveystutkimusta.
Clue integroitu Apple Inc.’s HealthKit iOS 9: lle syyskuussa 2015, jolloin tiedot, kuten ruumiinlämpö, kohdunkaulan liman laatu, kuukautiset, ovulaatiotestitulokset, seksuaalinen aktiivisuus ja tiputtelu suoraan sovellukseen.
vuonna 2016 Clue oli Saatavilla 15 kielellä sekä iOS: lle että Androidille. Samana vuonna Clue esitteli syklien jakamisominaisuuden ja vuonna 2017 pillereiden seurantavaihtoehdon.
helmikuussa 2018 Clue toi sovelluksensa saataville Fitbit Ionic-älykelloon.