Cleaver feladata volt egy hallgatói konferencia megszervezése a Tennessee-i Nashville-i Fisk Egyetemen. A konferencián Cleaver találkozott a Fekete Párduc Párt információs miniszterével, Eldridge Cleaverrel, aki a konferencián beszélt. Nemrég szabadult a börtönből, és kiadta a soul on Ice-t. 1967 novemberében San Franciscóba költözött, hogy csatlakozzon a Fekete Párduc Párthoz, és alig másfél hónappal később, Karácsony után, Eldridge és Kathleen összeházasodtak. Körülbelül három-négy héttel azután csatlakozott, hogy Huey Newtont egy oaklandi rendőr meggyilkolásáért vádolták egy előre megrajzolt lövöldözésben. San Franciscóban lett Kathleen a párt kommunikációs titkára, és tüntetések szervezésén, röpiratok készítésén, sajtótájékoztatók megtartásán, plakátok tervezésén, gyűléseken és a tévében való beszéden dolgozott. Cleaver mindent alkalmazott, amit az SNCC-től tanult, a Fekete Párduc pártra. Ő maga hozta létre a pozíciót, Julian Bond motiválta az SNCC-ben. Annak ellenére, hogy a Black Panthers tagjainak több mint kétharmada nő volt, Cleaver azon kevesek egyike volt, aki vezető pozíciókat töltött be a párton belül. Cleaver lett a kommunikációs titkár és a párt döntéshozó testületének első női tagja. Ő volt a szóvivő és a sajtótitkár is. Nevezetesen megszervezte az országos kampányt a párt védelmi miniszterének kiszabadítására, Huey Newton, akit börtönbe vetettek. Kathleen Neal Cleaver egy kis csoport nő közé tartozott, akik kiemelkedő szerepet játszottak a Fekete Párduc pártban, köztük Elaine Brown és Ericka Huggins.
az első nagyobb támadást a Fekete Párduc Párt ellen az 1960-as években Los Angeles első SWAT csapata hajtotta végre. Néhány év elteltével 1971-ben a Fekete Párduc Párt csaknem 30 tagját megölték. Cleaver nehezen gyógyult meg oly sok kollégája halála után, és érzelmileg megsebesült. Ami a legjobban segített neki, az volt, hogy mindennek a gyökeréhez jutott, ami az volt, hogy megtalálja, honnan származik a szorongás és a trauma. Ahogy telt az idő, volt egy csoport nő a Fekete Párduc pártból, köztük Cleaver, akik találkoztak és megvitatták, mi történt velük, helyreállították az egészségüket, és hogy felépüljenek az 1968-ban elszenvedett sérülésekből és traumatikus tapasztalatokból (ugyanabban az évben, amikor a férje a béke és Szabadság jegyen elnökjelölt volt), a kaliforniai 18.Állami Közgyűlés körzetébe indult, szintén a béke és Szabadság Párt jelöltjeként. Cleaver 2778 szavazatot kapott az összes szavazat 4,7%-ára, ezzel a harmadik helyen végzett egy négy jelölt versenyen.
a Fekete Párduc pártban való részvételük eredményeként a bárdok gyakran rendőrségi nyomozás célpontjai voltak. A bárdok lakását 1968-ban a San Franciscó-i taktikai osztag egy párduc-gyűlés előtt házkutatást tartott fegyverek és lőszerek elrejtésének gyanújával. Később abban az évben Eldridge Cleaver az oaklandi rendőrök szándékos lesét rendezte, amelynek során két rendőr megsebesült. Cleaver megsebesült, Bobby Hutton, a Fekete Párduc tagja pedig egy lövöldözésben halt meg a kezdeti lövöldözés után. Gyilkossági kísérlettel vádolták, óvadékot ugrott, hogy Kubába meneküljön, majd később Algériába ment.
amikor Cleaver visszatért az Egyesült Államokba, kijelentette, hogy a lövöldözés szándékos csapda volt a rendőrség ellen. Ugyanaz a szerző, aki hírül adta ezt az állítást, kétségbe vonta annak valódiságát, mert egy nem jellemző beszéd összefüggésében volt, amelyben Cleaver kijelentette: “hősökre van szükségünk a rendőrségre”, és azt mondta, hogy elítélte a rendőrségi lövöldözések polgári felülvizsgálati testületeit azzal az indokkal, hogy “ez egy gyilkosság gumibélyegzője.”A szerző azt feltételezi, hogy ez megtérülhetett volna az Alameda megyei igazságszolgáltatási rendszernek, amelynek bírója csak néhány nappal korábban börtönbüntetés helyett próbaidőt adott Eldridge Cleaver számára; Cleavert közmunkára ítélték, miután három oaklandi rendőr elleni támadással vádolták. Az A Huey Newton Story című dokumentumfilm szerint ” Bobby Huttont több mint tizenkétszer lőtték le, miután már megadta magát, és levetkőztette alsóneműjét, hogy bebizonyítsa, nincs fegyvere.”Kathleen Cleaver a Fekete Párduc pártnál töltött ideje alatt segített etetni az embereket, orvosi ellátást biztosított a családoknak, és családokat vitt a börtönben lévő szeretteihez. Ő is “segített összeállítani gyógyító lelkigyakorlatokat a nők számára, akik a Fekete Párduc pártban voltak, a nők, akik a föld alatt éltek, akiket megkínoztak, akiket száműztek”