microRNA.org weboldal
Kategória kereszt-Omika> tudásbázisok/adatbázisok / eszközök
absztrakt a microRNA.org a weboldal egy átfogó erőforrás (adatbázis) a mikroRNS cél előrejelzéseiről és kifejezési profiljairól.
a Célelőrejelzések a miRanda algoritmus kifejlesztésén alapulnak, amely magában foglalja a célszabályokkal kapcsolatos jelenlegi biológiai ismereteket és az emlősök mikroRNS-ek naprakész összefoglalójának használatát (lásd alább…).
a miRanda által megjósolt célhelyeket az mRNS down-regulációjának valószínűségére pontozzák a mirSVR segítségével, amely egy regressziós modell, amelyet a megjósolt miRNS::mRNS duplex szekvenciájára és kontextuális jellemzőire képeztek ki (lásd alább…)
az expressziós profilok a normál és betegség eredetű emlősszövetek és sejtvonalak nagy csoportjának átfogó szekvenálási projektjéből származnak.
ez a weboldal lehetővé teszi a felhasználók számára, hogy felfedezzék:
1) azon gének halmazát, amelyeket egy adott mikroRNS potenciálisan szabályoz.
2) az előre jelzett célhelyek együttes előfordulása több mikroRNS-re egy mRNS-ben.
3) mikroRNS expressziós profilok különböző emlős szövetekben.
a miRanda cél-előrejelzési algoritmus új verziója —
a cél-előrejelzéseket a miRanda algoritmus segítségével hajtják végre, amely kiszámítja az érett mikroRNS-ek és egy adott mRNS közötti optimális szekvenciakomplementaritást súlyozott dinamikus programozási algoritmus segítségével.
a cél-előrejelzésekkel kapcsolatos további részletes információkért lásd a következő cikket: The microRNA.org forrás: célok és kifejezés. Bétel D, Wilson M, Gabow a, jelek DS, csiszoló C., nukleinsavak res. 2008 január; 36 (Adatbázis kérdés): D149-53.
számos kisebb korrekció és egyszerűsítés történt a Miranda forráskódjában. A változások a következők:
1) Az alapértelmezett parancssori argumentumok-sc 140-go -9-ge -4-en 1 (nincs energiaszűrés);
2) az UTR hosszának korlátozása eltávolítva;
3) az előre jelzett célhelyek átfedésének szűrése szigorítva; a szűréshez átfedés szükséges a vetőmag régiójában; és
4) a “score for this scan” kimeneti vonalakban és a-keyval kimenetben korrigált eltolások.
a célhelyek előrejelzése miRanda által —
mivel a weboldal felülete rugalmasabban szűri az előre jelzett célhelyeket, a gyártók a korábbi 120-as küszöb helyett 120-as igazítási pontszámot használtak.
alapértelmezés szerint a webhely felülete kiszűri ezeket az alacsonyabb pontszámú webhelyeket, de számos kritérium van, amelyek beállíthatók, hogy megtekinthesse őket.
az előre jelzett célhelyek pontozása a mirSVR által —
a mirSVR pontozási módszer részletei a cikkben találhatók: A mikroRNS-célok átfogó modellezése megjósolja a funkcionális nem konzervált és nem kanonikus helyeket. Bétel D, Koppal A, Agius P, Sander C, Leslie C., Genombiológia 2010 11: R90.
röviden, a mirSVR egy regressziós modell, amely kiszámítja a megjósolt miRNS::mRNS duplex számos szekvenciájának és kontextusának súlyozott összegét. A funkciók nagyjából három (3) típusra oszthatók:
1) Duplex funkciók, amelyek magukban foglalják az alappárosítást a mag régióban, valamint a miRNS 3′ végét;
2) szekvencia jellemzők, amelyek magukban foglalják az a/U kompozíciót a célhelyek közelében és a másodlagos struktúra hozzáférhetőségét; és
3) globális jellemzők, mint például az UTR hossza, a célhely relatív helyzete az UTR-ben és a megőrzési pontszám.
a mirSVR down-regulation pontszámokat úgy kalibrálják, hogy lineárisan korreláljanak a down-regulation mértékével, ezért lehetővé teszik a gének pontos pontozását több célhelyen az egyes célértékek egyszerű hozzáadásával.
ezenkívül a pontszámok a lefelé szabályozás empirikus valószínűségeként értelmezhetők, amely értelmes útmutatást nyújt a pontszámhatár kiválasztásához.
ezenkívül a miRanda által generált igazítások és a mirSVR pontszámok összetett megközelítése lehetővé teszi a nem kanonikus helyek (azok, amelyek nem egyeznek vagy gu ingadoznak a vetőmag régióban) ésszerű előrejelzését anélkül, hogy növelnék a hamis előrejelzések számát.
a 2010. augusztusi kiadás microRNA.org tartalmazza az összes célhely-előrejelzést, amelynek 6-mer vagy jobb maghelye van, vagy mirSVR pontszám = -0.1.
a MirSVR a pontszám kiszámításakor figyelembe veszi a megőrzést, így a célhelyek szűrésére már nincs előre meghatározott határérték.
a felhasználók azonban korlátozhatják az interfész megjelenítését a megőrzés kritériumként. Az előrejelzett célhelyek természetvédelmi pontszámának meghatározása most érzékeny az intron csomópontokon átívelő helyekre.
a 2010. augusztusi kiadás microRNA.org tartalmaz:
1) 16,228,619 megjósolt mikroRNS célhelyek 34 911 különálló 3 ‘ UTR-ben 19 898 emberi gén izoformáitól.
2) 7 459 149 megjósolt mikroRNS célhely 28 287 különálló 3 ‘ UTR-ben, 19 231 egérgén izoformáitól.
3) 586 068 előre jelzett mikroRNS célhely 6865 különálló 3 ‘ UTR-ben, 6256 patkánygén izoformáitól.
4) 345 671 megjósolt mikroRNS célhely 12 285 különálló 3 ‘ UTR-Ben, 10 532 gyümölcslégy gén izoformáitól.
5) 230 901 előre jelzett mikroRNS célhely 12 228 különálló 3 ‘ UTR-Ben, 10 124 fonálféreg gén izoformáitól.
6) 1100 emberi mikroRNS Célhelyei.
7) Célhelyek 717 egér mikroRNS-hez.
8) 387 patkány mikroRNS Célhelyei.
9) 186 gyümölcslégy mikroRNS célterülete.
10) 233 fonálféreg mikroRNS Célhelyei.
megjegyzés: a microrns cél-előrejelzései és kifejezési adatai tabulátorral tagolt fájlként érhetők el. Lásd a Letöltések lapot a microRNA.org weboldal.
rendszerkövetelmények
lépjen kapcsolatba a gyártóval.
gyártó
- számítástechnikai Biológiai Központ (cBio)
- Memorial Sloan Kettering Rákközpont
- York Avenue, Box #460
- New York, NY 10065 USA
- Tel: +1 646 888 2602 vagy +1 646 888 2606
- Fax: +1 646 422 0717 1275
gyártó weboldala microRNA.org weboldal
Ár kapcsolat gyártó.
G6G absztrakt szám 20748
G6G Gyártói szám 104331