az államiság előtt a Natchez közelében lévő Baptista gyülekezetek 1807 szeptemberében egyesületbe szerveződtek a Bayou Sara-I Bethel-templomban, bár az előző évben a Salem-templomban hat egyház találkozott ugyanabból a célból. A Mississippi Baptista szövetség elfogadta a ‘Hittételek & evangéliumi rendet’, és a következő években számos utalást tett közzé Thomas Mercerre és David Cooperre.
egy második szervezet, amelyet az egyezmény címe követ. Az első Mississippi Baptista Egyezmény mindössze öt évig tartott, 1824 februárjától, amikor először találkozott Bogue Chitto templom ban ben Pike megye, 1829-ig, miután annyi ellenállással találkozott, hogy megállapodtak abban, hogy 1828-ban feloszlatják.
a második egyezmény alakult December 23-4, 1836. Első elnöke Ashley Vaughan és első megfelelő titkára, S. S. Lattimore volt. Lattimore 1852-ben még mindig elnöke volt. Abban az évben a megfelelő titkár W. J. Denson, a felvételi titkár pedig J. T. Freman volt.
1857-ben az egyezmény újságot hozott létre, a Mississippi Baptista, val vel J. T. Freeman mint szerkesztője.
ugyanebben az évben az egyezmény kifejezte véleményét a rabszolgaság eltörléséről, mondván, hogy ez egy kísérlet “a rabszolgaság társadalmi, polgári és vallási kiváltságainak csökkentésére”. Az állam Baptista egyházai néhány éve gyakorolták a szegregációt. A Kongresszus 1938-ban arról számolt be, hogy ” néhány egyházunk és néhány Metodista barátunk elfogadta azt a tervet, hogy külön találkozókat tartsanak a feketék számára; és hogy egy ilyen tanfolyam általában fokozott érdeklődéssel jár közöttük”.
a 19.század elején a női társaságok voltak az egyezmény legnagyobb pénzügyi támogatói. 1875-ben az egyezmény hivatalosan elismerte a női szervezeteket.