miután a Panama-csatorna Társaság 1888-ban csalás vádjával csődbe ment, Bunau-Varilla Panamában rekedt. Küzdött, hogy új módszert találjon a csatorna megépítésére. Amikor az új Panama-csatorna Társaság visszatért szülőföldjére, Franciaországba, Bunau-Varilla hazahajózott, miután nagy mennyiségű készletet vásárolt. Azonban, mint de Lesseps társasága korábban, az új Panama-csatorna társaság hamarosan felhagyott a csatorna megépítésére irányuló erőfeszítésekkel. Eladta a panamai földet az Egyesült Államoknak, abban a reményben, hogy a vállalat nem fog teljesen kudarcot vallani. Amerikai elnök Grover Cleveland, antiimperialista, elkerülte a csatorna kérdését. Amikor a támogatóbb Theodore Roosevelt 1901-ben elnök lett, a csatornatervezés folytatódott az Egyesült Államokban. Bunau-Varilla energikusan támogatta a csatornát Panamában. A new Panama Canal Company New York-i ügyvédje, William Nelson Cromwell segítségével rábeszélte a kormányt, hogy válassza Panamát a csatorna helyszínéül, szemben a népszerű alternatívával, Nicaraguával. Amikor az ellenfelek kifejezték érdeklődésüket egy csatorna megépítése iránt Nicaraguán keresztül, amely kevésbé volt politikailag ingatag nemzet, Bunau-Varilla aktívan lobbizott az Egyesült Államokban, például azzal, hogy Nicaraguai postai bélyegeket osztott szét böfögő vulkánok szenátoroknak. Üzletemberek, kormányzati tisztviselők és az amerikai közvélemény lobbizása révén Bunau-Varilla meggyőzte az amerikai kongresszust, hogy 40 millió dollárt fordítson az új Panama-csatorna társaságra az 1902-es Spooner-törvény alapján. Az alapok a Kolumbiával kötött szerződés tárgyalásától függtek, hogy Panama területén földet biztosítsanak a csatorna számára.
Panama elszakadása Kolumbiától
Kolumbia 1903–ban aláírta a Hay-Herr Adapn szerződést, átengedve a földet Panamában az Egyesült Államoknak a csatorna számára, de a Kolumbia Szenátusa elutasította a ratifikációt. Bunau-Varilla cégét az a veszély fenyegette, hogy elveszíti a Spooner-törvény 40 millió dollárját, és a panamai juntákkal terveket készített New Yorkban a háborúra. A háború előestéjén Bunau-Varilla már elkészítette az új nemzet alkotmányát, zászlaját és katonai intézményét, és megígérte, hogy az egész kormányt a saját csekkfüzetén fogja lebegtetni. Bunau-Varilla zászlótervét később a panamai Forradalmi Tanács elutasította azzal az indokkal, hogy egy külföldi tervezte. Bár felkészült egy kis méretű polgárháborúra, az erőszak korlátozott volt. Ahogy ígértem, Roosevelt elnök közbelépett az Egyesült Államokkal. haditengerészeti flotta a kolumbiai erők között az isthmustól délre és a panamai szeparatisták között.
a csatorna területének amerikai ellenőrzése
Bunau-Varillát, mint Panama egyesült államokbeli nagykövetét, Manuel Amador elnök meghatalmazott hatalommal ruházta fel. A panamai kormány hivatalos beleegyezésének hiányában tárgyalásokat kezdett az amerikai külügyminiszterrel, John Hay, hogy a Panama-csatorna területét az Egyesült Államoknak adja át. Nem Panamaians aláírta a kapott Hay-Bunau-Varilla szerződés, bár ratifikálták Panama December 2-án 1903. Bunau-Varilla nagykövetségét a lázadóknak nyújtott pénzügyi támogatás révén kapta meg, tizenhét éve nem élt Panamában, és soha nem tért vissza, ami ahhoz a vádhoz vezetett, hogy “Kábel útján nevezték ki miniszternek”. A panamaiak régóta nehezményezték az új panamai hatóságok által belé vetett elárult bizalmát. A szerződést végül a Torrijos-Carter szerződések 1977-ben.