a Stem-loopok a pre-mikroRNS struktúrákban fordulnak elő, és leginkább a transzfer RNS-ben, amelyek három valódi szárhurkot és egy szárat tartalmaznak, amelyek egy lóhere levelében találkoznak. Az antikodon, amely felismeri a kodont a transzlációs folyamat során, a tRNS egyik párosítatlan hurkán található. Két beágyazott szárhurok-struktúra fordul elő az RNS pszeudoknotokban, ahol az egyik szerkezet hurokja a második szár részét képezi.
sok ribozim szárhurok szerkezettel is rendelkezik. Az önhasító kalapácsfejű ribozim három szárhurkot tartalmaz, amelyek egy központi párosítatlan régióban találkoznak, ahol a hasítási hely fekszik. A kalapácsfejű ribozim alapvető másodlagos szerkezete szükséges az önhasításhoz.
a Hajtűhurkok gyakran a prokarióták 5 ‘ UTR-jában található elemek. Ezeket a struktúrákat gyakran fehérjék kötik meg, vagy az átirat csillapítását okozzák a transzláció szabályozása érdekében.
a riboszóma kötőhelyén kialakuló mRNS szárhurok szerkezet szabályozhatja a transzláció megindítását.
a szár-hurok struktúrák szintén fontosak a prokarióta Rho-független transzkripció végződésében. A hajtűhurok a transzkripció során egy mRNS-szálban képződik, ami az RNS-polimeráz disszociációját okozza a DNS-sablonszálból. Ezt a folyamatot rho-független vagy intrinsic terminációnak nevezzük, az érintett szekvenciákat pedig Terminátor szekvenciáknak nevezzük.