AdvantagesEdit
amikor TopHat először jött ki, gyorsabb volt, mint a korábbi rendszerek. Több mint 2,2 millió olvasást térképezett fel CPU óránként. Ez a sebesség lehetővé tette a felhasználó számára, hogy kevesebb mint egy nap alatt feldolgozza és teljes RNS-Seq kísérletet végezzen, még egy szabványos asztali számítógépen is. Tophat az elején Bowtie-t használ az olvasások elemzésére, de aztán többet tesz az exon-exon csomópontokon átívelő olvasások elemzésére. Ha Tophatot használ az RNS-Seq adatokhoz, akkor többet fog olvasni a referencia genomhoz igazítva.
a TopHat további előnye, hogy nem kell támaszkodnia az ismert illesztési helyekre, amikor az olvasásokat egy referencia genomhoz igazítja.
Hátrányokszerkesztés
a TopHat alacsony karbantartási, alacsony támogatási szakaszban van, és olyan szoftverhibákat tartalmaz, amelyek kijavítására 3rd party utófeldolgozó szoftvert hoztak létre. Ezt felváltotta a HISAT2, amely hatékonyabb és pontosabb, és ugyanazt az alapvető funkciót biztosítja (az RNS-Seq olvasások illesztett összehangolása).
az újabb protokollok hatékonyabbak a TopHat-hoz képest, mint például a mandzsettagombok, a STAR és a limma.
