1974年6月28日、フアン・ペロンは一連の心臓発作を起こし、イザベルはヨーロッパの貿易使節団から召喚され、翌日に密かに大統領代理として宣誓した。 フアン・ペロンは1974年7月1日に死去したが、3回目の選挙から1年も経たないうちに死去した。 副大統領として、彼の未亡人は正式に大統領に昇り、”大統領”の称号を持つ世界で最初の女性になったが、彼女は国をリードする最初の女性ではなかった。 彼女は一般的にLa Presidenteとして知られていました。
彼女はエヴィータ-ペロンのカリスマ性を欠いていたが、悲嘆に暮れる未亡人は、最初は国家からの支持を集めた。 彼女は、1973年の”社会協定”で具体化された社会市場経済政策と、夫の長年の経済ナショナリズムを支持することを約束しました; 彼女の最初の重要な経済政策の決定は、新しい、プロ労働雇用契約法の制定とypfに充填所の独占を付与することでした。 前の月にフアン-ペロンと脱落した左派グループでさえ、彼女に公的に支援を申し出た。 しかし、彼女は様々な構成団体や政治団体との会合をキャンセルし、夫の死に起因する同情はすぐに消え去った。 彼女の政府は大学のポストと政権からほとんどの左翼を粛清し、（彼女の夫と他のアルゼンチンの大統領がしたように）左翼知事を解任するために連邦 一連の政治的殺人事件と政府とのMontonerosによる中断の後、9月30日にペロンは反テロ法に署名しました。 これは、表向きは左翼の暴力と戦うために、憲法上の権利を侵食した一連の措置の最初のものでした。
彼女と有権者との間のもう一つの争点は、社会福祉大臣ホセ-ロペス-リーガがペロンの政策の広範な範囲の議題を設定し、ほぼすべての内外の政策を審査するという印象が高まっていることであった。 彼の公の行動–彼女が話したように黙って彼女の言葉を口にするなどの奇妙な行動を含む–は、アルゼンチンの国民の間で大統領に大いに必要な支 ファシストの同情を持っていることで知られているロペス・レガは、特に腐敗しており、（オデッサネットワークのプリンシパル）オットー・スコルツェニー、（リビアの指導者）ムアンマル・カダフィ、（イタリアのファシスト）Licio Gelli（P-2ロッジロペス・レガが所属していた）とのビジネスパートナーシップを確保するために彼の地位を利用した。
ロペス-リーガがイサベル-ペロン大統領に最も大きな影響を与えたのは、最近結成されたアルゼンチンの反共産主義同盟（トリプルA）によるものである。 1973年末から1974年末の間に、右派の準軍事組織であるトリプルAは、シルヴィオ・フロンディジ教授（元大統領アルトゥーロ・フロンディジの弟）、ロドルフォ・オルテガ・ペーニャ下院議員、活動家の父カルロス・ムギカ、ブエノスアイレス州副警察署長フリオ・トロクスラー、元コルドバ副知事アティリオ・ロペス、元チリ陸軍頭カルロス・プラッツを含む300件近くの殺人をすでに行っていた。 UCR上院議員のヒポリト・ソラーリ・イリゴイェンやブエノスアイレス大学のロドルフォ・プイグロス大統領のような他の著名な公務員は、トリプルA攻撃を僅差で生き延びたが、プイグロスはその職から解任された。
残虐行為は左翼過激派によっても行われていた。 1968年に組織されたアナキストモントネロスは、元国家元首ペドロ-アランブル、人気のあるCGT連合事務総長ホセ-イグナシオ-ルッチ、建設労働者連合リーダーロゲリオ-コリア、元内務大臣アルトゥーロ-モル-ロイグ、米国を殺害した。 ジョン-イーガン領事他の殺人や誘拐の中で。 1974年を通じて、暴力的に近い新しいトロツキー族のグループ、ERPの台頭が暴力のサイクルに加わりました。 フィアットの幹部Oberdan Sallustroの殺害の後で悪評を得た、ERPはAzulの兵舎への暴力的な攻撃で年を始めた。 それは、とりわけ、刑事裁判所の裁判官、ホルヘ-キローガ、作家のジョルダン-ブルーノ-ジェンタ、ラ-プラタの中道派エル-ディアの出版社、デビッド-クライゼルバルドを殺害した。 1200万ドルの身代金のために解放されたエッソの幹部ヴィクター・サミュエルソンの誘拐は、そのような犯罪の発疹になるものに火をつけました。 しかし、政府と準軍事組織は、上記のように、政権の多くの正当な反対者を標的とし、殺害するためにこの環境を使用しました。
ブエノスアイレス警察署長アルベルト-ビジャール（ロペス-リーガのトリプルAで最も近い協力者の一人）とその妻の殺害後、トゥクマン州でのERPによる活動が増加している中で、ペロンは6月に包囲状態を宣言するよう説得された（他の権利の中では人身保護令状を停止）。 検閲も著しく増加し、ラテンアメリカの主要なニュース日刊紙（クロニカ）や他のいくつかの出版物の法令によって閉鎖され、トークショーのホストミルタ-ルグランやコメディアンのタト-ボレスなどのアルゼンチンのテレビの人物の禁止に至った。
インディペンデンス作戦は1975年2月5日にトゥクマンで開始された。 この軍事キャンペーンは、軍事的観点から成功したものの、その残虐行為のために悪評を得ました; 反乱軍の後に行くことに加えて、それは選出された役人、治安判事、トゥクマン大学の教員、さらには中等学校の教師を攻撃しました。
政府は、四半世紀の大部分をペロニズムの主力である労働運動を”破壊的”で報復の対象と分類し、それをオンにした。 1974年11月、ヴィラ・コンスティトゥシオンの製鉄所で左翼の組合員が選出され、鉄鋼労働者の指導者であるロレンツォ・ミゲル（パラマウントCGTの指導者）が不承認となったことで、1975年3月20日に警察が施設を襲撃した。 Triple A heaviesと共同で実行された襲撃は、逮捕された300人の労働者の多くの「失踪」につながった。
彼に忠実なファシストと国家情報局（SIDE）を積み重ね、ロペス-リーガは前例のない陰謀を急いで、ホルヘとフアン-ボルン、彼らのリリースのためにUS$60万ドルを支払った著名な地元の幹部の誘拐に最高潮に達した（当時の世界記録）。 モントネロスの多くのダブルエージェントの中からの連絡先を使用して、代理店は、サイド関与の公的な疑いなしに1975年のリリースまで、生まれた兄弟を既知のサイドセーフハウスに保管し、次の数ヶ月で他の人（あまり野心的ではないが）につながった偽旗操作が成功した。 一方、ロペス-リーガは、ペロンが夫の短い大統領職から継承した最も有能な政策立案者の多くの解雇を手配した; 1975年5月までに、経済相のホセ・ベル・ゲルバードと中央銀行総裁のアルフレド・ゴメス・モラレスは、右派のロペス・レガ・ロイヤリストに交代していた。
イザベル-ペロンは当初、夫から受け継いだ社会協定を維持し、1974年の給与税の制定など、公的退職制度を強化するための改革でそれを強化することに成功した。 しかし、労働からの圧力に屈して、彼女は社会協定の所得政策の側面を無視し、経済は安定していたが、価格/賃金のスパイラルは、1974年の社会協定の高さで年12％から年後に80％に上昇するインフレと続いた。 社会協定はまた、特に一般経済評議会（CGE）の保守的なメンバーが1975年に融和的なCGEから分裂し、より戦闘的なAPEGEを形成した後、雇用者による反対の高まりに直面した。; このグループは、後に政権に対して定期的なロックアウトをステージングする戦術を採用するだろう。
記録的な貿易と財政赤字に直面し、新経済大臣のCelestino Rodrigoは6月に経済ショック療法を適用した。 これらの措置は、料金と運賃を倍増させ、ペソの価値の驚きの半分を命じ、それは米ドルに向かって殺到することができる人々を強制することによって、そ 消費者物価は1975年5月から8月の間だけで2倍になり、政府、労働者、雇用者の間で急激な賃金引き上げが交渉されたが、結果として生じたショック（ロドリガゾとして知られる）は、Cgtによる2日間のゼネスト（ペロン主義政権に対する史上初の）を含むアルゼンチン全土の抗議を引き起こした。 彼のオフィスの前での抗議の後、今嫌わホセ*ロペス*リーガは急いでスペインへの大使に任命され、亡命への飛行に乗りました。
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López Regaは19日に国を去った。 その後まもなく、ペロンは経済省のセレスティーノ-ロドリゴと陸軍最高司令部のアルベルト-ヌマ-ラプレーン将軍を解任し、ホルヘ-ヴィデラ将軍と交代した。 実用的な経済学者、ペロニストwheelhorseアントニオCafieroの大統領の任命と休職の彼女の13九月発表は、労働組合からビジネスに、社会の十分なセクターを解放しました。 上院議長のイタロ-レダーは、適度に保守的なペロニストであり、彼女の代わりに、彼女の休暇が恒久的になることが広く期待されていましたが、そうではありませんでした。
1974年の治安部隊と公人の殺害に主に限定され、1975年の政治的暴力は、トロツキストERPとファシストTriple A過激派がお互いに真夜中の落雷を開始し、銀行、バス、ヨット、駐車場、レストランなどの民間人の標的に対して軟弱な標的を含むようにエスカレートした。 ペロン夫人の最初の15ヶ月間に700人以上の命が政治的暴力によって失われ、そのうち半分以上が破壊者で残りのほとんどが治安部隊であり、1976年までに民間人はこの紛争に起因する1,358人の死亡の半分を占めていた。 さらに、モントネロスはラプラタ港近くのほぼ完成した駆逐艦サンティシマ-トリニダードのオーガスト-ダイナマイトや、5月にフォルモサ州の軍事基地へのテロ攻撃であるプリミシア作戦など、軍事施設に対する一連の大胆な攻撃を開始した。 憤慨した国民、軍、強硬な労働指導者（特に鉄鋼労働者のロレンツォ-ミゲル）、および他のほとんどのペロニストをなだめることを切望して、6月に彼女とレダーは、（彼女の言葉で）”全国の破壊的な要素を全滅させる”ことができる軍隊のための包括的な免除を与える新しい措置に署名した。 この措置は「病気休暇」から戻るのに十分な支援を得て、10月17日（ペロン主義者の歴史的に中央の忠誠の日）に、ペロンは彼女のポストに戻ってカサ・ロサダのバルコニーに現れた。
彼女の健康は脆弱なままであったが、胆嚢の不調により彼女は11月に2回目の短い休暇を取らざるを得なくなった。 アンヘル・ロブレド内相は、1976年11月に選挙（1977年3月に予定）を行うべきであると提案したが、この休暇中に大統領によって承認され、ますます噂されているクーデターがまだ回避される可能性があるという新たな希望をもたらした。
一方、インフレに対する不安は、日常生活を支配し続けた。 毎月のインフレ率は（当時の記録）35％から遅くなったが、10-15％にとどまった1976年の間に月に記録された。 しかし、事業投資の急激な減少は、それまでに経済を急激な不況に送っていました。 GDP成長率は1974年第4四半期の6.8%から第2四半期には1.4%に鈍化していたが、ロドリガゾ危機の後、1976年第1四半期までには4.4%に縮小し、設備投資は6分の1、自動車生産は3分の1に減少した。 しかし、輸出が減少し続けたため、貿易赤字は1975年に記録的な億ドルに達し、外貨準備をほぼ枯渇させた。 政府の1975年の予算は、危機によって脱線していたし、その当時まだ控えめな対外債務をキャンセルする以前の約束によって、それでもアルゼンチンだけで25億ドルの費用がかかりました。 その結果、財政赤字（5億ドル以上、1975年）と農業および商業部門の一連のロックアウトは、買いだめと不足につながる、月の後に価格への圧力を再燃させ始めた。
ペロンのロイヤリストであるエクトル・ファウタリオ准将を支部の最高司令部に任命したことは、彼女の政権に対する行動のために空軍のより広範な支持を高め、12月18日、ヘスス・カペリーニ将軍はモロン空港と空軍基地を押収することによってクーデターを試みた。 しかし、ファウタリオの解任を得た軍の統合参謀本部は、反乱の手に留まり、密かにタイミングが時期尚早であると結論づけた。 これに対して、12月23日にほぼ敗北したERPは、6人の軍人と85人のゲリラメンバーの命を奪った重要なMonte Chingolo武器庫を包囲したが、この敗北はERPの暴力的なキャンペーンの終わりを告げた。
ペロンが政府が運営する慈善団体であるCruzada de Solidaridad（「連帯十字軍」）から多額の資金をスペインの個人口座に横領したという疑惑が浮上した。 慈善基金の横領疑惑に関する議会の調査は、一方で議会での彼女の残りのサポートを消散していた,フレジュリ同盟の第二位の政党の出発を促します,中道右派ミッド,そして、「ベリカリスト」と「反乱」派閥にペロニストの幹部会を分割します. 彼女の政権は、12月にブエノスアイレス州知事ビクトリオ・カラブロが「我々はそれを行わない」と宣言し、1976年1月には内務大臣アンヘル・ロブレドが辞任したことで、自分の党内からさらに政治的打撃を受けた。
イサベル・ペロンは、1976年の初めに、治安問題から経済的問題まで、保守的な軍にこれまで以上に重要な政策譲歩を与えた。 労働者の支援を受けた経済相アントニオ–カフィエロは2月に解任され、後任のエウジェニオ-モンデッリは前年のロドリガゾ-モンデラゾと同様のショック療法措置を発表した。 これらの措置には、公共料金の急激な引き上げと、すでに細断されたペソの新たな切り下げが含まれ、今後3ヶ月間で価格が2倍以上になり（インフレ率は4月までに700％以上の新記録に達した）、ストライキやビジネスロックアウトの新たな波をリードした。
UCRは2月、議会における「反乱」ペロニスト派の支持を得て、大統領に対する弾劾手続を開始した。 3月15日、モントネロスは軍本部で爆弾を爆発させ、1人が死亡し、29人が負傷した。 CGEのフリオ-ブロナーの頭は、彼の家族と一緒にアルゼンチンを去った、完全に;Cgt事務総長Casildo Herrerasは、彼が自分自身を”消去”したことを亡命から発表し、スーツに従った。 野党UCRリカルドBalbínのリーダーは、多党議会危機委員会を形成するための努力をしながら、参謀Videlaの陸軍チーフとのプライベート会議を開催し、彼に言った、”あなた”メディアは、それまでに公然と予想されるクーデターまでの日数をカウントダウンし、いくつかの新聞はペロンの打倒を求める社説を発表しました。 統合参謀本部がラ・プレジデンテへの忠誠を公言していたとしても、1975年10月に大統領が休職から戻ったとき、陸軍最高司令部はすでにクーデター（コードネーム「アリエス作戦」）に最終的な承認を与えていた。
1976年3月23日の夜遅くまで働いた後、新たなビジネスの閉鎖を回避するために、ペロンは幹部アシスタントの誕生日をスタッフと共に祝った。 不審な軍事演習に警告され、彼女は真夜中の直後に大統領ヘリコプターに乗り込んだ。 彼女はキンタ・デ・オリボス大統領官邸ではなく、近くのホルヘ・ニューベリー国際空港にある空軍基地に飛んだが、そこで彼女は正式に解任され、逮捕された。