初期のイスラム時代;場所編集
モスクは、第二のラシドゥンカリフ、オマール（ウマル）イブン*アル*ハッタブ（c.581-644）にちなんで命名されています。 エルサレムを征服したオマールは、637年にベツレヘムに旅行し、キリスト教徒と聖職者のための神社と安全の尊重を保証する法律を発行しました。 イスラムの預言者ムハンマドの死からわずか四年後、オマールはモスクの場所で祈ったと言われています。
ヤクト-アル＝ハマウィー（D. -1229年）は、カリフ-オマールがキリスト教の修道士から、キリスト降誕の教会をモスクに変えるのではなく、アーケードの建物またはhaniyyaにモスクを建設するように勧められたことに関連している。 ヤクトは、聖書の王ダビデとソロモンが埋葬されたと考えられていた場所にhaniyyaを置きます。 10世紀初頭、アレクサンドリアのEutychius（877-940）は、Haniyyaをキリスト教のサイト内に配置し、南に面しているため、イスラム教徒の祈り（qibla）に適していると説明し、Omarはイスラム教徒がhaniyyaで一度に一つだけ祈ることを可能にすると述べている。; そして、彼らがそこに何かに触れることを禁止するだけでなく、内部の会衆の祈りを呼び出したり、実施したりすることも禁止します。 エウティキウスは、10世紀初頭の彼の時代に、イスラム教徒がこれらの三つのルールを破ったと不平を言った。 この祈りの場所の地位の進化は、最初はイスラム教徒が祈りを行うための限られた権利しか保持していなかったキリスト教の建物に取り付けられたアーケードの空間から、十世紀初頭から始まる会衆のモスクへのものであったようである。
ハニーヤの正確な位置は明らかではないが、古代後期にダビデとソロモンの埋葬地と考えられていた場所は、ボルドーの巡礼者（330）によってキリスト降誕の大聖堂から遠くないとして、ピアチェンツァの巡礼者（570）によって町の中心部から半ローママイルとして記述されていた。
Modern mosque at new location(1860)Edit
現在のモスクは1860年に建てられましたギリシャ正教会によって目的のために与えられたプロット上に1860年に建てられ、1955年に改装されました。 その建設に使用された土地は、エルサレムのギリシャ正教会によって寄付されました。 過去には、電球の出現前に、ベツレヘムのイスラム教徒とキリスト教徒は、モスクの周囲を照らすためにオリーブオイルを提供することが一般的でした。
緊張（2000年代）編集
2006年2月20日、ダライ-ラマは中国政府からの圧力のために、モスクへの訪問を他の場所の中でキャンセルした。 パレスチナ国家当局は、キャンセルを要求していました。 外務省の関係者、Majdiアル*ハルディは、記者団に語りました,
中国政府の要請により、我々はチベットのための彼の分離主義者の野望を与えられた彼を受け取ったり、対処したりしていません。… パレスチナの人々を支援する中国政府との友好関係を考えると、私たちは地元の（ベツレヘム）当局だけでなく、市民社会団体に彼を受け取らないように求め、彼らは私たちの要求を黙認した。
2007年2月、イスラエルのShin Bet治安機関は、オマールのモスクでイスラム教徒の聖職者によって「ハマスにリンクされた独房」のために募集されたとされる20人の男性を逮捕した。 それにもかかわらず、2007年のクリスマスイブにパレスチナのマフムード-アッバス大統領が訪れたとき、モスクは平和的なままであった。