アドバンテージ編集
トファットが最初に出てきたときは、以前のシステムよりも速かったです。 これは、CPU時間あたり2.2万以上の読み取りをマッピングしました。 この速度により、ユーザーは標準のデスクトップコンピュータであっても、一日未満でRNA-Seq実験を処理し、全体を処理することができました。 Tophatは最初にbowtieを使用して読み取りを分析しますが、その後、エクソン-エクソン接合にまたがる読み取りを分析するために多くを行います。 RNA-SeqデータにTopHatを使用している場合は、参照ゲノムに対してより多くの読み取りが整列されます。
TopHatのもう一つの利点は、読み取りを参照ゲノムに整列させるときに既知のスプライス部位に依存する必要がないことです。
TopHatは保守が低く、サポートが低い段階にあり、修正するためにサードパーティ製の後処理ソフトウェアを生成したソフトウェアのバグが含まれています。 これは、より効率的かつ正確であり、同じコア機能（RNA-Seq読み取りのスプライスアライメント）を提供するHISAT2に取って代わられています。
新しいプロトコルは、カフスボタン、スター、limmaなどのTopHatと比較して、より効率的です。
これは、STARとLimmaを使用したRNA-seqワークフローのパイプラインの例です。 この特定のパイプラインは、TopHatを使用するパイプラインよりも効率的です。