アギナルドの帰還とマニラ攻略
5月4日、デューイは5月7日にワシントンで受け取った電報を派遣した。「私は湾を完全に支配し、いつでも都市を占領することができるが、私には保持するのに十分な兵がいない。”巡洋艦Ussチャールストンと蒸気船USS北京は、弾薬、物資、軍隊を持って、すぐにマニラに派遣されることになっていました。 マジェス-ジェン 地上作戦の指揮権を与えられたウェズリー・メリットは、当初は約14,000名の部隊を要求したが、後に20,000名に増員した。 5月25日、T・M・アンダーソン准将とその指揮下の2,491名のアメリカ軍はサンフランシスコから3隻の輸送船で出航し、チャールストンと共にホノルルで船団に加わった。
アメリカ人が軍隊を集結させている間、フィリピンの抵抗指導者エミリオ-アギナルドはスペインに対する闘争の再開を発表した。 アギナルドはスペイン当局との合意の一環として亡命生活を送っていたが、彼はアメリカ人に手を差し伸べ、彼らの軍事作戦で彼の援助を提供した。 アギナルドは5月19日にカヴィテに上陸し、支持者を集め、速やかにマニラの南のいくつかの町を占領した。 12月にフィリピンの独立を宣言し、フィリピン共和国の大統領を宣言した。 アギナルドの行動はアメリカ人によって認可されていなかったが、彼の進歩を遅らせるためにできることはほとんどなかった。 かなりの反乱軍の頭で、Aguinaldoはマニラの近くの包囲を開始しました。
6月20日、Ussチャールストン船団はグアム島の砲撃と占領を一時停止した後、6月30日にマニラ湾に到着した。 F・V・グリーン准将指揮下の第2分遣隊3,586名が7月17日に到着し、メリットは総督に任命されたが、7月25日にマニラ湾に到着した。 4,847名を乗せた5隻の輸送船が7月31日に到着し、マニラでのアメリカ軍の総兵力は11,000人近くに達し、途中で5,000人以上が到着した。 メリットはすぐにカビテから部隊を移動させ、マニラのスペイン軍陣地から1,000ヤード（914メートル）以内に定着させた。 7月31日の夜、スペイン軍はアメリカ軍の前線に激しいライフル砲と大砲の砲撃を浴びせ、10名が死亡し、43名が負傷した。
次の数夜、スペイン線からの砲撃が頻繁に行われた。 8月7日、デューイとメリットからの共同書簡がスペインのフェルミン・ヤウデネス知事に送られ、マニラから非戦闘員を避難させるために48時間を与えられた。 ヤウデネスはアギナルドの軍に包囲されており、病人や女性や子供たちのための避難所はないと答えた。 スペインの指揮官は降伏を要求する第二の共同声明を拒否し、マドリードにそれを参照することを提案した。 これは拒否され、攻撃のための準備がなされた。
都市の要塞内には13,000人のスペイン軍がいたが、デューイの艦隊が湾を支配し、アメリカ人と反乱軍が上陸したことで、抵抗は絶望的だった。 8月13日に地上と海軍の合同攻撃が行われたとき、大きな抵抗はなく、艦隊が発砲してからおよそ1時間半後の午前11時に白旗が掲揚された。 翌日、正式な降伏が調印された。