ユージーン科学センターは1961年に南西オレゴン科学産業博物館（SWOMSI）として設立されました。 SWOMSIは、その親組織、ポートランドのオレゴン科学産業博物館（OMSI）からの初期の支援を受けたが、すぐに地元の教育者で構成される取締役会と独立した博物館
スウォムシは最初にオレゴン電気鉄道駅（現在のオレゴン電気駅レストラン）を占領し、5番街とウィラメット-ストリートにあった。 オレゴン電気鉄道の駅での初期の頃、SWOMSIは展示や授業を提供し、OMSIが運営する施設であるスピッツプラネタリウムでプラネタリウムショーを運営していた。
1973年、鉄道駅が不十分であり、スピッツプラネタリウムが耐用年数の終わりに近づいていることを発見し、SWOMSIの取締役会はレーン郡委員会に接近し、新しく作られたアルトン-ベイカー-パークにスペースを求めるよう求めた。 OMSIからの休憩の後、SWOMSIはWillamette科学技術センター（WISTEC）になりました。 新しい博物館のための主要な資金は経済開発管理の下で得られ、コンソーシアムのメンバー（レーン-コミュニティ-カレッジ、レーン教育サービス地区、オレゴン大学、WISTEC）のそれぞれは、財政的にも現物サービスを通じて、プロジェクトに実質的に貢献した。 当時、オレゴン電気鉄道駅は売却され、ウィステックの資金で50,000ドルがアルトン-ベイカー-パークにある現在の建物の建設に投入された。
1978年から79年にかけて、WISTECビルと新しいプラネタリウムが建設された。 1980年代半ばにユージーン市がアルトン-ベイカー-パークのほとんどを支配したとき、ウィステック-ビルの所有権も奪った。 ウィステックは1980年に現在の場所にオープンしました。 プラネタリウムは当時、博物館とは機能的にも財政的にも分離していました。 プラネタリウムは最終的にレーン教育サービス地区の唯一の責任となり、資金調達の危機の後、2002年に閉鎖されました。 2002年1月、ウィステックはサイエンス・ファクトリーに名称を変更し、2003年にプラネタリウムをサイエンス・ファクトリーに譲渡したことで、サイエンス・ファクトリー子ども博物館&プラネタリウムとなった。 2016年にサイエンスファクトリーに名称を戻し、2018年1月にユージーンサイエンスセンターに名称を変更した。