microRNA.org ウェブサイト
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要約microRNA.org ウェブサイトは、マイクロrna標的予測と発現プロファイルの包括的なリソース（データベース）です。
ターゲット予測は、ターゲットルールに関する現在の生物学的知識と哺乳類のマイクロrnaの最新の大要の使用を組み込んだmiRandaアルゴリズムの開発に基づ..).
miRandaによって予測された標的部位は、予測されたmiRNA::mRNA二重鎖の配列および文脈上の特徴について訓練された回帰モデルであるmirSVRを用いて、mRNAダウンレギュレーションの可能性についてスコア化される（下記参照。..)
発現プロファイルは、正常および疾患起源の哺乳類組織および細胞株の大規模なセットの包括的な配列決定プロジェクトに由来しています。
このウェブサイトは、ユーザーが探索することができます：
1）特定のマイクロrnaによって潜在的に調節されている遺伝子のセット。
2)mRNA中の複数のマイクロRNAの予測標的部位の同時発生。
3)様々な哺乳動物組織におけるマイクロRna発現プロファイル。
miRanda target prediction algorithmの新バージョン-
ターゲット予測は、加重動的計画アルゴリズムを使用して、成熟したマイクロrnaのセットと所定のmRNAとの間の最適な配列相補性を計算するmiRanda algorithmを使用して実行されます。
ターゲット予測の詳細については、論文を参照してください。microRNA.org リソース:ターゲットと式。 Betel D,Wilson M,Gabow A,Marks DS,Sander C.,Nucleic Acids Res.2008Jan;36(Database Issue):D149-53.
ミランダのソースコードにはいくつかの小さな修正と単純化がありました。 変更内容:
1)デフォルトのコマンドライン引数を-sc140-go-9-ge-4-en1に変更(エネルギーフィルタリングなし);
2) UTR長の制限が削除されました;
3)予測されたターゲットサイトのオーバーラップフィルタリングが強化されました;フィルタリングするシード領域のオーバーラップが必要です;
4)”score for this scan”出力ラインと-keyval出力でオフセットが修正されました。
ミランダによるターゲットサイトの予測–
ウェブサイトのインターフェイスでは、予測ターゲットサイトのフィルタリングがより柔軟であるため、メーカーは以前のしきい値140の代わりに120のアライメントスコアしきい値を使用しています。
デフォルトでは、ウェブサイトのインターフェイスはこれらのスコアの低いサイトの多くを除外しますが、それらを表示できるように調整できるいくつかの基準があります。
mirSVRによる予測標的部位のスコアリング–
mirSVRスコアリング方法の詳細は、論文に記載されています: MicroRNAターゲットの包括的なモデリングは、機能的な非保存および非標準的なサイトを予測します。 Betel D,Koppal A,Agius P,Sander C,Leslie C.,Genome Biology2010 11:R90.簡単に言えば、mirSVRは、予測されたmiRNA::mRNA二重鎖の多数の配列および文脈特徴の加重和を計算する「回帰モデル」である。miRSVRは、miRNA::mRNA二重鎖の多数の配列およ 特徴は大きく3つのタイプに分けられます：
1）シード領域での塩基対形成、およびmiRNAの3’末端を含む二重特徴;
2)標的部位の近くのA/U組成および二次構造のアクセシビリティを含む配列特徴;および
3)UTRの長さ、UTR内の標的部位の相対位置および保存スコア
mirSVRダウンレギュレーションスコアは、ダウンレギュレーションの程度と直線的に相関するように校正されているため、個々のターゲットスコアを簡単に追加することにより、複数のターゲットサイトを持つ遺伝子の正確なスコアリングを可能にします。
さらに、スコアはダウンレギュレーションの経験的確率として解釈することができ、スコアカットを選択するための意味のあるガイドを提供します。
さらに、ミランダが生成した整列とmirSVRスコアの複合アプローチにより、誤った予測の数を膨らませることなく、非正規部位（シード領域に不一致またはGUウォブルを有する部位）の賢明な予測が可能になる。
2010年リリースのmicroRNA.org 6mer以上のシード部位、またはmirSVRスコア=-0.1のいずれかを有するすべての標的部位予測を含む。
MirSVRはスコアを計算するときに保存を考慮するため、ターゲットサイトをフィルタリングするための事前定義されたカットオフがなくなりました。
しかし、ユーザーは保存を基準としてインターフェースの表示を制限することができます。 予測されたターゲットサイトの保存スコアの決定は、イントロン接合にまたがるサイトに敏感になりました。
2010年リリースのmicroRNA.org 含まれています:
1) 16,228,619 34,911の異なる3’UTR19,898人の遺伝子のアイソフォームからのマイクロrnaターゲットサイトを予測しました。
2)7,459,149 19,231マウス遺伝子のアイソフォームから28,287異なる3’UTRにおけるマイクロrna標的部位を予測しました。
3)586,068 6,865異なる3’UTR6,256ラット遺伝子のアイソフォームからマイクロrna標的部位を予測しました。
4)345,671は、12,285の異なる3’UTRにおけるマイクロrna標的部位を予測し、10,532の果実フライ遺伝子のアイソフォームから。
5)230,901線虫遺伝子のアイソフォームから12,228の異なる3’UTRにおけるマイクロrna標的部位を予測した10,124。
6)1,100個のヒトマイクロrnaの標的部位。
7)717マウスマイクロrnaの標的部位。
8)387ラットマイクロrnaの標的部位。
9)186個の果実フライマイクロrnaの標的部位。
10)233個の線虫マイクロrnaの標的部位。
注:microRNAターゲット予測および式データは、タブ区切りファイルとして使用できます。 のダウンロードタブを参照してください。microRNA.org ウェブサイト.
システム要件
製造元にお問い合わせください。
メーカー
- 計算生物学センター（cBio）
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center
- York Avenue,Box#460
- New York,NY10065USA
- Tel:+1 646 888 2602 または+1 646 888 2606
- ファックス: +1 646 422 0717 1275
製造業者のウェブサイトmicroRNA.org ウェブサイト
価格の接触の製造業者。
G6G抄録番号20748
G6Gメーカー番号104331