nCounter分析システムの基礎となる元の特許は、システム生物学研究所から発明され、ライセンスされました。 事業計画はAmber RatcliffeとAaron Coeによって書かれ、複数の事業計画コンテストでシード資金を獲得しました。 NanoStringはシステム生物学研究所から分社化され、2003年にKrassen Dimitrov、Amber Ratcliffe、Dwayne Dunawayによって別の会社として設立されました。
2004年、NanoStringは4.3万ドルのシリーズA資金調達で最初の重要な資金を調達した。 彼らはその後、分子診断の開発に拡大するための資金調達のいくつかのより多くのラウンドを調達しています。 2011年の時点で、NanoString TechnologiesはシリーズDで約70Mを調達していた
2009年に、2004年以来CEOを務めていたPerry Fellは、突然公式の説明なしで会社を去った。 2009年から2010年の間、同社はceo代行のウェイン-バーンズと運営していた。 元Genzymeの幹部であるBrad Grayが2010年に社長兼CEOとして採用されました。
2010年現在、同社はまだ利益を上げていない。 インタビューの中で、グレイはNanoStringが臨床診断の開発を開始することを示唆した。 2012年7月現在、NanoStringは、公開会社の経験を持ついくつかの上級スタッフを雇用することで、公開会社になるための動きを示し始めました。 NanoStringは、2012年9月にイスラエルとEUでProsigna乳がん予後遺伝子シグネチャアッセイ（PAM50ベースの乳がん検査）を販売するCEマークの指定を受け、2013年9月にNanostringはProsignaのFDA510(k)クリアランスを取得しました。
2013年、同社のIPOは54百万ドルを調達し、NanoStringの販売とマーケティング活動を拡大した。 その結果、NanoStringの売上高は2014-2015会計年度に52％増加しました。