Stem-loopはpre-microRNA構造で発生し、最も有名なのはtransfer RNAであり、三つの真のstem-loopとクローバーリーフパターンで出会う一つのstemを含んでいます。 翻訳プロセス中にコドンを認識するアンチコドンは、tRNAの不対ループの1つに位置しています。 二つのネストされたステムループ構造は、一つの構造のループが第二のステムの一部を形成するRNA pseudoknotsで発生します。
多くのリボザイムはまた、ステムループ構造を備えています。 自己開裂ハンマーヘッドリボザイムは、開裂部位がある中央の不対領域で会う三つのステムループを含んでいます。 ハンマーヘッドリボザイムの基本的な二次構造は、自己切断活性のために必要とされる。
ヘアピンループは、原核生物の5’UTR内に見られる要素であることが多い。 これらの構造は、多くの場合、タンパク質によって結合されているか、翻訳を調節するために転写物の減衰を引き起こす。
リボソーム結合部位に形成されるmRNAステムループ構造は、翻訳の開始を制御する可能性があります。
幹ループ構造は、原核生物のrho非依存性転写終結においても重要である。 ヘアピンループは、転写中にmRNA鎖に形成され、RNAポリメラーゼがDNA鋳型鎖から解離する原因となる。 このプロセスは、rho非依存または内在的な終端として知られており、関与する配列はターミネータ配列と呼ばれています。