microRNA.org 웹 사이트
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요약 microRNA.org 웹 사이트는 마이크로 나 대상 예측 및 표현 프로파일의 포괄적 인 자원(데이터베이스)입니다.
표적 예측은 표적 규칙 및 포유류 미크로 나스의 최신 제요의 사용에 대한 현재의 생물학적 지식을 통합하는 미란다 알고리즘의 개발을 기반으로합니다(아래 참조…).미란다에 의해 예측된 대상 사이트는 예측된 미르나의 순서와 상황별 특징에 대해 훈련된 회귀 모델인 미르나 다운 레귤레이션의 가능성에 대해 점수가 매겨집니다…)
식 프로필 포유류 조직 및 정상 및 질병 기원의 세포 라인의 큰 집합의 포괄적인 시퀀싱 프로젝트에서 파생 됩니다.
이 웹 사이트는 사용자가 탐색 할 수 있습니다:
1)특정 마이크로 나에 의해 잠재적으로 조절되는 유전자 세트.
3)다양한 포유류 조직에서의 미크로나 발현 프로파일.
새로운 버전의 미란다 타겟 예측 알고리즘–
타겟 예측은 가중 동적 프로그래밍 알고리즘을 사용하여 성숙한 마이크로 나 세트와 주어진 마이크로 나 사이의 최적의 시퀀스 상보성을 계산하는 미란다 알고리즘을 사용하여 수행됩니다.
대상 예측에 대한 추가 세부 정보는 다음 문서를 참조하십시오.microRNA.org 리소스:대상 및 표현식. 2008 년 1 월;36(데이터베이스 문제):디 149-53.
미란다 소스 코드에 대한 몇 가지 사소한 수정 및 단순화가있었습니다. 변경 사항은 다음과 같습니다:
);
2) 4684>
4)오프셋은”이 스캔에 대한 점수”출력 라인에서 수정-키발 출력.
미란다에 의해 대상 사이트의 예측–
때문에 예측 대상 사이트의 웹 사이트 인터페이스의보다 유연한 필터링,제조 업체는 120 대신 140 의 이전 임계 값의 정렬 점수 임계 값을 사용했다.
기본적으로 웹 사이트 인터페이스는 이러한 낮은 점수 사이트의 많은 필터링됩니다,하지만 당신은 당신이 그들을 볼 수 있도록 조정할 수있는 몇 가지 기준이 있습니다.
: 마이크로 나 대상의 포괄적 인 모델링은 기능적 비 보존 및 비 정식 사이트를 예측합니다. 2010 년 11 월 11 일:게놈 생물학 2010.
간단히 말해서,미르스비르는 예측된 미르나::미르나 듀플렉스의 다수의 시퀀스 및 컨텍스트 특징의 가중 합을 계산하는’회귀 모델’이다. 특징은 크게 세 가지로 구분된다(3)유형:
1)듀플렉스 시드 영역에서 기본 페어링을 포함 기능,3’미르의 끝;
2)대상 사이트 근처의 조성 및 2 차 구조 접근성을 포함하는 서열 특징;및
3)글로벌 기능(예:대상 사이트의 길이,대상 사이트의 상대적 위치 및 보존 점수).
미르스브르 다운-레귤레이션 점수는 다운-레귤레이션의 범위와 선형적으로 연관되도록 교정되고,따라서 개별 표적 점수의 간단한 추가에 의해 다수의 표적 부위를 갖는 유전자의 정확한 스코어링을 가능하게 한다.
또한,점수는 다운 레귤레이션의 경험적 확률로 해석 될 수 있으며,이는 점수 컷오프를 선택하기위한 의미있는 가이드를 제공합니다.또한,미란다 생성 정렬 및 미르 스브르 점수의 복합 접근 방식은 잘못된 예측의 수를 팽창시키지 않고 비 정식 사이트(종자 영역에서 불일치 또는 구 동요가있는 사이트)의 현명한 예측을 가능하게합니다.
2010 년 8 월 출시 microRNA.org 6 메르 또는 더 나은 시드 사이트 또는 점수=-0.1 이있는 모든 대상 사이트 예측을 포함합니다.
미르스브르는 점수를 계산할 때 보존을 고려하므로 더 이상 대상 사이트를 필터링하기 위한 사전 정의된 컷오프가 없습니다.
그러나 사용자는 보존을 기준으로 인터페이스 표시를 제한 할 수 있습니다. 예측된 대상 사이트에 대 한 보존 점수의 결정은 지금 인트론 접합에 걸쳐 사이트에 민감한.
2010 년 8 월 출시 microRNA.org 포함:
1) 16,228,619 19,898 개의 인간 유전자의 이소 형태로부터 34,911 개의 별개의 3’루트에서 예측 된 마이크로 나 표적 부위.
2)7,459,149 는 19,231 개의 마우스 유전자의 이소 형태로부터 28,287 개의 별개의 3’루트르에서 마이크로 나 표적 부위를 예측했다.
3)586,068 은 6,256 쥐 유전자의 이소 형태로부터 6,865 개의 별개의 3’루트르에서 마이크로 나 표적 부위를 예측했다.
4)10,532 개의 과일 파리 유전자의 이소 형태로부터 12,285 개의 별개의 3’루트르에서 345,671 개의 예측 된 마이크로 나 표적 부위.
5)230,901 은 10,124 개의 선충류 유전자의 이소 형태로부터 12,228 개의 별개의 3’루트르에서 미세르나 표적 부위를 예측했다.
6)1,100 명의 인간 마이크로 나 대상 사이트.
7)717 마우스 마이크로 나스의 대상 사이트.
8)387 랫 마이크로 나스의 대상 사이트.
9)186 개의 초파리 미크로나를 대상으로 한다.
10)233 선충류 미크로 나스의 표적 부위.
참고:마이크로나 대상 예측 및 식 데이터를 탭으로 구분된 파일로 사용할 수 있습니다. 에 다운로드 탭을 참조하십시오 microRNA.org 웹 사이트.
시스템 요구 사항
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제조업체는
- 전산학 센터(cBio)
- 메모리얼 슬론 케터링 암센터
- 뉴욕 애비뉴,상#460
- 뉴욕,뉴욕 10065 미국
- Tel:+1 646 888 2602 나+1 646 888 2606
- 팩스: +1 646 422 0717 1275
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