når, hvor og hvor mye et gen uttrykkes, styres primært av samspillet mellom cis-regulatoriske DNA-sekvenser med trans-regulatoriske transkripsjonsfaktorer (tfs). Endringer i tf bindingssteder bidra til sykdomstilstander, fenotypisk mangfold blant friske individer, og avvikende fenotyper mellom arter. Til tross for deres betydning forblir mange spørsmål om hvordan cis-regulatoriske DNA-sekvenser oversetter tf-binding til transkripsjonell aktivitet(Wittkopp and Kalay 2012). Den raske utviklingen av gule forsterkere gir oss en utmerket mulighet til å studere utviklingen av cis-regulatoriske sekvenser(Wittkopp et al. 2002; Gompel et al. 2005).
ved hjelp av reporter gener I D. melanogaster, oppdaget vi at plasseringen av vevsspesifikke forsterkere av pigmenteringsgenet gul har endret posisjoner i genomet blant arter (Se Figur) (Kalay and Wittkopp 2010). Sekvensanalyse antydet at dette var mer sannsynlig på grunn av gradvis gevinst og tap av transkripsjonsfaktor bindingssteder enn duplikasjoner eller omarrangementer. Dette tillater oss å bruke disse regionene til å sammenligne DNA-sekvens, tf-binding og cis-regulatorisk aktivitet blant sekvenser som uavhengig har oppnådd samme funksjon, så vel som blant ortologe DNA-sekvenser hvis funksjoner har divergert.
For tiden analyserer vi (1) gjær-1-hybriddata som identifiserer TFs som binder seg til artsspesifikke forsterkere av gule, (2) lokaliserer sekvenser som er ansvarlige for vevsspesifikk aktivitet innenfor hver forsterkerregion, og (3) bruker informasjon fra dette arbeidet for å belyse utviklingsmekanismer som styrer abdominal mønster under pupal utvikling.