Index fossiler (også kjent som guide fossiler eller sone fossiler) er fossiler som brukes til å definere og identifisere geologiske perioder (eller faunale stadier). De arbeider på premisset om at selv om forskjellige sedimenter kan se annerledes ut, avhengig av forholdene de ble lagt ned, kan de inkludere rester av samme arter av fossil. Hvis de aktuelle artene var kortvarige (geologisk sett, varig noen hundre tusen år), så er det sikkert at de aktuelle sedimentene ble avsatt innen den smale tidsperioden. Jo kortere levetiden til en art, jo mer nøyaktig forskjellige sedimenter kan korreleres, og så raskt utviklende typer fossiler er spesielt verdifulle. De beste indeksfossilene er vanlige, lett å identifisere på artsnivå, og har en bred fordeling—ellers er sannsynligheten for å finne og gjenkjenne en i de to sedimentene lav.
Ammonitter passer disse kravene godt, og er de mest kjente fossilene som har blitt mye brukt til dette. Andre viktige grupper som gir indeks fossiler er koraller, graptolitter, brachiopods, trilobitter, og echinoids (kråkeboller). Conodonts kan identifiseres av eksperter ved hjelp av lysmikroskopi slik at de kan brukes til å indeksere en gitt prøve med god oppløsning. Terrestriske fossiler, som tennene til pattedyr, har også blitt brukt.
Geologer bruker både store fossiler (kalt makrofossiler) og mikroskopiske fossiler (kalt mikrofossiler) for denne prosessen, kjent som biostratigrafi. Makrofossiler har fordelen av å være lett å se i feltet, men de er sjeldnere, og mikrofossiler brukes svært ofte av oljeprospektorer og andre næringer som er interessert i mineralressurser når nøyaktig kunnskap om alderen på bergarter som blir sett på, er nødvendig.
Felles Indeks Fossiler
| Fossil | Vitenskapelig Navn | Tidsperiode | Millioner År Siden |
|---|---|---|---|
 Ammonitt |
Ammonitt Jeletzkytes | Sen Silur til Tidlig Devon | 400 MYA |
 Trilobitt |
Trilobitt | Kambrisk Epoke | 540 MYA |