microRNA.org nettsted
Kategori Cross-Omics > Kunnskapsbaser/Databaser/Verktøy
Abstrakt microRNA.org nettstedet er en omfattende ressurs (database) av microRNA mål spådommer og uttrykk profiler.
målforutsigelser er basert på en utvikling av miRanda-algoritmen som inkorporerer nåværende biologisk kunnskap om målregler og om bruk av et oppdatert kompendium av pattedyrmikrorna (se nedenfor…).
målstedene spådd av miRanda er scoret for sannsynlighet for mRNA nedregulering ved hjelp av mirSVR, en regresjonsmodell som er trent på sekvens og kontekstuelle funksjoner i den spådde miRNA:: mRNA duplex (se nedenfor…)
Uttrykksprofiler er avledet fra et omfattende sekvenseringsprosjekt av et stort sett pattedyrvev og cellelinjer av normal og sykdom opprinnelse.
dette nettstedet lar brukerne utforske:
1) settet av gener som potensielt er regulert av en bestemt mikrorna.
2) samtidig forekomst av forventede målsteder for flere mikrorna i en mRNA.
3) MicroRNA uttrykksprofiler i ulike pattedyr vev.
Ny versjon av miranda target prediction algorithm —
Target predictions utføres ved hjelp av miRanda algoritmen som beregner optimal sekvens komplementaritet mellom et sett av modne microRNAs og en gitt mRNA ved hjelp av en vektet dynamisk programmeringsalgoritme.
for ytterligere detaljert informasjon om målforutsigelse( er), se papiret: microRNA.org ressurs: mål og uttrykk. Betel D, Wilson M, Gabow A, Merker DS, Sander C., Nukleinsyrer Res. 2008 Jan; 36 (Databaseproblem): D149-53.
det har vært flere mindre korreksjoner og forenklinger til miRanda kildekoden. Endringer inkluderer:
1) Standard kommandolinjeargumenter endret til-sc 140-go -9-ge -4-en 1 (ingen energifiltrering);
2) utr lengde fjernet;
3) Overlapping filtrering av spådd mål områder strammet; krever overlapping i frø regionen for å filtrere; og
4) Forskyvninger korrigert i» score for denne skanningen » utgangslinjer og-keyval utgang.
Prediksjon av målsteder av miRanda —
på grunn av nettstedets grensesnitt er mer fleksibel filtrering av forventede målsteder, har produsentene brukt en justering score terskel på 120 i stedet for den forrige terskelen på 140.
som standard vil nettstedet grensesnittet filtrere ut mange av disse lavere scoring nettsteder, men du har flere kriterier som kan justeres slik at du kan se dem.
Scoring av spådd mål områder av mirSVR —
Detaljer om mirSVR scoring metoden kan bli funnet i papiret: Omfattende modellering av microRNA mål spår funksjonelle ikke-konserverte og ikke-kanoniske områder. Betel D, Koppal A, Agius P, Sander C, Leslie C., Genombiologi 2010 11:R90.
kort sagt er mirSVR en regresjonsmodell som beregner en vektet sum av et antall sekvens-og kontekstfunksjoner i den forutsagte miRNA::mRNA duplex. Funksjonene er bredt delt inn i tre (3) typer:
1) Dupleksfunksjoner som inkluderer baseparing i frøområdet og 3 ‘ enden av miRNA;
2) Sekvensfunksjoner som inkluderer a / u-sammensetning nær målområdene og sekundær strukturtilgjengelighet; og
3) Globale funksjoner som LENGDEN PÅ UTR, relativ posisjon for målstedet i UTR og bevaringspoeng.
mirSVR down-regulation score er kalibrert for å korrelere lineært med omfanget av down-regulering og derfor muliggjøre nøyaktig scoring av gener med flere målsteder ved enkel tilsetning av de enkelte mål score.
videre kan scorene tolkes som en empirisk sannsynlighet for nedregulering, som gir en meningsfull veiledning for å velge en score cutoff.
i tillegg gjør den sammensatte tilnærmingen til miRanda-genererte justeringer og mirSVR-score det mulig å forutsi ikke-kanoniske steder (de med mismatch eller GU wobble i frøområdet) uten å oppblåse antall falske spådommer.
utgivelsen av august 2010 microRNA.org inkluderer alle målnettstedspådommer som enten har et 6-mer eller bedre frøområde, eller en mirSVR-score = -0.1.
MirSVR tar hensyn til bevaring når du beregner en poengsum, så det er ikke lenger noen forhåndsdefinert cutoff for filtrering av målsteder.
brukerne kan imidlertid begrense grensesnittvisningen ved hjelp av bevaring som kriterium. Bestemmelsen av bevaringspoeng for forventede målsteder er nå følsom for nettsteder som spenner over intronkryss.
utgivelsen av august 2010 microRNA.org inneholder:
1) 16,228,619 anslått microRNA målsteder i 34,911 distinkte 3 ‘ UTR fra isoformer av 19,898 humane gener.
2) 7 459 149 spådde mikrorna-målsteder i 28 287 distinkte 3 ‘ UTR fra isoformer av 19 231 musegener.
3) 586 068 spådde mikrorna-målsteder i 6 865 distinkte 3 ‘ UTR fra isoformer av 6 256 rottegener.
4) 345 671 spådde mikrorna-målsteder i 12 285 distinkte 3 ‘ UTR fra isoformer av 10 532 fruktfluegener.
5) 230 901 spådde mikrorna målsteder i 12 228 distinkte 3 ‘ UTR fra isoformer av 10 124 nematode gener.
6) Målsteder for 1100 menneskelige mikrornaer.
7) Mål områder for 717 mus microRNAs.
8) Mål områder for 387 rotte microRNAs.
9) Mål områder for 186 frukt-fly microRNAs.
10) Mål områder for 233 nematode microRNAs.
merk: dataene for microRNA – målforutsigelser og uttrykk er tilgjengelige som tabulatordelte filer. Se Nedlastinger-fanen på microRNA.org nettsted.
Systemkrav
Kontakt produsenten.
Produsent
- Beregningsbiologisk Senter (cBio)
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center
- York Avenue, Boks #460
- New York, NY 10065 USA
- Tlf: +1 646 888 2602 eller +1 646 888 2606
- Faks: +1 646 422 0717 1275
Produsentens Nettsted microRNA.org nettsted
Pris Kontakt produsent.
G6G Abstrakt Nummer 20748
G6G Produsent Nummer 104331