Stem-loops forekommer i pre-microRNA strukturer og mest kjent i overføring RNA, som inneholder tre sanne stem-loops og en stamme som møtes i en cloverleaf mønster. Antikodonet som gjenkjenner et kodon under oversettelsesprosessen, ligger på en av de uparede løkkene i tRNA. To nestede stem-loop strukturer forekommer I rna pseudoknots, hvor sløyfen av en struktur utgjør en del av den andre stammen.
Mange ribozymer har også stem-loop strukturer. Den selvspaltende hammerhead ribozym inneholder tre stem-looper som møtes i en sentral uparget region hvor spaltningsstedet ligger. Hammerhead ribozymes grunnleggende sekundære struktur er nødvendig for selvspaltningsaktivitet.
Hårnålsløyfer er ofte elementer som finnes i 5 ‘ UTR av prokaryoter. Disse strukturene er ofte bundet av proteiner eller forårsaker demping av et transkripsjon for å regulere oversettelse.
mRNA stem-loop-strukturen som dannes ved ribosombindingsstedet, kan styre en initiering av oversettelse.
Stem-loop strukturer er også viktig i prokaryote rho-uavhengig transkripsjon avslutning. Hårnålsløyfen dannes i en mRNA-streng under transkripsjon og forårsaker AT rna-polymerasen blir dissosiert fra DNA-malstrengen. Denne prosessen er kjent som rho-uavhengig eller intrinsisk terminering, og de involverte sekvensene kalles terminatorsekvenser.