Da TopHat først kom ut, var det raskere enn tidligere systemer. Det kartla mer enn 2,2 millioner leser per CPU-time. Den hastigheten tillot brukeren å behandle OG hele RNA-Seq-eksperimentet på mindre enn en dag, selv på en vanlig stasjonær datamaskin. Tophat bruker Bowtie i begynnelsen for å analysere leser, men da gjør mer for å analysere leser som spenner exon-exon veikryss. Hvis Du bruker TopHat FOR RNA-Seq-data, vil du få mer les justert mot referansegenomet.
En annen fordel For TopHat er at Den ikke trenger å stole på kjente spleisesteder når samkjøre leser til et referansegenom.
Ufordelingerrediger
TopHat er i et lite vedlikehold, lavt støttestadium, og inneholder programvarefeil som har skapt 3. parts etterbehandlingsprogramvare for å korrigere. DET har blitt erstattet AV HISAT2, som er mer effektiv og nøyaktig og gir samme kjernefunksjonalitet (spleiset justering AV RNA-Seq leser).
Nyere protokoller er mer effektive nå, sammenlignet Med TopHat som mansjettknapper, STAR og limma.
