wanneer, waar en hoeveel een gen tot expressie wordt gebracht, wordt voornamelijk gecontroleerd door de interactie van cis-regulerende DNA-sequenties met trans-regulerende transcriptiefactoren (TFS). Veranderingen in tf-bindingsplaatsen dragen bij tot ziektestaten, fenotypische diversiteit onder gezonde individuen en uiteenlopende fenotypen tussen soorten. Ondanks hun belang blijven er veel vragen over de manier waarop cis-regulerende DNA-sequenties TF-binding vertalen naar transcriptionele activiteit (Wittkopp and Kalay 2012). De snelle evolutie van gele versterkers biedt ons een uitstekende gelegenheid om de evolutie van cis-regulerende sequenties te bestuderen (Wittkopp et al. 2002; Gompel et al. 2005).
met behulp van reporter genen in D. melanogaster, ontdekten we dat de locaties van weefselspecifieke versterkers van het pigmentatiegen geel van positie zijn veranderd in het genoom onder soorten (zie figuur) (Kalay and Wittkopp 2010). De opeenvolgingsanalyse stelde voor dat dit waarschijnlijker toe te schrijven aan de geleidelijke aanwinst en het verlies van de plaatsen van de band van de transcriptiefactor dan duplicaties of herschikkingen was. Dit staat ons toe om deze gebieden te gebruiken om de opeenvolging van DNA, de band van TF, en cis-regelgevende activiteit onder opeenvolgingen te vergelijken die onafhankelijk dezelfde functie evenals onder orthologe opeenvolgingen van DNA hebben verworven waarvan de functies zijn diverged.
op dit moment zijn we (1) bezig met het analyseren van gist-1-hybride gegevens om TFs te identificeren die zich binden aan soortspecifieke versterkers van geel, (2) het lokaliseren van sequenties die verantwoordelijk zijn voor weefselspecifieke activiteit binnen elke versterkerregio, en (3) met behulp van informatie verkregen uit dit werk om ontwikkelingsmechanismen te verduidelijken die het abdominale patroon tijdens de ontwikkeling van de pop controleren.