Middleton begon op 16-jarige leeftijd te werken in het sigarenbedrijf van zijn familie. Na zijn afstuderen aan Harvard Business School, keerde hij terug naar huis om te werken bij John Middleton Inc. waar zijn vader hem in het bestuur van het bedrijf zette. Onder Middleton kocht het bedrijf vier tabaksmerken van R. J. Reynolds in 1987, waardoor het bedrijf een grote bedrijfsinteresse werd in de pijptabakindustrie en de daaropvolgende groei van de verpakte sigarenindustrie werd vergemakkelijkt.In 2003 kocht Middleton alle aandelen in het familiebedrijf van zijn moeder en zussen, voor ongeveer $200 miljoen. In 2007 verkocht Middleton John Middleton Co. naar Altria, de ouder van Phillip Morris USA, voor $ 2,9 miljard. In 2015 volgde een rechtszaak door zijn zus, Anna Nupson, gesteund door hun zus, Lucia Hughes, die verklaarde activa van 2003 betwistte. Via een bemiddelaar werd de zaak in februari 2018 beslecht voor $22 miljoen. Vervolgens diende Nupson op 15 juli 2020 een rechtszaak wegens wanpraktijken aan met de VS. District Court for the Eastern District Of Pennsylvania, ontleend aan ethisch wangedrag door Schnader Harrison Segal & Lewis en advocaat Bruce A. Rosenfield, die haar had vertegenwoordigd in de rechtszaak tegen haar broer.Middleton is de president van Bradford Holdings, de moedermaatschappij waarvan de dochterondernemingen John Middleton Inc. omvatten., Double Play Inc. (de corporate entiteit die zijn aandeel in de Phillies heeft) en McIntosh Inns.In 1994 kocht Middleton een belang van 15 procent in the Phillies voor 18 miljoen dollar. Sinds 1998 wordt hij jaarlijks verkozen tot voorzitter van de adviesraad van zijn partners.Toen Phillies’ voorzitter David Montgomery in 2014 medisch verlof Nam, Nam Middleton een actievere rol aan, die toezicht hield op de prestaties op het terrein en de bedrijfsprestaties, en verhoogde zijn aandeelhouderschap tot 48 procent. In 2015 werd Middleton het publieke gezicht van de Phillies’ ownership group. Middleton zei dat de Phillies meer aandacht zouden besteden aan analytics, wat de aanwerving van Andy MacPhail als president en Matt Klentak als general manager zou beïnvloeden.Tijdens de MLB owners’ meeting in November 2016 werd Middleton door de dertig clubs verkozen tot Control person van de Phillies, waardoor hij de belangrijkste persoon werd die verantwoording verschuldigd is aan het commissioner’ s office voor de activiteiten van de Phillies en de naleving van de MLB-regels.